В 1640 году инквизиционные трибуналы Лимы и Картахены докладывают Супреме, что немало маранов состоят в переписке с еврейскими общинами Голландии и Востока.
С этим, возможно, связаны аутодафе в Лиссабоне в 1640-х годах. 6 апреля 1642 года сожгли заживо шесть человек, 25 июня 1645 года — одиннадцать. 15 декабря 1647 года на аутодафе вывели 69 еретиков. Среди них был купец Антонио Роис Кастелло, называвший себя католиком, но при этом отрицавший Троицу и обучавший своих пятерых дочерей и сына еврейским обрядам. За столь оригинальные религиозные взгляды Кастелло сожгли, а его детей приговорили к пребыванию в тюрьме.
Но самой примечательной личностью на аутодафе 15 декабря 1647 года был Исаак Кастро. Он родился в 1626 году в небольшом французском городе Тартас и до перехода в иудейство звался Томасом Луи. В 1640 году он переехал в Амстердам, подвергся обряду обрезания и получил имя Исаак; тогда же был обрезан его отец, получивший имя Авраам, а мать стала называться Бенвенидой. Исаак Кастро учился в Лейденском университете, но, к несчастью для себя, повздорил с одним дворянином и убил его на дуэли. От суда он бежал в Бразилию, в местность под названием Пернамбуку, принадлежащую тогда голландцам, но и там ему не дали покоя, и пришлось бежать еще дальше, в португальские владения. Здесь, боясь, как бы его не выдали голландцам, Кастро стал изображать добропорядочного христианина, но в 1645 году у него нашли филактерии; он был арестован и отправлен в Лиссабон. Сидя в тюрьме, Кастро заявил, что никогда не был крещен и откажется от иудаизма лишь в том случае, если ему докажут ошибочность этого учения. К нему в камеру были отправлены два доминиканца и иезуит, но переубедить его они не сумели. Когда был поднят вопрос о сожжении Кастро, инквизиторы стали сомневаться, можно ли его приговорить к такому наказанию, раз нет уверенности, что он был крещен. Но Супрема разрешила это сомнение, и Кастро, не евший в тюрьме мяса из-за того, что оно не кошерное, и не зажигавший лампы в субботний день, погиб в огне как христианин, предавший Христа.
Общая картина деятельности португальской инквизиции в 1640-х годах сводится к следующим цифрам:
Надо отметить, что в эти годы сравнительно с двумя предыдущими десятилетиями наметился спад активности инквизиции. Несомненно, это было связано с отпадением в 1640 году Португалии от Испании. Про ставшего королем Жуана IV испанцы говорили, что он в душе безбожник, стремящийся уничтожить инквизицию. Разумеется, это не соответствовало истине — Жуан лично присутствовал на некоторых аутодафе, на которых сжигали еретиков. Но, с другой стороны, он противился конфискациям имущества заподозренных лиц, находя, что это сильно подрывает экономические интересы Португалии, о которых он заботился гораздо более своего предшественника, занимавшего одновременно испанский и португальский троны. Удивительно то, что мараны не сочувствовали самостоятельному существованию Португалии, и некоторые из них оказались замешаны в заговорах против Жуана IV с целью вернуть Португалию в объятия Испании. Так, за участие в таком заговоре был казнен в 1641 году богатый маран Педро Баэса. В связи с этим был издан ряд ограничительных законов против новохристиан; им, между прочим, было запрещено заниматься медициной и аптекарским делом.
Папа всецело находился на стороне Испании и не признавал Жуана IV королем, так что португальский король не мог обратиться к нему с просьбой отменить конфискации, что, согласно канону, могло быть сделано только Римской курией. Жуан, однако, нашел выход из положения: заявив, что не будет вмешиваться в отправление инквизицией правосудия, он в то же время предоставил обвиняемым полную свободу распоряжаться конфискованным у них имуществом.
Но не безвозмездно: лица, на которых распространялась эта милость — а речь шла об очень богатых людях, — должны были создать компанию для ведения торговли с колониями в видах обогащения Португалии, а также построить на свои деньги 36 военных судов для охраны торгового флота. Инквизиция увидала в этом нарушение своих привилегий и стала угрожать отлучением от церкви тем, кто посоветовал королю издать этот закон; папа Иннокентий X стал на сторону инквизиции и издал соответствующее бреве. Тем не менее торговая компания была создана; кстати, при ее содействии португальцы отвоевали у голландцев Пернамбуку. Но в 1656 году Жуан IV умер, и Люсия де Гусман, регентша при малолетнем Афонсу VI, не только отменила многие его эдикты, но и потребовала вернуть инквизиции суммы, потерянные из-за этих эдиктов за последние семь лет.