Вступивший на папский престол Павел III не был связан с маранами никакими обещаниями и относился к ним с гораздо меньшим сочувствием, но в целом продолжил политику своего предшественника. При нем между маранами и папским нунцием Ровере было заключено соглашение, по которому мараны обязались заплатить Римской курии 30 000 дукатов, если инквизиция в Португалии будет окончательно отменена. Курия старалась честно заработать свои деньги и представила Жуану ряд предложений в пользу маранов, но португальский король упорно не желал их одобрить. Тогда 2 ноября 1535 года Павел III опубликовал буллу, которой даровалось прощение всем маранам, начатые против них вероисповедные процессы прекращались, конфискованное имущество возвращалось, а все находящиеся в тюрьмах немедленно обретали свободу; были также восстановлены в правах дети осужденных и бежавших маранов. Таким образом, Павел исполнил, как он говорил, свой долг по отношению к маранам. Но тут оплошали мараны, не сдержав своего слова, — вместо 30000 дукатов Марко делла Ровере доставил от их имени в курию только 5000. Папа был взбешен.
Тем временем Жуан III нашел энергичного сторонника в лице императора Карла V. Раздраженный обманом папа уступил давлению императора и 23 мая 1536 года весьма неожиданно для маранов издал бреве, коим ввел в Португалии инквизицию, — с тем, однако, условием, что в течение первых трех лет ее судопроизводство будет вестись согласно существующему в Португалии законодательству и первые десять лет конфискованное у еретиков имущество станет поступать в пользу ближайших их наследников, а не португальской казны. Великим инквизитором был опять назначен уже знакомый нам Диого да Сильва.
Мараны поняли свою ошибку и уже более не жалели денег, что не замедлило сказаться на их положении. В начале 1537 года папа известил недавно назначенного в Лиссабон нунция Джироламо Реканати Каподиферро, что присваивает ему право отпускать маранам грехи; также маранам отныне разрешалось свободно оставлять Португалию, и никто — под угрозой отлучения от церкви — не мог препятствовать им приносить жалобы Риму на отношение к ним инквизиторов. С этого момента Лиссабон превратился в оживленный центр купли-продажи отпущения грехов. На это горько жалуется Жуан III в письме папе от 4 августа 1539 года — он говорит, что иудействующие грешат открыто, бросая всем вызов, так как они уверены, что им удастся купить прощение за содеянное. В этом письме король просит папу назначить вторым великим инквизитором своего брата — молодого принца Энрике.