После смерти Жуана IV число жертв инквизиции заметно увеличилось. Для 1651 — 1673 годов нам известны такие цифры:
Из аутодафе в это время следует выделить два: 15 декабря 1658 года в Порту, когда привлекли к ответственности 90 мара-нов, и 25 октября 1660 года в Коимбре, когда на аутодафе предстали 237 человек. 1 декабря 1652 года был задушен и сожжен в Лиссабоне Мануэл Фернандес де Вилья-Реаль, бывший в течение многих лет португальским генеральным консулом в Париже. Здесь опубликовал он политическое рассуждение, в котором превозносил герцога Ришелье, между прочим, и за то, что герцог, в противовес Филиппу II, всегда относился толерантно к представителям иных религиозных взглядов. Возможно, это припомнили ему, когда он по коммерческим делам приехал в Лиссабон; он был арестован, год просидел в тюрьме и наконец отправлен на костер.
В последней четверти XVII века аутодафе стало еще больше. Некоторые продолжались по два дня, а в Коимбре в феврале 1677 года аутодафе заняло целых три дня: к сожжению на нем приговорили девять человек, а к другим наказаниям 264. В этот же период, 10 мая 1682 года, состоялось самое большое аутодафе в истории Португалии. Материал для обвинения был в изобилии, поскольку с недавних пор все лица, в жилах которых даже в самой отдаленной степени имелась еврейская кровь, признавались новообращенными, в глубине души преданными еврейству. Таким образом, браки между маранами и «старыми» христианами вовлекали в круг преступников все больше людей, и вскоре почти вся Португалия оказалась в подозрении у инквизиции. Усиление репрессий побуждало мара-нов делать все новые предложения правительству: например, в 1673 году в обмен на амнистию и изменения в правилах инквизиционного судопроизводства они предлагали содержать на свои средства 4000 солдат в Индии и в случае войны дополнительно еще 1500, а кроме того, платить ежегодно 20 000 крузадо отступных. Португальское правительство едва не согласилось на столь заманчивое предложение, но затем под давлением инквизиции вынуждено было от него отказаться.
Впрочем, в два последних десятилетия XVII века активность инквизиции в Португалии постепенно стала снижаться. В цифрах картина ее деятельности в 1681—1700 годах выглядит так:
Надо иметь в виду, что португальские мараны страдали не только от португальской, но и от испанской инквизиции, которая за шестьдесят лет объединения двух стран под скипетром одного короля привыкла считать их объектом своей деятельности. За оказывавшимися в Испании по разным причинам португальскими новообращенными велась постоянная слежка. В 1651 году в Толедо было устроено аутодафе, на которое вывели членов так называемой «португальско-еврейской общины», — 32 человека сожгли живыми и 30 in effigie. Подобные аутодафе, разве что с меньшим числом жертв, прошли в 1660 году в Севилье, в 1680 году снова в Толедо и в Мадриде. В 1677 году в Севилье сожгли живыми девять португальских маранов из тех, что в 1660 году были наказаны in effigie; семнадцать лет они жили под чужими именами, но инквизиторы все-таки напали на их след; это говорит о том, что розыск еретиков, избежавших суда, никогда не прекращался.
Розыск этот, как правило, опирался на доносы, которые особенно часто исходили от арестованных, желающих таким путем облегчить свою участь. Доходило до трагических курьезов. В 1642 году некий арестант сообщил о живущем в Вальядолиде иудействующем Антонио Лопесе, которого нашли и арестовали. Лопес отрицал свою вину и заявлял, что никогда не сочувствовал иудаизму; следствие тянулось почти двадцать месяцев, но вальядолидские инквизиторы так и не смогли прийти к единому мнению, а потому дело было отправлено Супреме, которая распорядилась о производстве дополнительного следствия, и лишь оно выяснило, что арестованный Лопес не имеет никакого отношения к Лопесу, упомянутому в доносе. После этого было начато новое следствие, и в декабре 1645 года арестовали еще одного Лопеса, который, однако, утверждал, что в жилах его нет ни капли еврейской крови и что он постоянно соблюдает обряды католической религии. Тем не менее по приказанию Супремы его подвергли пытке, которая, впрочем, не дала никаких результатов, не считая того, что беднягу изрядно изувечили. В конце концов 14 июля 1646 года Супрема распорядилась примирить обоих Лопесов с церковью. Других Лопесов не искали, вероятно, придя к выводу, что арестованный, желая освободиться из тюрьмы, назвал первое попавшееся имя.
В отношении португальских выходцев такие ошибки были тем более неизбежны, что инквизиция арестовывала их по самым вздорным подозрениям. Так, в Овьедо две женщины сообщили инквизитору Педро Муньосу, что в Бенавенте живет некая Люсия Нуньес, родом из Португалии, надевающая по субботам чистое белье. 17 августа 1621 года Супрема приказала ее арестовать. Во время допроса выяснилось, что чистоплотная Люсия, ревностная католичка и чистокровная испанка, имеет привычку менять белье несколько раз в неделю. Тем не менее ее отпустили не сразу и на тот случай, если откроются какие-либо новые обстоятельства, продержали в тюрьме восемь месяцев, до 15 марта 1622 года.