Если еретик до произнесения приговора каялся и просил о помиловании, то ему, если только еретик не был рецидивистом, давалось право присоединиться к церкви. Почти всегда возвращение в лоно церкви происходило на публичном аутодафе и сопровождалась большой торжественностью; впрочем, оно не отвращало наказания, так как присоединение к церкви касалось лишь его души. Прежде всего подлежало конфискации все его имущество, переходившее к инквизиции; также ему грозило многолетнее или даже пожизненное тюремное заключение; наконец, на него распространялся ряд ограничений гражданского характера. Некоторым утешением для присоединившегося могло служить то, что его дети и внуки в отличие от потомства приговоренных к смерти еретиков не оказывались под тяжестью гражданских ограничений.
Недостаток в тюрьмах, а также желание использовать рабочую силу привели к тому, что вечное заточение часто заменялось ссылкой на галеры. Инициатива в этом принадлежала Фердинанду и Изабелле, которые просили об этом Рим, и 26 мая 1503 года папа Александр VI известил инквизиторов, что он предоставляет право заменять вечное заточение другим наказанием: ссылкой в колонии, галерными и иными работами. После этого арестантов в массовом порядке стали отправлять на галеры, и уже в 1506 году Супрема была вынуждена указать трибуналам, что лица старше 60 лет, женщины и духовные лица на галеры посылаться не могут. Фердинанд, по-видимому, стал чувствовать в последние годы жизни угрызения совести по поводу своей инициативы, и когда в 1513 году к нему обратились с предложением послать на галеры всех приговоренных к тюремному заключению, он ответил, что не стоит отправлять еретиков на галеры, так как они не будут там иметь возможности раскаяться. Король Филипп II, наоборот, неоднократно просил инквизицию отправлять на галеры как можно больше людей. Откликаясь на его пожелание, Супрема в 1567 году отправила трибуналам распоряжение, чтобы, во-первых, приговаривали к галерным работам на срок не менее трех-четырех лет, а во-вторых, чтобы тюремное заключение почти всегда заменялось галерными работами. Лишь приблизительно с середины XVIII века присуждение к галере постепенно начинает исчезать из приговоров инквизиции.
Частым наказанием также были розги; чаще всего назначалось двести ударов. На аутодафе 6 июня 1585 года в Сарагосе из 79 преступников 22 получили розги, в 1607 году в Валенсии 24 из 47, в Толедо с 1575 по 1610 год этому наказание подверглись 133 человека. В списке служителей инквизиции в Мурсии в 1746 году фигурирует «нотариус розог», что свидетельствует о том, что это наказание часто пускалось в ход. От розог не спасали ни пол, ни возраст: тринадцатилетняя Изабелла Контери подверглась 7 января 1607 года ста ударам за исламскую ересь; к тому же количеству ударов был приговорен за колдовство Франсиско Маркино 86 лет от роду. Преступники приводились на аутодафе в одной лишь нижней рубахе, с веревкой на шее. В XVIII веке публичное сечение становится все более и более редким явлением, ас 1814 года, хотя к розгам и приговаривали, в исполнение приговоры не приводили.
Менее тяжелым наказанием, нежели розги, считалось «выставление на позор». Иногда таким людям, дабы они не произносили никаких речей, пока стоят у позорного столба, в рот вкладывали кусок железа. На большом аутодафе в 1559 году в Севилье с таким кляпом во рту стояли двенадцать человек; столько же людей выставили на позор в 1680 году в Мадриде.
Еще более легким наказанием было ношение особой одежды — санбенито; причем, составляя самостоятельное наказание, оно вместе с тем служило спутником всех других наказаний. Впервые к ношению санбенито в течение года в 1486 году приговорил 200 человек толедский трибунал. В 1490 году Торк-вемада издал приказ, чтобы покаявшиеся после начала суда всю жизнь носили черное или серое санбенито с красными крестами спереди и сзади. Впрочем, были разные виды санбенито: великий инквизитор Хименес ввел в употребление андреевский крест, на санбенито у приговоренных к смерти изображали дьявола, картины ада, языки пламени и т. д. Санбенито с написанными на них именами преступников вывешивали в церквах; из-за этого потомки еретиков часто меняли
фамилии. В 1572 году в Фрехенале, где население состояло из новообращенных и сами священники имели в своих жилах много «нечистой» крови, санбенито из церкви были украдены, однако инквизитор Монтоо на основании инквизиционных отчетов составил список осужденных в Фрехенале еретиков, и санбенито с их именами снова были повешены на видном месте.