Вообще не должно остаться впечатления, что Фердинанд часто шел навстречу жалобам пострадавших от инквизиции лиц; наоборот, гораздо чаще жалоба давала повод подозревать, что данное лицо не сочувствует деятельности инквизиции и потому заслуживает наказания. В принципиальных вопросах Фердинанд чаще всего становился на сторону инквизиции, даже если она явно нарушала фуэро.
Он также всегда поддерживал скомпрометированных инквизиторов и не отказывал им в защите даже тогда, когда от них отворачивалась сама инквизиция. В этом отношении особого внимания заслуживает дело кордовского инквизитора Люсеро. Еще предшественник Люсеро, инквизитор Гирал, отличился тем, что за взятки освобождал осужденных от обязанности носить санбенито и вымогал деньги у маранов. Он предлагал в обмен на 2 200 000 мараведи отвести от них преследования за ересь и риск конфискации имущества. Гирал успел получить в счет этой суммы 100000 и еще 50000 мараведи от двух маранов за освобождение их от участия в сборе упомянутых 2 200 000 мараведи. Когда все это раскрылось, Гирала всего лишь переместили из богатой Кордовы в бедный город Авила, где он продолжил заниматься вымогательством, но уже, конечно, в меньших размерах, не останавливаясь перед получением десяти дукатов.
Но назначенный вместо Гирала в 1499 году в богатую Кордову Диего Родригес Люсеро оказался хищником еще более высокого полета. С превеликим усердием он взялся за дело, и деньги в королевскую казну потекли рекой. Фердинанд был весьма удовлетворен его деятельностью, и, когда случился конфликт между Люсеро и городскими властями, которые пытались умерить аппетит инквизитора, король всецело стал на сторону Люсеро. Поддержка Фердинанда придала Люсеро особое мужество, и начались беспримерные даже для инквизиции аресты подозрительных лиц; покончив с маранами, Люсеро взялся за христиан, в жилах которых не было ни капли «нечистой» крови. Пытками он вырывал у них самые фантастические признания, на основании которых производились все новые аресты. Люсеро заявил, что раскрыл заговор с целью заменить в государстве христианство иудейством. Были арестованы 25 еврейских пророчиц, которых он обвинил в том, что они агитировали во всей стране в пользу иудаизма и против христианства, и 50 знатных христиан, в том числе несколько высокопоставленных духовных лиц, которые были объявлены ближайшими сотрудниками этих пророчиц. Молва с ужасом распространялась о страшных бедствиях, надвигающихся на бедную Испанию, которую один лишь Люсеро может спасти. И Люсеро старался оправдывать народные ожидания. Некий Мембреке был изобличен в иудействе; тотчас было снаряжено следствие о лицах, слушавших его проповеди, и в результате 107 человек были сожжены на одном аутодафе.
Это стало последней каплей, заставившей жителей Кордовы пожаловаться великому инквизитору Диего Десе. В поданной в 1505 году петиции они писали, что доносительство и шпионство приняли в городе неимоверные размеры и что ни один гражданин, как бы он ни был верен и предан религии и церкви, не чувствует себя при Люсеро в безопасности. В то же время низкие и подлые люди пользуются при инквизиционном трибунале почти неограниченным доверием, в особенности когда дело касается слежки за лучшими людьми Кордовы. Деса потребовал предъявить неопровержимые доказательства виновности Люсеро, но горожане сделать это не могли без доступа к документам инквизиции, который им, конечно же, никто не собирался предоставлять. Поэтому кордовцы истолковали ответ Десы как отказ и решили искать правду у королевской власти, но не у Фердинанда, который открыто поддерживал Люсеро, а у его дочери королевы Хуаны и ее мужа герцога Бургундского Филиппа Красивого. Дело в том, что Хуана по завещанию Изабеллы наследовала кастильский трон, который, впрочем, Фердинанд отдавать не собирался.
Филипп Красивый, который не прочь был стать кастильским королем, отнесся к петиции кордовцев весьма серьезно, поскольку увидел способ поднять свою популярность в Кастилии. 30 сентября 1505 года последовал эдикт, подписанный Филиппом и Хуаной, требовавший от Десы прекращения деятельности инквизиции до прибытия их в Кастилию. Одновременно были посланы письма грандам с просьбой оказать помощь в этом деле. Однако все распоряжения Филиппа остались лишь на бумаге. Инквизиция с ними не пожелала считаться и продолжила в Кордове, под руководством Люсеро, действовать с прежним усердием. Мало того, как раз в это время Люсеро задумал продемонстрировать свое могущество и избрал мишенью бывшего духовника королевы Изабеллы гранадского архиепископа Фернандо Талаверу.