После смерти Арбуэса преследование еретиков приняло в Сарагосе страшные размеры. 20 декабря 1485 года на аутодафе были сожжены Альваро де Сеговиа и Хоана Синфа. Первому было, между прочим, поставлено в вину то, что он читал сам и заставлял читать своих детей Библию на еврейском языке. Местным властям был дан приказ безжалостно подавлять всякое сопротивление конфискации имущества еретиков, и у приемщика имущества сарагосского трибунала оказалось столько работы, что пришлось назначить ему помощников. Ищейки инквизиции рыскали повсюду и в конце концов напали на след убийц Арбуэса. В Лериде был схвачен один из них, француз Дюранго, который выдал своих сообщников. Трое арестованных понесли наказание 30 июня 1486 года на аутодафе в Сарагосе. Правда, один из них, Хуан де Педро Санчес, успел бежать во Францию, и его сожгли in effigie. Дюранго же отрубили руки и прибили их к дверям депутатского здания; когда он умер, тело притащили на базарную площадь, разрубили на мелкие куски и разбросали по улицам. Кожевеннику Эсперандеу отрубили руки, затем, еще живому, голову и тоже разрубили тело на куски. 28 июля состоялось аутодафе еще шести причастных к убийству Арбуэса. Один из них, Гаспар де Санта-Крус, успел бежать в Тулузу, где умер; сын его, Иеронимо, решением инквизиции отправился в Тулузу, чтобы откопать кости отца, сжечь и доставить в Сарагосу протокол об их сожжении. Жена Гаспара, тоже умершая ко времени аутодафе, была сожжена in effigie. Также были сожжены изображения Мартина де Сантангела и Гарсиа Лопеса, а еще двоих, Педро де Эксеа и Виоланте Руиса, сожгли живыми.
6 августа состоялось аутодафе, на котором наказанию подвергли пять евреев, 24 сентября еще одно — с десятью осужденными. 21 октября сожгли шесть человек, причем одну женщину, Марию Лабидию, за участие в заговоре против Арбуэса.
29 ноября были сожжены одиннадцать человек за следование еврейским и мусульманским обрядам. 15 декабря ожидалось сожжение помощника губернатора Арагонии Франсиско де Санта-Фе, замешанного в убийстве Арбуэса, но он прыгнул с башни, в которой был заключен, и разбился; поэтому сожгли его труп.
16 декабря разного рода наказаниям подвергли девять человек. Еще один участник заговора против Арбуэса, ла Бадиа, решил, подобно Франсиско де Санта-Фе, покончить с собой и в ночь накануне аутодафе, которое назначили на 21 января 1487 года, разбил лампу, наглотался стекла и испустил дух в страшных муках. Его тело протащили по улицам, затем отрубили руки и, по традиции, изрезали на мелкие куски. Как сообщники его были сожжены in effigie Педро де Альмасан, Перес Беленгер и Педро де Вера. 15 февраля сожгли шесть человек. 15 марта еще один человек, замешанный в покушении на Арбуэса, Матео Рам, был сожжен после того, как ему отрубили руки. С ним сожгли его сообщников — одного живьем и троих in effigie.
Разыскивая следы заговора против Арбуэса, сарагосская инквизиция по малейшему подозрению привлекала к ответственности все новых и новых людей, и аутодафе следовали одно за другим. 18 августа 1487 года на базарной площади лишили головы Мосена Луиса Сантангела — одного из руководителей убийства Арбуэса. Голова еще долго после этого красовалась на колу, а тело сожгли. На этом же аутодафе сожгли живьем женщину. Через два дня сожгли живьем троих; in effigie был сожжен некто Кристован де Гелва, принявший христианство, но вернувшийся к иудейским обрядам, а затем принявший мусульманство.
В 1488 году прошла серия аутодафе в связи с арестами тех, кто отзывался о Сантангеле как о добром христианине. Затем стали наказывать тех, кто — хотя бы по слухам — сочувствовал убийству Арбуэса. На этом основании к вечному тюремному заключению был приговорен финансовый инспектор Арагонии Санчо де Патерна и еще множество людей. Всего в Сарагосе только в связи с убийством Арбуэса было подвергнуто различного рода наказаниям свыше 200 человек.