Одним из первых подвергся гонению со стороны инквизиционной цензуры Эразм Роттердамский. Еще в 1515 году его произведения энергично защищал от инквизиции кардинал Манрике, который, став через восемь лет великим инквизитором, сам же и запретил их. Затем были запрещены учебники латинской и греческой грамматики, получившие всеобщее распространение в 30-х годах XVI столетия, и попали под подозрение все книги, напечатанные в Германии после 1519 года; были конфискованы и уничтожены даже многие католические книги, прежде не вызывавшие никаких нареканий. Супрема потребовала также, чтобы все университетские профессора теологии под угрозой отлучения от церкви выдали трибуналам имеющиеся у них Библии на еврейском и греческом языках.
Светская власть во всем, что касается цензуры, поддерживала инквизицию. В 1558 году был издан закон, каравший смертью и конфискацией имущества продававшего или хранившего у себя осужденные инквизицией книги; последние в случае обнаружения подлежали публичному сожжению.
В силу этого же закона во всех книжных магазинах на виду у публики должен был находиться Index, по которому покупатели обязаны были сверяться, делая покупки. Были назначены специальные королевские ревизоры, на обязанности которых лежал надзор над ввозом иностранных книг и контроль над книгами, обращавшимися в Испании. Распространение рукописи без предварительного разрешения королевского совета наказывалось смертью и конфискацией имущества.
Цензура книг требовала внимания и широкой эрудиции.
В 1596 году мурсийский трибунал предложил патеру Арсе и его брату цензурировать сочинение «Театр человеческой жизни» врача Теодора Цвингера, вышедшее в 1565 году в Базеле в восьми объемных томах. Арсе работал над выполнением этой задачи много лет; в результате только перечисление мест, запрещенных в труде Цвингера для чтения, заняло в Index’e 38 страниц. Нередко цензорам давали на просмотр книги через 30—40 лет после их выхода в свет, и любители чтения подвергались преследованию, не зная, что книги, безнаказанно находившиеся в их библиотеке в течение нескольких десятков лет, вдруг почему-то попали в Index. Опубликование нового Index’a влекло за собою продолжительные обыски во всех публичных и частных библиотеках, причем не делалось исключения и для самых высокопоставленных лиц. В 1612 году не была пощажена даже королевская библиотека в Эскуриале, и король вынужден был просить не удалять из нее запрещенные книги и не выдирать отдельные страницы из книг, приговоренных к частичному уничтожению.
Как бы отвечая на эту просьбу, великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас издал 12 ноября 1613 года эдикт, согласно которому книги, не имеющие отношения к религии и церкви, но исходящие от авторов, другие произведения которых признаны еретическими, следовало пометить особо, и читать их разрешалось только приору монастыря, главному библиотекарю и профессорам; теологические произведения, сочинения по истории церкви и папства должны были быть помещены в особую комнату, и их читать могли лишь приор и главный библиотекарь с особого разрешения великого инквизитора и Супремы. Раввинские сочинения и Библии с еретическими комментариями на испанском языке также было предписано держать в особом месте и на них сделать отметку, что они запрещены; их разрешалось читать приору, главному библиотекарю и профессорам. Наконец, медицинские сочинения, написанные авторами, книги которых признаны запрещенными, мог читать только монах, заведующий аптекой в Эскуриале.
Пристальное внимание со второй половине XVI века инквизиция стала обращать на книги, ввозимые из-за границы. Отчет севильского трибунала от 25 сентября 1558 года дает представление о том, как инквизиторы боролись с иностранными книгами. «Мы получили, — говорится в нем, — приказ о принятии мер против привоза книг на судах, и с нашей стороны было сделано все возможное, чтобы этому помешать. В момент прибытия судов мы отдали распоряжение тщательно обыскать суда. Находящиеся на судах товары могли быть выгружены лишь после того, как мы твердо установили, что в мешках не зашиты иностранные или вообще запрещенные книги. Найденные нашими комиссарами в различных гаванях книги отправлены инквизиционному трибуналу, а товар, предназначенный в Севилью, запечатан и может быть распечатан лишь в присутствии ревизора инквизиции, который удостоверит, что нигде нет никаких книг. Все книги, которые, как нам кажется, прибыли в Севилью водой или вообще доставлены сюда из других городов, переданы трибуналу для просмотра, и те, что были найдены им подозрительными или вредными, задержаны». И т.д. Подобно ввозу и вывоз книг нуждался в особом разрешении и зависел от усмотрения инквизиционных ревизоров. Например, в 1560 году по распоряжению Супремы была обыскана библиотека кардинала Поле, отправленная из Испании в Венецию.