Все это время между Римской курией и Лиссабоном шли переговоры, во время которых каждая сторона старалась извлечь для себя больше выгод: папа, столько раз пользовавшийся деньгами маранов, не желал выдавать их в руки инквизиции, король же настаивал, чтобы инквизиция в Португалии была такой же независимой от папского престола, как и в Испании. Только летом 1547 года стороны пришли наконец к соглашению. Маранам даровалось полное прощение за прошлые грехи, все арестованные выпускались на свободу, конфискованное имущество возвращалось хозяевам, дети прежде осужденных не подлежали никаким правовым ограничениям, а впавшие до сего времени вторично в грех не считались рецидивистами — их следовало рассматривать как обычных еретиков, которых покаяние может спасти от костра. Одновременно объявлялись недействительными все индивидуальные охранные грамоты, купленные отдельными маранами у курии с целью освободить себя от преследований инквизиции; отныне эти индульгенции подлежали отсылке в Рим и не могли быть предъявлены инквизитору в качестве защиты от ареста.
Все предыдущие ограничения деятельности португальской инквизиции, объявленные как Павлом III, так и его предшественниками, отменялись. Португальскому великому инквизитору предоставлялась полная свобода действий по отношению к привлекаемым за ересь лицам, то есть никакие действия теперь он не должен был согласовывать с Римом. Папа, правда, счел своим долгом еще раз напомнить королю о необходимости мягкого отношения к новохристианам и просил Жуана дать им при желании по крайней мере в течение одного года возможность покинуть страну, но король твердо отказал. Таким образом, мараны, формально получив прощение за все, совершенное в прошлом, на деле оказались в полной власти инквизиции.
Уже 10 июля 1548 года в Лиссабоне состоялось первое после соглашения с Римом аутодафе; за ним последовало еще два в Эворе. Однако поставить аутодафе на поток, как мечтал Жуан, не вышло. Дело в том, что Павел III — видимо, испытывая угрызения совести за вероломство, совершенное в отношении маранов, — за несколько месяцев до смерти в ноябре 1549 года предоставил им привилегию, сводившуюся к тому, чтобы в процессах против них лишь в исключительных случаях не публиковались имена свидетелей. 13 августа 1550 года Жуан III отправил на имя нового папы Юлия III протест против этой привилегии, заявляя, что она подрывает деятельность инквизиции, ибо, как мы знаем на примере инквизиции испанской, очень многие обвинения строились на тайных доносах. Рим отреагировал на этот протест с большой задержкой, и лишь в 1560 году папа Пий IV отменил бреве Павла III. Этим объясняется сравнительно незначительное количество аутодафе, равно как и число жертв инквизиции, в период с 1548 по 1580 год, которым отмечена уния Испании и Португалии:
Относительно незначительное количество сожженных до 1580 года in effigie объясняется тем, что в Португалии трибуналы не вели расследований по делам умерших преступников и не подвергали заочным наказаниям бежавших. В Испании целью таких расследований часто была конфискация имущества умершего или бежавшего, но в Португалии Жуан III за определенную плату освобождал маранов от опасности конфискации. Сделки между маранами и государством происходили каждые десять лет, и деньги, поступавшие в результате в казну, были неплохим для нее подспорьем. Подобного рода сделки не прекратились и со смертью Жуана в 1557 году. Точно известно, что была заключена сделка в 1568 году. В 1578 года по истечении срока договора Себастьян I начал вести переговоры с маранами о новом соглашении, так как нуждался в деньгах для продолжения своей экспедиции в Африку, но договориться до своей гибели не успел. Сменивший его на троне великий инквизитор Энрике считал продажу освобождений от конфискации оскорблением для религии и поводом к преступлениям. Через два года Португалия была присоединена к Испании, и вопрос об освобождении от конфискации маранского имущества отпал сам собой.
Когда произошла уния, Филипп II обратился с просьбой к папе Григорию XIII перевести Португалию под юрисдикцию испанского великого инквизитора. Папа, однако, на это согласия не дал, и португальская инквизиция осталась независимым от Испании учреждением. Правда, Филиппу удалось получить от папы право назначать португальского великого инквизитора, и в 1586 году им стал кардинал Альбрехт Австрийский, который в то же время был и губернатором Португалии. С его прибытием в Лиссабон деятельность здесь инквизиции заметно активизировалась. За двадцать лет, в 1581 —1600 годах, три португальских трибунала устроили, по одним подсчетам, 50 аутодафе, а по другим — 58. Сохранилось 45 отчетов об этих аутодафе; они дают следующую, разумеется неполную, картину: