Наказания, налагающиеся на согрешивших священников, зависели от степени вины и, в общем, отличались снисходительностью; наиболее частым было «легкое отречение», наиболее злостных наказывали лишением права исповедовать, накладывали на них епитимии и заточали их в монастыри.
В 1578 году на кармелита Августина де Сервера поступила жалоба от десяти женщин, и после расследования его лишили права исповедовать и на год заключили в монастырь. На доминиканца Доминго де Ревисто было подано свыше 50 жалоб; в результате он получил десять лет монастырского заключения. Монах Хуан Ромеро обвинялся пятью женщинами; на суде он сознался, что действительно расточал им ласки, но, ссылаясь на свою импотенцию, попросил суд вынести оправдательный вердикт. Однако его приговорили к десяти годам монастырского заточения, епитимии и т.д. В 1604 году перед барселонским трибуналом предстал Эстеван Рамонеда. Поступив пятнадцатилетним мальчиком в монастырь, он отличился там «самым отвратительным и противоестественным развратом». Против него дали показания восемь женщин. Преступление Рамонеды было тем ужаснее, что он вступал в половые сношения прямо в церкви. Несмотря на это, суд вынес ему мягкий приговор: четыре года заточения в монастыре и лишение права исповедовать. Между тем за осквернение церкви, согласно каноническим законам, налагалась тяжелая кара; чтобы избежать ее применения в этом и подобных случаях, инквизиционные софисты толковали, что осквернение церкви бывает лишь тогда, когда половой акт совершается публично; если же духовник грешит, находясь с прихожанкой наедине, то это, конечно, тоже грех, но никак не осквернение святого места.
Священники, добровольно каявшиеся перед инквизиционными трибуналами, отделывались еще меньшим наказанием. В 1580 году в толедский трибунал явился францисканец Марк де Латансон и заявил, что согрешил с шестью девушками и восемью замужними женщинами. На следствии выяснилось, что Марк исповедовал женщин в особой комнате, где стояла кровать; когда женщина вступала в комнату, он запирал за ней дверь, начинал исповедь, но затем прерывал ее и «предавался отвратительным актам», после чего продолжал исповедь и давал отпущение грехов. Латансон был приговорен к четырем годам монастырского заточения, причем это наказание все сочли чрезмерным. В дальнейшем священники, добровольно сообщившие трибуналу о том, что не сумели укротить свою разбушевавшуюся плоть, перестали наказываться совершенно — за исключением, правда, тех, кто сопровождал разврат «скверным учением». Такое снисхождение, естественно, вело к тому, что духовники, виновные в сексуальных домогательствах, частенько, покаявшись перед трибуналом, затем продолжали осквернять то святое дело, служение которому было их долгом.
Точных сведений о священниках и монахах, виновных в сексуальных домогательствах, нет. Для установления виновности требовалось по меньшей мере два свидетеля; этим объясняется, почему в делах о домогательствах число жалоб и доносов значительно превышает число состоявшихся процессов. Известно, что в 1723—1820 годах было возбуждено 3775 дел по обвинению духовенства в такого рода преступлениях, причем 2794 обвинений пришлось на долю черного духовенства. Связано это, вероятно, с тем, что черному духовенству было сложнее удовлетворять похоть в повседневной жизни, а потому оно чаще прибегало к осквернению таинства причастия. Сколько человек из этих 3775 предстало перед судом — сказать невозможно, но, судя по всему, их было ничтожно мало.
Двоеженство строго наказывалось в Испании светскими законами, и кажется, что компетенция инквизиции не должна была распространяться на эту область. Но ввиду того, что многократное расторжение брака у евреев и многоженство у мавров допускались религиозными законами, инквизиция стала смотреть на двоеженство христианина как на иудейскую или мусульманскую ересь. Так, именно как еретика 3 февраля 1503 года в Барселоне приговорили к «легкому отречению» двоеженца Пере де Сентильяну, а затем подобные приговоры вошли в традицию.
Характерный случай произошел в Сарагосе в 1513 году. Хорхе де Бардахи был помолвлен в 1477 году с Леонорой Ользиной, но, узнав, что она от кого-то беременна, Бардахи расхотел жениться на ней. В 1497 году, то есть через двадцать лет после этого, Ользина вышла замуж. Еще спустя шестнадцать лет, в 1513 году, о ее старой помолвке узнал сарагосский трибунал и привлек Ользину к суду. Защищаясь, она сообщила, что прежний ее жених Бардахи давно уже женат на Хуане де Луна. Трибунал распорядился арестовать Бардахи по обвинению в двоеженстве. Но Бардахи, по-видимому, имел большие связи, и за него вступился король Фердинанд. После этого дело затребовал к себе великий инквизитор Меркардер и, судя по всему, не дал ему дальнейшего хода. Однако сам факт появления такого дела говорит о том, сколь большое значение инквизиция отводила случаям двоеженства.