Возможно, сравнительно милостивое решение Мануэла — предоставление евреям для исхода трех портов (Лиссабон, Порту и Сетубал) и продолжительный срок до начала выхода из страны — было вызвано желанием, чтобы евреи, приняв христианство, остались в Португалии и не вывезли из нее свои богатства. Если так, то расчеты короля не оправдались, и когда стало ясно, что стремления креститься у евреев не наблюдается, он в феврале 1497 года внес в государственный совет предложение немедленно насильно окрестить всех евреев. Совет, возглавляемый епископом Фернандо Котинью, выступил против этого, но король продолжил гнуть свою линию. По совету крещеного еврея Леви бен-Шем Това он распорядился закрыть все синагоги и еврейские школы и, более того, запретил евреям молиться; ослушавшимся грозило строгое наказание. Когда и это не заставило евреев в большом числе перейти в христианство, король, по совету все того же Леви бен-Шем Това, издал в начале марта 1497 года тайный приказ в определенный день насильно отнять у евреев всех детей в возрасте от четырех до двадцати лет (по другим сведениям, до четырнадцати лет), обратить их в христианство и, распределив по разным городам, отдать за счет короля на воспитание в христианские дома. Государственный совет опять попытался предостеречь короля от совершения насилия над малолетними и жестокости по отношению к их матерям и отцам. Заседания совета, как и сам приказ, носили тайный характер, но слух о готовящейся мере все-таки просочился наружу; во всяком случае, 17 марта евреи уже знали о том, что их ждет.
Об этом сообщили Мануэлу, и он, опасаясь, как бы евреи не спрятали где-либо или не отправили за пределы Португалии своих детей, 19 марта, в первый день праздника Пасхи, велел привести приказ в исполнение. Местные власти не считались с возрастом подлежащих отнятию молодых людей, и среди захваченных оказались даже 25-летние женщины и мужчины.
Происходившие при этом сцены не поддаются описанию: отцы и матери бросали детей в колодцы, чтобы не отдавать их в руки врагов, и сами кончали жизнь самоубийством; крики и стоны наполняли города ужасом, и христиане из сострадания к несчастным евреям скрывали многих у себя, не желая, чтобы дети лишались родителей.
При таких обстоятельствах евреи, в большинстве случаев принявшие в эти грустные дни христианство, решили обратиться за помощью к Римской курии. Папой в это время был знаменитый своей распущенностью Александр VI, который менее всего был склонен внимать голосу справедливости, но зато был крайне чувствителен к деньгам, — евреи хотели купить у него для себя защиту, тем более что Александр VI, торговавший кардинальскими шапками, из всего готов был делать предмет купли и продажи.
Однако отправленная в Рим депутация встретила отпор со стороны испанского представителя при папском дворе; депутаты были даже арестованы как еретики. Впрочем, Мануэл понимал, что ради мира в государстве следует смягчить политику, и 30 мая 1497 года был издан закон, в силу которого новообращенным была гарантирована спокойная жизнь в течение двадцати лет, в продолжение которых власти не имели права привлекать их по обвинению в ереси. Этим законом крещеным врачам и хирургам, не владевшим латинским языком, разрешалось читать еврейские медицинские книги; наконец, закон говорил о предстоящей амнистии для всех крещеных евреев и обещал, что по отношению к ним никогда не будут издаваться какие-либо особые распоряжения.
Мануэл все откладывал день отъезда евреев, не пожелавших креститься, и когда они, ввиду наступления осени, стали просить его приготовить для них в обещанных трех портах нужное количество судов, он заявил, что решил отправить всех евреев из одного Лиссабона, куда они все должны немедленно собраться. «Несчастные евреи, — пишет испанский историк Хосе Амадор де Лос-Риос, — не могли даже подозревать, что под новым королевским предложением скрывается самое ужасное вероломство, а между тем Мануэл так распорядился, что в Лиссабоне не только не было достаточного количества судов, но не хватало и запасов первой необходимости. Когда евреи должны были, в силу эдикта об изгнании, покинуть португальскую землю, этот недостаток в судах послужил причиной объявления всех евреев королевскими рабами». Обычно количество евреев, очутившихся в Лиссабоне, определяют в 20 000. Тех, кто не успел уехать, загнали, точно овец, в обширный дворец Эстаус, где их, вместо хлеба и воды, кормили проповедями двух крещеных евреев; запертым евреям были обещаны золотые горы, если они примут христианскую веру. Когда эти меры убеждения не привели к желанным результатам, король отдал приказ действовать силой: полицейские чины должны были загнать в церковь всех евреев, дабы священники совершили над ними скопом обряд крещения.