На первых порах казалось, что Фердинанд и Изабелла решили отнестись с должной серьезностью к этим обещаниям, и назначение на пост гранадского генерал-губернатора графа Тендильи, впоследствии получившего титул маркиза Мондехара, свидетельствовало о добрых намерениях королевской четы. Тендилья слыл человеком справедливым и беспристрастным. Архиепископом Гранады был назначен Фернандо Талавера.
Он выучился арабскому языку и часто вступал в религиозные диспуты, что, разумеется, способствовало поднятию авторитета христианской религии в Гранаде. Отличаясь любовью к страждущим, Талавера собственным примером учил, что религия любви и братства не есть пустой звук. Но деятельность его по самому характеру своему не могла привести к быстрому успеху, то есть к немедленному и поголовному обращению гранадцев в христианство, — а именно этого требовали от Талаверы его воинственные противники, которых возглавлял толедский архиепископ Франсиско Хименес де Сиснерос.
Король Фердинанд не имел четкого плана действий в отношении мавров. Когда португальский король Мануэл 20 апреля 1497 года изгнал из своей страны не желавших принять христианство мавров, то Фердинанд милостиво разрешил им «вместе с женами, детьми, челядью и всяким имуществом» не только пройти через Испанию, но и остаться в ней столько времени, сколько им заблагорассудится, причем мавры были взяты под особую защиту короля. В резком противоречии с этими привилегиями, предоставленными иностранным маврам, находится письмо Фердинанда от 1498 года, в котором он высказывает удовлетворение по поводу оставления испанскими маврами Гранады и советует поддерживать их стремление к эмиграции, так как их воспоминания о былой независимости делают их ненадежными под данными. Однако открыто принять какие-либо репрессивные меры против мавров король не решался, опасаясь вызвать их восстание и не желая без повода нарушать торжественно данную присягу, тем более что Талавера — хотя медленно, но верно, — подвигал дело религиозного объединения недавно покоренной страны.
В середине июля 1499 года Хименес уговорил короля назначить его помощником Талаверы. Однако, получив полномочия, он стал действовать совершенно самостоятельно, не считаясь с Талаверой. Проявив необычайную энергию и щедрость на подарки (порой он просто подкупал целые общины), Хименес за короткое время обратил в христианство много народа; рассказывают даже, что в один лишь день (18 декабря 1499 года) крестились несколько тысяч человек; тогда же мечеть квартала Альбаисин, в котором было свыше 5000 маврских домов, была превращена в церковь Св. Спасителя. Деятельность Хименеса вызвала возмущение той части мусульман, которые дорожили своей верой. В ответ на их протесты последовали репрессии: наиболее видные мусульмане были брошены в тюрьму, а на городской площади сожгли 5000 мусульманских книг. Кроме того, Хименес вопреки королевской хартии стал преследовать христиан, которые приняли ислам. По его мнению, они и их потомки подлежали юрисдикции инквизиции, отменить которую не могли никакие королевские привилегии. Во время ареста дочери одного из таких людей толпа мавров растерзала королевского альгвасила, и только вмешательство губернатора Тендильи не дало бунту разрастись. Хименес поспешил к королю, охарактеризовал происшедшее как попытку уничтожить в Гранаде христианство и добился от короля, чтобы прощение было дано лишь тем маврам, которые примут христианство, — остальные должны были немедленно покинуть страну.