Таким образом, террор, развязанный инквизицией, сломил сопротивление Арагона. Были вырезаны почти под корень многие роды маранов. Особенно сильно пострадала знаменитая семья Сантангелов, происходившая от раввина Азария Гинильо. Носить санбенито и каяться публично на аутодафе вынужден был даже королевский казначей Луис Сантангел (двоюродный брат обезглавленного, носивший то же имя), который уговорил Изабеллу сочувственно отнестись к предприятию Колумба и сам дал на это 17 000 дукатов; как известно, первый подробный отчет о путешествии Колумб прислал на имя Сантангела. Впрочем, король, питавший к нему расположение, оградил его от дальнейших преследований.
Каталония также была недовольна введением новой инквизиции. Барселона, ссылаясь на Римскую курию, пыталась доказать, что она не нуждается в инквизиторах, посланных Торквемадой: дескать, местный инквизитор Хуан Комте сам прекрасно справляется с ересью. Но и здесь Фердинанд проявил упорство и добился от папы передачи права назначать и смещать каталонских инквизиторов. В июле 1487 года в Барселону явился назначенный Торквемадой инквизитор Алонсо де Эспина. Судя по тому, что к нему навстречу не вышли ни депутаты Каталонии, ни магистрат, ни духовенство в полном составе, можно заключить, что сопротивление введению новой инквизиции все еще продолжалось. Тем не менее 30 июля муниципальные чины принесли инквизиции присягу в верности, и король специальным письмом поблагодарил их за это.
Об аутодафе барселонского трибунала сохранился отчет его архивариуса и нотариуса Педро Мигеля Карбонеля. Первое состоялось 25 января 1488 года — на нем заживо сожгли четверых маранов и еще двенадцать in effigie. Затем, 23 мая, сожгли трех женщин; одна из них была женой врача короля Хуана II Бадоса.
8 августа аутодафе обошлось без костра — инквизиция ограничилась тем, что приговорила девять человек к вечному заточению. Большое аутодафе имело место 16 августа: 34 мужчины и 85 женщин прошли в санбенито по городу; их приговорили к ношению позорных костюмов в течение года. 13 мая 1489 года были осуждены четыре женщины и двое мужчин. 24 мая 1490 года 149 человек были сожжены in effigie. 10 июня 1491 года сожгли троих иудействующих заживо и 126 in effigie. 4 октября 1497 года были сожжены in effigie 53 еретика, 20 декабря 1501 года — опять-таки in effigie 20 еретиков. 17 января 1505 года навечно в тюрьму отправили четверых еретиков и двоих — товарища главного королевского казначея в Каталонии Хаиме де Касафранку и каноника Далмасио де Толосу — сожгли. 23 июня была сначала задушена, а затем сожжена жена Касафранки — донья Бланка. Хроника Карбонеля на последней дате останавливается; под конец он замечает, что работы с каждым днем все больше и больше, а выгоды от этого никакой. Большое число сожженных in effigie говорит о том, что, несмотря на запрещение выезжать за границу, многие еретики смогли бежать.
В ведение барселонского инквизиционного трибунала входили диоцезы Таррагоны, Вича, Героны, Лериды, Урхе-ля и Эльны, и повсюду, в особенности в Лериде, где сопротивление инквизиции было очень сильным, инквизиторы действовали с большим усердием. Всего при Торквемаде, то есть в 1485—1498 годах, барселонская инквизиция устроила 31 аутодафе, на которых сожгли заживо 23 человека, 15 мертвых тел и 430 беглецов in effigie, 116 человек отправили в тюрьму и еще 304 вынесли другие наказания.
Наименьшее сопротивление инквизиция встретила в Кастилии, где мараны, прибравшие к рукам власть, были одинаково ненавистны как грандам, так и народным массам. Возникло лишь незначительное брожение в Севилье и Толедо; остальные кастильские города отнеслись к появлению инквизиторов равнодушно. Толедская инквизиция с 1485 по 1501 год — по неполным, судя по всему, данным — осудила на смертную казнь 297 человек, сожгла in effigie 600, заключила в тюрьму около 200 и примирила с церковью во время срока милосердия 5200. Из сожженных заживо 297 человек 180 человек были осуждены за соблюдение еврейских обрядов и еще 117 — за то, что верили в «эррерскую пророчицу». Имеется в виду пятнадцатилетняя девушка, которая рассказывала, как явившийся Мессия взял ее на небо, где она видела всех сожженных еретиков, сидевших в золотых креслах и ожидающих возвращения на землю.
Весьма энергичной была деятельность севильского трибунала, который, если верить подсчетам секретаря инквизиции Суриты, к 1520 году отправил на костер более 4000 еретиков и осудил на различные наказания свыше 30000 человек, не считая тех, кто сумел бежать.