В отношении пытки не было привилегированных классов, и самые могущественные гранды подвергались ей, как и рабы; к духовенству старались применять более мягкие формы пытки; кроме того, обычно представителей духовенства пытал служитель церкви, а не светское лицо. Обыкновенно пытку производил инквизиционный алькальд, но бывало и так, что эту обязанность брал на себя городской палач. Так, в Мадриде с марта по август 1681 года городской палач получил от трибунала 44 дуката за 11 случаев пытки, то есть по 4 дуката за каждую. Если пытка ни к чему не приводила, и еретик упорно продолжал настаивать на своей невинности, то он, согласно закону, должен был быть оправдан и освобожден. На деле же после безрезультатной пытки обвиняемого очень редко отпускали на свободу. Инквизиция, как правило, не желала сознаваться в своей ошибке, а потому налагала на тех, кто выдержал пытку, в противоречии с законом и с логикой самые разнообразные наказания. Так, в 1628 году Андреса де Фонсека два раза безрезультатно пытали и после этого приговорили к десяти годам изгнания и 500 дукатам штрафа. Теодора Паула после пытки была наказана шестью годами изгнания и 300 дукатами штрафа.
По окончании пытки назначался день суда, в котором участвовали все инквизиторы данного округа, епископ или его делегат, а также советники суда. Епископ и советники осведомлялись о сущности процесса кратким резюме, которое составлял прокурор. Со временем число советников, которое сначала доходило до двенадцати, стало уменьшаться, и постепенно трибунал превратился в заседание двух-трех инквизиторов; бывали случаи, когда один инквизитор представлял собой весь трибунал.
Для вынесения приговора необходимо было не только абсолютное большинство, но чаще единогласие. Иногда чтение приговора продолжалось очень долго: так, в Кордове 13 мая 1545 года приговор мнимой святой Магдалине де ла Крус начали зачитывать в 6 часов утра и закончили в 4 часа пополудни. Еретик узнавал о приговоре часто лишь за несколько часов до его приведения в действие, когда к нему в камеру являлся тюремщик, чтобы одеть его в надлежащую одежду; этим фактически отнималась у него возможность апеллировать к Супреме. Впрочем, у приговоренных к смертной казни такая возможность была: их оповещали об ожидавшей их участи прежде дня аутодафе, чтобы они могли путем исповеди и покаяния спасти свою грешную душу.
Наиболее тяжелой формой наказания была выдача еретика в руки светской власти. Инквизиция этим как бы заявляла, что ей с преступником делать нечего, так как душу спасти его уже нет возможности, и светской власти остается лишь казнить еретика. Слова инквизиции при выдаче еретика, что с ним следует поступать великодушно, были простым лицемерием. Выдача означала сожжение на костре; правда, тех, кто после произнесения приговора каялся, не сжигали заживо: их раньше душили, а затем уже жгли мертвое тело. На первых трех аутодафе в Барселоне, происходивших в 1488—1489 годах, сжигали только задушенных еретиков; на большом аутодафе в Вальядолиде 21 мая 1559 года, когда к смерти были приговорены четырнадцать лютеран, заживо сожгли лишь одного; в 1571 году в Логроньо из 47 приговоренных к смерти живыми взошли на костер лишь четверо; в 1722 году в Гранаде всех одиннадцать осужденных сначала задушили, а потом сожгли. Когда обвиненный в иудействе Антонио Габриэль де Toppe Савальос на аутодафе в Кордове в 1722 году покаялся после произнесения приговора и стал умолять судей, чтобы его — ради искупления греха — живым возвели на костер, ему в этом отказали; правила есть правила — и его, прежде чем сжечь, задушили.
Гибель была неизбежным уделом тех, кто отрицал свое преступление, несмотря на то, что оно, по мнению трибунала, не подлежало сомнению; такие отрицатели приравнивались к упорным еретикам. Та же участь постигала и тех, кто давал неполные показания; так, в 1606 году мориск Эрнандо де Пальмо был обвинен толедским трибуналом в соблюдении маврских обычаев. Эрнандо отрицал свою вину и подвергся жестокой пытке, но ни в чем не признался. Суд счел его невиновным, но прежде чем Эрнандо об этом сообщили, он попросил вызвать его на дополнительный допрос, на котором сказал, что действительно лет семь-восемь назад исполнял маврские церемонии, не зная, что они маврские. Трибунал увидал в этом новое преступление: дескать, Эрнандо во время первых допросов и пытки дал неполные показания, и несчастного приговорили к сожжению. Кроме того, смертной казни подвергались рецидивисты и те, кто, сознавшись в своем преступлении, потом брал обратно свое признание. Ни на какую милость не могли рассчитывать также ересиархи, то есть учителя ереси, которые, не довольствуясь гибелью своей души, вовлекали в пучину преступлений и души других людей.