Фердинанд развязал Хименесу руки, но тут же, опасаясь, что мавры поднимут восстание, обратился к ним с заявлением, что дает слово, что отныне никто не будет насильно обращен в христианство, а еще через месяц издал для мавров, принявших христианство, амнистию, в силу которой им были прощены все преступления, совершенные до перехода в новую религию. Все это, однако, не принесло ожидаемого результата. Заполыхал бунт в горах Сьерра-Невады, на подавление которого пришлось посылать войска. Выступление мавров было жестоко подавлено: в Андараксе взорвали мечеть, в которой скрывались женщины и дети, при взятии Бельфике перебили всех мужчин, а женщин обратили в рабство, в Нихаре и Гехаре все население продали в рабство; при этом насильственно обратили в христианство свыше 10000 человек. Но едва улеглось восстание в Сьерра-Неваде, как брожение охватило другую часть Гранады, а вскоре и почти всю Андалузию. Чтобы усмирить мятеж, потребовалась восьмимесячная военная экспедиция, стоившая Испании много денег и крови. В эти месяцы многие тысячи мусульман под страхом смерти стали христианами.
Вскоре, однако, эти новообращенные, поскольку в их искренность мало кто верил, сделались, подобно маранам, предметом сначала законодательных ограничений, а затем жестоких преследований. 1 сентября 1501 года им было запрещено иметь и носить оружие, причем нарушение этого закона влекло за собой в первый раз конфискацию имущества и двухмесячное заключение, а повторно — смертную казнь. Но раз стали приниматься меры против новообращенных, то с тем большим основанием можно было начать репрессивную политику по отношению к мудехарам, то есть давно подчинившимся Испании маврам, жившим в рассеянии по всей стране. Был издан закон, в силу которого мудехары потеряли право въезда в Гранаду, так как религиозные интересы новообращенных гранадцев требовали изолирования их от мусульманского населения остальных частей Испании. Представителям королевской власти в провинциальных центрах были отправлены инструкции о необходимости обращения мудехаров в христианство, причем указывалось, что идти следует путем убеждения, а не репрессивных мер. Но, по-видимому, убеждения ни к чему не привели, и вот уже коррехидор Кордовы просит разрешить ему применять меры принуждения; разрешение ему не дали, что выглядит непоследовательно со стороны правительства, так жестоко расправившегося с гранадцами.
Впрочем, через несколько месяцев после этого, 12 февраля 1502 года, — в духе все той же непоследовательной политики — появился королевский указ, в котором говорилось о запрещении врагам католицизма и лицам, исполняющим позорные обряды, жить в пределах государства. До конца апреля все мавры, мужчины старше 14 лет и женщины старше 12 лет, должны были покинуть Испанию; они могли забрать с собой свое имущество, за исключением золота и серебра и некоторых запрещенных вещей. Выход к морю им разрешался лишь через бискайские порты; мавры, пойманные в других портах, подлежали смертной казни с конфискацией имущества в пользу казны. Ввиду военного времени изгоняемым маврам под страхом смерти и конфискации имущества запрещалось направляться в мавританскую Африку или в Турцию. Христианину, предоставившему после апреля 1502 года приют мавру, грозила конфискация имущества. Указ об изгнании не распространялся, во-первых, на рабов, а во-вторых, на детей моложе 14 и 12 лет, которых отнимали у мудехаров и отдавали на воспитание христианам.
Характерно, что в указе не говорится о том, что изгнание может быть отменено переходом в христианство. В действительности, однако, крещение спасало от изгнания, и мавры тысячами принимали христианство. Так, в Авиле крестилось все мусульманское население поголовно, и ни один не был оттуда изгнан; то же можно сказать и о населении Бадахоса. Новообращенные получили название морисков; отныне Гранада, Андалузия, Кастилия и Леон не знали более ни мавров, ни мудехаров; здесь вместе с «настоящими» испанцами жили мориски, которые в той же мере напоминали мавров, в какой мараны — евреев.