После уничтожения севильской и вальядолидской общин протестантов в Испании, можно сказать, не осталось, хотя время от времени то одного, то другого еретика обвиняли в лютеранстве, подразумевая под этим любое отступление от традиционного католицизма. Из отдельных случаев отметим сожжение 17 сентября 1564 года в Валенсии Гаспара Сентельяса. Это был образованный человек, происходивший из знатной семьи; на суде он сумел опровергнуть все пункты обвинения.
Но инквизиция нашла способ осудить его на смерть: после суда защитник попросил Сентельяса подписать заявление о том, что он считает католическую церковь Божьей церковью. Сентельяс категорически отказался, вследствие чего был признан упорствующим еретиком. С Сентельясом был в дружеских отношениях доктор Аркер, итальянец, принявший испанское подданство. Толедский трибунал рассматривал его дело в течение девяти лет. На аутодафе 4 июня 1571 года Аркера должны были до сожжения задушить, но толпа нашла такой приговор чрезмерно мягким и потребовала сжечь его живьем. Она набросилась на Аркера, исколола его кинжалами, и затем его, еще живого, с кровоточащими ранами, затащили на костер.
Шефер подсчитал, что в 1550—1600 годах во всей Испании прошло около 400 «лютеранских» аутодафе; правда, подробные отчеты сохранились только о 216. На них подверглись наказанию около 2100 человек; к сожжению приговорили 340, из них 120 посмертно. Причем известно только о 325 испанцах, привлеченных к ответственности инквизиционными трибуналами; эта цифра совершенно ничтожна при населении в 8—9 миллионов. Приходится поэтому согласиться с теми, кто утверждает, что инквизиция умышленно, преследуя корыстные цели, раздувала протестантскую опасность, отлично сознавая, что ни о какой опасности не может быть и речи.
Изобилие иностранцев-еретиков побудило инквизицию принять меры предосторожности против них. В 1572 году Супрема отдала распоряжение трибуналам Арагона, Каталонии и Валенсии следить, чтобы нигде не занимали учительских должностей французы, так как именно от их педагогической деятельности, по ее мнению, происходил наибольший вред. Инквизиции также вменили в обязанность наблюдать, чтобы еретической пропагандой не занимались иностранные купцы; не раз конфисковывались торговые суда, прибывавшие в испанские порты, на том основании, что экипаж их состоит из еретиков. Только в течение шести месяцев 1593 года на Канарских островах были задержаны тринадцать немцев с корабля «Св. Петр», семнадцать фламандцев с корабля «Роза», пятнадцать фламандцев с корабля «Леон Колорадо» и двенадцать англичан с корабля, название которого в отчете инквизиции не указано.
Все это подрывало морскую торговлю, и Супрема в 1597 году вынуждена была пойти на уступки и сделать исключение для ганзейских городов: прибывавшие оттуда лица не подвергались допросам о своих религиозных воззрениях и подлежали аресту лишь в том случае, если они в испанском порту или на испанской территории позволяли себе какое-либо оскорбление по адресу католической веры, при этом производилась конфискация не всего товара, а лишь той его части, которая принадлежала обвиняемому. Впрочем, любое судно должно было быть обыскано на предмет наличия еретических книг, подлежащих сожжению.
Английское правительство при заключении в 1604 году мирного договора с Испанией внесло в него особый пункт о том, чтобы английские купцы не подвергались в Испании инквизиционным преследованиям: никто не имел права принуждать их к посещению церкви, судно не могло быть конфисковано и т. д. Супрема известила после этого трибуналы, что отныне англичане пользуются теми же правами, что и ганзейские купцы, но, например, архиепископ Валенсии Рибера отказался принимать это во внимание — он продолжал настаивать на необходимости преследования англичан на том основании, что с врагами религии нельзя не только заключать договора, но и вообще жить в мире. Письмо Риберы королю было рассмотрено государственным советом, который, не отказываясь от договора с Англией, тем не менее просил великого инквизитора напомнить трибуналам об обязанности следить за иностранцами и не допускать, чтобы испанские женщины встречались с англичанами. Как бы то ни было, внешнеполитические условия были сильнее требований инквизиции, и когда в 1609 году было заключено перемирие на двенадцать лет с Нидерландами, Испания вынуждена была предоставить этому еретическому государству те же права, что англичанам и ганзейцам.