Папа Пий VII требовал для них строгих кар, настаивал на необходимости конфисковать их имущество и обещал щедрые подарки доносчикам. Инквизиция старалась этим требованиям соответствовать, но, что важно, светская власть, считая, что масоны как политические преступники должны быть подсудны только ей одной, часто игнорировала распоряжения инквизиции, а та, в свою очередь, не желала отказываться от прав, которые считала своими. Порой это приводило к трагическим казусам. Француз Жан Рост был в 1817 году приговорен гранадским королевским судом к ссылке в Сеуту, но, когда он прибыл к месту ссылки, инквизиционный трибунал снова его судил и постановил заключить в сеутскую тюрьму. Насколько инквизиция была щепетильна в этом вопросе, видно из факта, имевшего место в 1815 году. Священник Диего Диликадо узнал о существовании в Ла-Корунье масонской ложи и донес об этом городским властям. Инквизиция сочла нужным наказать его за то, что донос был сделан светской власти, а не инквизиционному трибуналу. При этом инквизиция зорко следила за тем, чтобы все масоны — независимо от того, как к их деятельности относилось государство, — проходили через горнило ее трибуналов.
Исключение коснулось лишь тех, кто был явно замешан в антигосударственных действиях. Так, в 1820 году масоны приняли активное участие в восстании против правительства короля Фердинанда VII, и, когда восстание было подавлено, инквизиция никоим образом не претендовала их судить. Впрочем, и без инквизиции специальные военные суды проявляли в отношении масонов необыкновенную жестокость. В 1825 году в Гранаде к смерти приговорили всех семерых членов тамошней ложи, а поступивший в ложу накануне ареста ученик был отправлен на пятилетнюю каторгу.
Со второй половины XVIII века инквизиция стала привлекать к ответственности по обвинению в новой ереси, которую она обычно называла философствованием или натурализмом. Ересь эта, вызванная французским влиянием, была сравнительно сильно распространена среди высшей аристократии, и инквизиция даже подозревала в ней некоторых министров Карла III, но привлечь их к ответственности не решалась.
В 1776 году в натурализме был обвинен портовый чиновник в Кадисе Луис Кастельянос. Натурализм его заключался в словах, сказанных публично, что нельзя ничего определенного знать о Боге и загробной жизни. На суде Кастельянос сначала отрицал свою вину, но затем сознался и молил о пощаде. Севильский трибунал приговорил его к «легкому отречению», конфискации имущества, ношению санбенито и к десятилетней ссылке в Оран, где он должен был прислуживать в госпитале. На аутодафе Кастельяноса вывели одного — это было во всех отношениях показательное мероприятие, на котором в качестве зрителей присутствовали по приглашению инквизиции многие высокопоставленные лица; по замыслу Супремы, им следовало убедиться, сколь строгие наказания ждут последователей французских просветительных идей.
Ту же цель преследовал процесс против адвоката Олавиде, занимавшего высокий пост при севильском губернаторе. На него поступил донос, в котором говорилось, что Олавиде состоит в переписке с Вольтером и Руссо, читает запрещенные книги, не верит в чудеса святых и т. д. Арестованный 14 ноября 1776 года адвокат провел два года в предварительном заключении; были допрошены 72 свидетеля и выявлено 166 высказанных ими еретических мыслей. Инквизиция желала устроить над Олавиде публичное аутодафе с целью устрашить всех, кто разделял его взгляды, однако вина адвоката на это явно не тянула. В конце концов из Рима был получен совет: устроить частное аутодафе, но пригласить на него как можно больше знатных людей, среди которых французская зараза философствования получила особенно сильное распространение. Аутодафе состоялось 24 ноября 1778 года, причем на нем присутствовали многочисленные друзья Олавиде. В течение трех часов инквизитор зачитывал свидетельства о предосудительных идеях подсудимого; в ответном слове адвокат назвал себя жертвой клеветы, но это ему не помогло: его приговорили к конфискации имущества, восьмилетнему заключению в монастыре и запретили посещать многие города; кроме того, он был лишен, равно как его потомство до пятого колена, некоторых гражданских прав. Суровый приговор так потряс Олавиде, что он упал в обморок.