Но, как всегда, отдельные трибуналы не во всем соблюдали указания Супремы. В 1567 году сарагосский трибунал приговорил четырнадцатилетнего юношу Хуана де Матеба к 50 ударам розог, шести годам монастырской жизни, а по окончании этого срока к году изгнания за то, что он выдавал себя за человека, обладающего способностью видеть предметы сквозь всякую поверхность (помимо, что любопытно, синего цвета) и, следовательно, различающего глубоко под землей все, что в ней находится. В 1585 году тот же трибунал осудил Грасию Мелеро за то, что она откусила палец у повешенного, дабы использовать его в магических целях.
Сложное дело рассматривал в том же 1585 году толедский трибунал. Эльвира де Сеснедес, уже имевшая к тому времени ребенка, совратила свою госпожу и стала жить с ней и с другими женщинами половой жизнью. Когда это вышло наружу, она сумела убежать от преследования, переодевшись в мужское платье. Позже, выдавая себя за мужчину, она поступила на военную службу, а затем оказалась в Мадриде, где выучилась на хирурга. Она даже сочеталась узами брака с молодой девушкой, но что-то, видимо, в поведении молодого мужа вызвало сомнения у окружающих, и его подвергли принудительному медицинскому осмотру, который, впрочем, установил, что он — мужчина. Но сомнения не исчезли, и магистрат Оканьи, где к тому времени оказалась необычная супружеская чета, передал Эльвиру инквизиции. Инквизиционные врачи на этот раз признали ее женщиной, а все, что с нею происходило, объяснили воздействием магии и демонических сил. После этого Эльвира, которая, вероятно, была гермафродитом, была выведена на аутодафе, где ее приговорили к «легкому отречению», 200 ударам розог и десятилетней бесплатной службе в больнице.
К магам-еретикам инквизиция с конца XVI века стала относить астрологов, которых к этому времени в Испании развелось очень много. 7 октября 1663 года в Толедо был осужден за занятие астрологией священник Сакоме Прамосельяс — его приговорили к трем годам каторги и затем к вечному изгнанию из Испании. В 1667 году печальная участь постигла монаха Лопеса Монтесиноса, которого за гадание по звездам отправили в четырехлетнюю африканскую ссылку. Наказания эти, если сравнить их с наказаниями за другие магические действия, выглядят достаточно суровыми. Например, в 1659 году толедский трибунал арестовал Хуана Северино, который утверждал, что имеющийся у него череп, изукрашенный серебряными вещицами, излечивает людей от трехдневной лихорадки. Суд вынес ему порицание, угрожая в случае рецидива сотней розог; череп отняли и бросили в яму, а серебро с него пошло в погашение суммы, которую Северино должен был внести за свое содержание в тюрьме.
Инквизиция, считая магов еретиками, не соглашалась на реформу маркиза Помбаля, предложившего в 1774 году объявить всех магов и вообще людей, считающих себя в силе изменять «непреложные законы природы, установленные Богом», простыми обманщиками, сознательно вводящими других в заблуждение. Этих обманщиков Помбаль предлагал наказывать очень сурово, но при этом в приговорах не перечислять их чудеса, чтобы никто не допускал мысли, что трибуналы и другие суды серьезно считаются с их показаниями. Мало того, если чародей до конца следствия и суда продолжает настаивать на истинности своих слов, он попросту должен быть объявлен ненормальным и отправлен в больницу для умалишенных. Предложение Помбаля, без сомнения, могло бы способствовать искоренению предрассудков в простом народе, но оно бросало невыгодную тень на прошлую деятельность инквизиции, считавшей магов серьезными еретиками, и неудивительно, что инквизиция отвергла его.
Характерно, что преследование магов было более частым явлением в позднейшее время, нежели в первые века существования инквизиции. Так, в отчетах толедского трибунала за 1575—1610 годы из 1172 дел лишь восемнадцать связаны с преследованием за магию. Но спустя сто с лишним лет только на одном аутодафе в Валенсии 1 июля 1725 года из восемнадцати преступников пятнадцать были осуждены за магию. 5 декабря 1745 года в Кордове осудили Педро Алонсо Хурадо по обвинению в том, что он с помощью ведьмы проник в шкаф кордовского монастыря Санта-Клара и рассыпал там любовный порошок; кроме того, у Хурадо имелся заколдованный камень, который приносил ему удачу в карточной игре. Вместе с Хурадо на том же аутодафе по обвинению в магии были осуждены еще четыре человека.