Этим объясняется, почему с введением инквизиции в Испании остановился рост числа новообращенных. Если до этого формальный переход в христианство был связан для евреев с перспективой занять хорошо оплачиваемое или влиятельное положение в стране, если раньше он давал гарантии спокойной и мирной жизни, то теперь он означал для них вступление в класс людей, который, не удовлетворяя требованию о чистоте крови, подвергался чаще других преследованиям и вечно находился под дамокловым мечом обвинений в иудейской ереси.
Положение новохристиан при инквизиции стало во много раз хуже положения евреев, которые в качестве нехристиан не подлежали ведению инквизиции, если только не занимались прозелитизмом и не оскорбляли христианской религии, а потому неудивительно, что они не спешили становиться христианами. Этим, однако, подрывались основы политики Фердинанда, задавшегося целью иметь одну религию в пределах единого государства. Между инквизицией и светской властью возник, таким образом, конфликт на почве еврейского вопроса.
Конфликт этот носил тем более своеобразный характер, что, по существу, обе стороны одинаково были заинтересованы в возможно большем переходе евреев в христианство. Для устранения его необходимы были решительные меры, причем, разумеется, и мысли не возникало, чтобы отказаться или даже смягчить надзор инквизиции над новообращенными. Следовательно, возникла идея направить внимание в другую сторону — значительно ухудшить положение евреев, чтобы принудить их массами переходить в христианство, несмотря на опасность очутиться в качестве новообращенных в тисках инквизиции.
Но правовое положение евреев было настолько тяжелым, что трудно было придумать какие-либо новые ограничения, и сам собой всплыл вопрос об изгнании их из Испании. Уже в 1481 году, то есть почти одновременно с введением инквизиции, появился эдикт Изабеллы об изгнании евреев из Андалузии, где их было больше, чем в других местах Испании.
Эдикт этот не был приведен в исполнение; во всяком случае, в 1484 году в Андалузии, как это видно из буллы Сикста IV, евреи жили беспрепятственно. Не возымел эдикт действия, вероятно, потому, что в то время Фердинанд вел борьбу с маврами из-за Гранады и нуждался в еврейских деньгах.
Тем не менее Торквемада продолжал твердить о том, что страна должна быть очищена от тех, «кто принес столько зла миру». В народе был пущен слух, что евреи всячески оскорбляют христианскую веру, насмехаются над ее святынями и позорят дорогие ей имена. Так, утверждали, что королевский врач Рибас Альтас носил на шее золотой медальон с изображением, крайне оскорбительным для христианства, причем сам Альтас фигурировал на нем в качестве героя неприличной сцены. Медальон этот открыл престолонаследник принц Хуан и был настолько потрясен увиденным, что серьезно заболел, и только сожжение Рибаса Альтаса восстановило его здоровье. Рассказывали также, будто несколько евреев в страстную пятницу 1488 года забросали камнями находившийся на холме Гано (близ Касар-де-Паломеро) крест, но были пойманы герцогом Альбой, который сжег раввина и многих участников этого святотатства и привел крест в надлежащий вид. К этому же времени обычно приурочивается и пресловутая переписка между «принцем» испанских евреев Чаморро и константинопольцем Улиффом, которой так часто пользовались в своих интересах враги евреев и маранов. Но переписка эта была сфабрикована гораздо позже и, следовательно, не могла влиять на судьбу испанских евреев до издания эдикта об изгнании их из Испании. Венцом всех этих и подобных им инсинуаций был инсценированный Торквемадой процесс «святого дитяти из Ла-Гуардии», который вызвал в испанском обществе сильное негодование против евреев и маранов. Он завершился в ноябре 1491 года, за пять месяцев до эдикта об изгнании евреев, и повлиял, без сомнения, на решение королевской четы раз и навсегда освободить страну от еретической заразы.
Существо дела святого дитяти из Ла-Гуардии заключается в следующем. В июне 1490 года был арестован новохристианин Бенито Гарсиа, который после пыток заявил, что вместе с пятью другими маранами и шестью евреями замышлял заговор против христианства. На основании его показаний были арестованы девять маранов и евреев (еще три еврея из названных Гарсиа к этому времени умерли). Их обвинили в том, что, во-первых, они убили трехлетнего христианского ребенка из Ла-Гуардии, во-вторых, из вырванного у мальчика сердца пытались сделать волшебное средство, дабы уничтожить не только инквизицию, но и христианство, и, в-третьих, произносили святотатственные слова, и мараны при этом принуждались евреями к соблюдению различных еврейских обрядов. Обвиняемые то энергично отрицали свою вину, то приписывали себе, не имея силы переносить дольше пытки, всевозможные преступления. Что характерно, в Ла-Гуардии и ее окрестностях в это время никто не жаловался на пропажу ребенка. В конце концов 16 ноября 1491 года обвиняемые евреи были казнены живьем, а маранов, прежде чем сжечь, удушили. В зачитанном на аутодафе решении инквизиционного трибунала особенно подчеркивалась роль в этом деле евреев. Мнимая жертва мнимого убийства была провозглашена святой, окружена ореолом мученической смерти, и ей были приписаны самые разнообразные чудотворные способности; поле, где, согласно показаниям осужденных, закопали кости ребенка, запрещено было более обрабатывать, дабы весь мир знал это место и помнил о страшном злодеянии евреев.