Любопытна его дальнейшая судьба: просидев два года в монастыре, он бежал во Францию, а затем, так как испанское правительство вскоре обратилось к французскому с просьбой о выдаче беглеца, — в Женеву, которую, однако, опять переменил на Париж, когда во Франции вспыхнула революция. Насмотревшись на ее плоды, Олавиде разочаровался во французском Просвещении, посмел говорить об этом вслух и едва спасся от революционной гильотины. В 1798 году он опубликовал покаянную брошюру, которая обратила на себя внимание великого инквизитора Лоренсаны и, по его решению, получила значительное распространение в Испании. Великий инквизитор разрешил Олавиде вернуться на родину, где он и умер в 1804 году.
Приглашение высокопоставленных лиц на аутодафе было прекрасным средством внушить страх тем слабохарактерным «натуралистам», которые, увлекаясь модой, позволяли себе исповедовать просветительные идеи. Так, на следующий день после аутодафе над Олавиде присутствовавший на нем член государственного совета Филипп Саманьего добровольно предстал перед инквизиционным трибуналом и заявил, что читает запрещенные книги. Саманьего представил длинный список книг, прочитанных им, и сказал, что книги эти вселили ему некоторые сомнения относительно истинности тех или иных религиозных начал, но после некоторого размышления он вернулся в лоно католицизма и просит простить его сомнения. Этим заявлением инквизиторы воспользовались, чтобы скомпрометировать ряд знатных людей; от Саманьего потребовали, чтобы он донес на тех, кто с ним говорил и спорил на религиозные темы, кто снабжал его книгами, кому он сам давал эти книги и т.д. В связи с показаниями Саманьего начались расследования против королевских министров Аранды, Кампоманеса, Флоридабланки, О’Рейли, Ласи, герцога Альмодовара, генералов Рикардоеса и Массонеса де Лимы и других важных лиц. Впрочем, инквизиция так и не решилась привлечь их к ответственности — тем более на основании показаний единственного свидетеля, — поскольку все они имели могущественных покровителей при дворе и в Римской курии.
Но не так счастливы оказались те, у кого не было связей в высших светских и церковных кругах. Доктор де Висенте, профессор философии Вальядолидского университета, был обвинен в натурализме, так как в его лекциях обнаружили двадцать подозрительных высказываний, а в одной речи он заявил, что сущность религии состоит не в обрядах, а в добродетели. За это в 1793 году его упекли в тюрьму, и только через восемь лет стараниями своего дяди, инквизитора в Сантьяго, он был объявлен ненормальным и выпущен на свободу. Но и тут его не оставили в покое, поскольку, к несчастью для себя, де Висенте повел себя так, что не оставил сомнения в абсолютной своей нормальности. Трибунал вновь привлек его к суду и продержал еще целый год в тюрьме, пока он публично не покаялся.
В 1796 году подвергся преследованию профессор словесности университета в Саламанке, выдающийся ученый Рамон де Салас. Его арестовали по обвинению в пропаганде идей Вольтера, Руссо и других представителей французской философии. Не отрицая своего знакомства с произведениями этих писателей, де Салас утверждал, однако, что не только не является их поклонником, но даже неоднократно публично и в письменной форме выступал с опровержениями их взглядов. Суд дважды его оправдывал, но у него было среди инквизиторов много врагов, и их стараниями Супрема потребовала пересмотра дела, назначила новый инквизиционный суд, и наконец де Салас, все это время пребывавший в тюрьме, был осужден на изгнание из Мадрида. Дело, однако, дошло до короля Карла IV, и он распорядился отменить приговор. Великий инквизитор Лоренсана был крайне возмущен вмешательством короля в инквизиционное правосудие, и между ним и королевой Марией-Луизой произошел крупный разговор, во время которого королева бросила Лоренсане упрек, что «люди, подобные ему, вызывают в Европе революции». Великий инквизитор вынужден был сдаться — не только Салас остался на свободе, но и был подготовлен королевский эдикт о том, чтобы впредь инквизиция никого не арестовывала, не получив санкции короля. Эдикт этот король так и не подписал, но сам факт его подготовки свидетельствовал, что былая сила инквизиции уже надломлена.
Цензура поначалу не входила в функции инквизиции. Когда Фердинанд и Изабелла издали в 1502 году закон о книгах, в нем об инквизиции не упоминалось; властью цензоров, а также правом наказывать типографов, книгопродавцев и распространителей книг были облечены архиепископы и епископы, а в некоторых местах и суды. В инструкциях Торквемады и ближайших его преемников также ничего не говорилось о цензуре.