В 1779 году севильский трибунал расследовал дело молинистки Марии Лопес, пользовавшейся большой популярностью в народе. То, что в двенадцать лет она сбежала из отцовского дома и сделалась любовницей своего исповедника, не помешало распространению славы о ее святости. Мария утверждала, что бывает на небе, где с благословения Св. Девы Марии вышла замуж за Христа; рядом с этим освобождение ее стараниями от мук ада миллионов душ уже не казалось столь уж сложным. Все это продолжалось почти двадцать лет.
В 1779 году чаша терпения церковных властей, видимо, переполнилась, и Марию Лопес арестовали. В тюрьму были отправлены наиболее выдающиеся теологи, чтобы уговорить ее отказаться от своих проповедей, но она заявила, что готова умереть мученической смертью, впрочем, добавив, что через три дня свыше будет дан знак о ее невиновности. 22 августа 1781 года Марию Лопес приговорили к сожжению, но инквизиторы умышленно не выдавали ее светской власти три дня, ожидая, надо полагать, что обещанный знак все-таки появится. На костер Марию повели с кляпом во рту, так как она стала произносить самые ужасные святотатства. В последний момент, однако, она расплакалась. Инквизиция сочла это за угрызения совести и милостиво распорядилась о том, чтобы ее предварительно задушили и лишь потом предали огню.
Большой популярностью пользовалась в народе Изабелла Мария Эррайс, известная как «святая из Куэнки». У нее было множество поклонников среди францисканцев и кармелитов, в ее честь устраивались процессии, зажигались свечи и т. д. Ее учение, сводившееся к тому, что человек может полностью, кровью и телом, слиться с Христом, вызвало оживленную полемику среди теологов: одни утверждали, что учение Эррайс ложно, ибо противоречит сущности таинства причастия; другие допускали его истинность, но не видели достаточного подтверждения того, что она сама такого слияния достигла; третьи принимали за истину все ее слова. Слава Эррайс росла с каждым днем, но все закончилось 25 июня 1801 года, когда инквизиция арестовала ее вместе с ближайшими приверженцами. Эррайс умерла в тюрьме и была сожжена in effigie; один священник и два монаха, арестованные вместе с нею, были сосланы на Филиппины, двое светских получили по 200 ударов розгами и также были сосланы, а ее прислуга была на десять лет отправлена в женское исправительное отделение. «Инквизиция, — замечает ее выдающийся исследователь Генри Чарлз Ли, — могла уничтожить иудаизм, разрушить протестантизм, сделать необходимым изгнание морисков, но она оказалась не в силах вырвать с корнем злоупотребления мистицизмом, который не только свидетельствовал о горячности испанской религиозности, но во многих случаях так мало отличался от учений, долго признаваемых и распространяемых церковью».
Частым явлением, на которое церковь обратила внимание уже в XIII веке, были сексуальные домогательства, которым духовники подвергали прихожанок во время исповеди. Виновных в этом наказывали сравнительно мягко; часто дело ограничивалось временным увольнением от должности.
В 1559 году, вероятно, под влиянием протестантизма, Павел IV предоставил в Гранаде инквизиторам право преследовать священников по обвинению в сексуальных домогательствах, а в 1561 году Пий IV разрешил великому инквизитору Вальдесу распространить это право на всю Испанию. В 1608 году Павел V предоставил то же право португальской инквизиции, а в 1612 году было установлено, что под сексуальными домогательствами, входящими в компетенцию инквизиции, разумеется «возбуждение» не только женщин, но и мужчин. Инквизиция, боясь нанести моральный удар духовенству, стремилась не устраивать скандалов из-за домогательств, причем в вероисповедных актах, призывавших доносить обо всех известных преступлениях, опускалась статья о необходимости доноса на духовников, проявивших такую склонность. Около 1620 года появилась даже теория о том, что уважение к духовенству является законом первой категории, а донесение на преступных духовников принадлежит ко второй категории законов, и, следовательно, им можно пренебречь. Правда, Григорий XV в 1629 году распорядился, чтобы инквизиционные трибуналы наказывали духовников, учивших, будто исповедующиеся не должны доносить на виновных в сексуальных домогательствах.