Реванш инквизиции, однако, состоялся не сразу. Варгас и прибывший из Мадрида в качестве специального королевского комиссара маркиз Ломбаи принялись убеждать Филиппа помиловать участников мятежа и ограничить компетенцию сарагосского трибунала исключительно делами религии, и король вроде бы склонялся последовать этому совету. Но так только казалось — на самом деле Филипп усыплял бдительность врагов королевской власти и готовил акцию устрашения. 19 декабря, едва жизнь в Сарагосе вошла в спокойную колею, Варгас неожиданно получил приказ казнить верховного судью Арагонии де Ланусу и арестовать прочих мятежников. Ланусу, по предписанию Филиппа, следовало обезглавить, имущество его конфисковать, а замки и строения сровнять с землей.
Утром следующего дня на рыночной площади уже стоял черный эшафот, и все прилегающие улицы были заняты вооруженными людьми. Объятые ужасом горожане поспешили затвориться в своих домах, и при казни присутствовали одни солдаты. Палач снес Ланусе голову в тот момент, как он возносил молитву Св. Деве.
Затем последовали новые аресты и казни, причем страдали часто люди совершенно невинные, и потому никто не чувствовал себя в безопасности. Дома казненных разрушались, и это стало символом уничтожения местных вольностей. Инквизиция, руки которой наконец-то были развязаны в полной мере, в своей мстительной ярости не отставала от светской власти. Ее тюрьмы были переполнены людьми всех рангов, и аресты не прекращались.
Неожиданно начав репрессии, Филипп столь же неожиданно 17 января 1592 года объявил амнистию, которая не коснулась только руководителей мятежа. Он просил, чтобы и инквизиция, со своей стороны, амнистировала арагонцев, находящихся в ожидании ее суда, однако Супрема ответила отказом, ибо хотела воспользоваться благоприятным моментом, чтобы выкорчевать все корни, из которых могло произрасти в будущем сопротивление ей в Арагонии. Тогда Филипп повторил свою просьбу, говоря, что отсрочка амнистии помешает восстановлению мира и что там, где замешано так много лиц, достаточно наказать наиболее виновных. Но с подобного рода соображениями инквизиция считаться не хотела. 29 апреля Супрема представила королю доклад о своей деятельности, согласно которому в инквизиционной тюрьме Сарагосы содержались 74 арестованных и предполагалось открыть судебное преследование в отношении еще трехсот человек. Королю пришлось согласиться, что это достаточно веская причина для отсрочки амнистии. 20 октября в Сарагосе состоялось аутодафе, на которое вывели 80 человек; за исключением нескольких морисков и одного двоеженца в вину им вменялось сопротивление деятельности инквизиции. Венцом этого аутодафе стало сожжение изображения Переса, сопровождавшееся чтением приговора, в котором перечислялись его многочисленные преступления, в том числе кощунственная хула против Бога, должностные злоупотребления, содомский грех, бегство во Францию, сношения с гугенотами и даже происхождение от еврейской семьи. Почти все это было ложью.
В день этого аутодафе Филипп снова потребовал от инквизиции — настолько твердо, насколько это вообще было возможно, — издания акта об амнистии. Супрема сделала вид, что сдалась, и отправила королю проект амнистии, но почти сразу, на следующий день, сообщила, что получила от сарагосского трибунала еще один список скомпрометированных лиц и просит, чтобы на них амнистия не распространялась. Это было уже слишком! Поэтому Филипп, не вступая в дальнейшую переписку, просто послал проект амнистии в Сарагосу с предписанием обнародовать его уже как указ, что и было сделано 23 ноября с большой торжественностью; в результате более пятисот человек были освобождены от преследования.
Тем временем происходило реформирование местных учреждении Арагонии, сводившееся к полному уничтожению тех вольностей, которые были предметом ее гордости. Независимый арагонский суд — если не номинально, то фактически — превратился в королевский, а все гарантии, установленные против проявлений произвола власти, были отменены; при этом реформы проводились таким образом, будто они были следствием свободной инициативы народа. Все это сопровождалось новой амнистией — для всех тех, против кого возбуждены дела в бытность верховным судьей де Ланусы. Милосердие Филиппа не затронуло только жену Переса и его семерых детей, младший из которых родился в тюрьме.