Тем временем инквизиторы готовили материал для следующего аутодафе, которое состоялось 22 декабря 1560 года. Виднейшим лицом на этом аутодафе был Юлиан Эрнандес; его сожгли, как и еще тринадцать человек; трое из них были иностранцами — англичане Брук и Бертоун и француз Фабрео. На этом аутодафе in effigie были сожжены Эгидий и Понсе, а также бежавший Хуан Перес де Пинеда. Двенадцать жителей Испании подвергли конфискации имущества и отправили в тюрьму; та же кара постигла трех иностранцев: генуэзца Франкиса, англичанина Фрэнтона и фламандца Оланду. Одна женщина — Хуана де Борхес, сестра заживо сожженной Марии де Борхес, — была посмертно признана невиновной; ее заключили в камеру беременной, дождались, пока она родила, и подвергли пытке, во время которой она истекла кровью.
Прошло несколько дней после декабрьского аутодафе, как в Севилье, к ужасу инквизиции, стал ходить по рукам памфлет, в котором восхвалялось лютеранство и высмеивалась католическая вера; подобное сочинение распространялось в 1559 году в Толедо, и все указывало на то, что и тогда, и сейчас это сделал один и тот же человек. Инквизиторы энергично взялись за розыски преступника и арестовали массу невинных людей. Памфлеты тем временем появлялись один за другим. 1 февраля 1562 года стараниями Хуана Фернандеса Барбосы, получившего за свой донос 200 дукатов, был наконец арестован Себастиан Мартинес, у которого нашли приспособления для печати, а также большое количество не розданных еще памфлетов. Во время пытки Мартинес назвал своим сообщником проповедника Иеронимо Эрреру, который будто бы из мести за своего друга Константина Понсе стремился причинить инквизиции как можно больше вреда, но когда пытку прекратили, заявил, что Эррера невиновен. Тем не менее Эрреру, чья верность католичеству была вне подозрения, арестовали и едва не осудили; потребовалось вмешательство Супремы, чтобы он был выпущен на свободу. Мартинес же предстал на аутодафе 26 апреля 1562 года.
Это было уже третье аутодафе, связанное с делом о протестантской ереси. На нем были сожжены, кроме Мартинеса, восемь человек, из них три французских моряка; in effigie сожгли еще пятнадцать. Различным наказаниям подвергли еще 25 человек, из них пятнадцать иностранцев, обилие которых свидетельствует, что протестантизм даже в Севилье, считавшейся наряду с Вальядолидом центром лютеранской ереси, питался главным образом, притоком извне.
Четвертое по счету аутодафе состоялось 28 октября 1562 года. К смерти были приговорены девять человек, из них трое иностранцев; кроме того, сожгли останки трех еретиков. На этом с протестантами в Севилье было покончено, и в дальнейшем здесь отмечены только единичные случаи их преследования. На аутодафе 11 июля 1563 года за привоз из Фландрии еретических книг был подвергнут епитимии доминиканский монах Доминго де Гусман из монастыря Сан-Пауло в Севилье; книги были публично сожжены на площади Св. Франциска. 19 апреля 1564 года сожгли шесть фламандцев, которых поймали на отправлении лютеранских обрядов второй раз. 13 мая 1565 года сожгли in effigie шесть человек — все эти еретики были рецидивистами, то есть инквизиция работала в основном над старым материалом, так как нового становилось все меньше и меньше. В дальнейшем среди осужденных на севильских аутодафе еретиков мы видим только иностранцев.