Не всегда, впрочем, апелляционный судья, получая деньги от тех, которые искали у него помощи, действительно оказывал таковую: в большинстве случаев инквизиционные трибуналы не желали считаться с ним и выносили приговоры, оговаривая, что они не подлежат никакой апелляции. Жалобы на это поступали в Римскую курию в значительном числе, но Сикст IV не имел достаточно возможностей, чтобы подчинить инквизицию своей воле, и поэтому вынужден был лавировать, то признавая право апелляции, то отрицая его. В общем, можно сказать, что назначением апелляционного судьи Риму не удалось добиться контроля над инквизиционными трибуналами, на который он рассчитывал.
Зато ей удалось открыть могущественный источник обогащения в виде индульгенций, отпускавших не только прошлые грехи, но и будущие. При Сиксте IV курия превратилась в обыкновенное торжище, где с легкостью выдавались индульгенции заведомым преступникам и еретикам, лишь бы они были в состоянии удовлетворить аппетиты алчных служителей церкви. Индульгенции часто перечеркивали постановления инквизиционных трибуналов, так как осужденные предъявляли свои охранительные грамоты, и неудивительно, что инквизиция стала настаивать на прекращении выдачи индульгенций. Королевская власть в этом поддерживала инквизицию, поскольку Римская курия, прощая за деньги грехи в духовной сфере, позволяла откупаться и от наказаний за самые тяжкие уголовные преступления — другими словами, отменяла решения не только духовных, но и светских судов. Противостояние испанской светской власти и папы дошло до того, что Сикст IV 9 мая 1484 года в особой булле назвал святотатственным мнение тех, кто говорит, будто папские индульгенции могут касаться лишь епитимии и не освобождают от обычных кар. Таким путем подрывались основы правосудия, ибо всякий уплативший курии определенную сумму денег за индульгенцию мог безнаказанно совершить любое преступление.
Но 12 августа 1484 года Сикст IV умер, и папский престол занял Иннокентий VIII. При нем королевская власть, а с нею и инквизиция стали действовать с удвоенной энергией. Торквемада отправил в Рим посланца с точными инструкциями: папе велено было передать, что поведение покойного Сикста, раздававшего индульгенции всем подряд, было беззаконно, и такое впредь продолжаться не может; поэтому король и королева решили отменить действие индульгенций до тех пор, пока не выяснится, как именно в их отношении будет поступать новый папа. Но Иннокентий VIII не собирался отказываться от прибыли, которую давали индульгенции, и 15 декабря 1484 года Фердинанд сделал новый шаг, объявив, что отныне будут караться смертью и конфискацией имущества те, кто воспользуется индульгенцией, выданной папой или его ближайшими советниками без разрешения специально уполномоченного королевского чиновника, а нотариусы и писцы, удостоверившие такие индульгенции или их копии, будут лишены должностей. Это, однако, не остановило Иннокентия VIII, столь же мало щепетильного в денежных делах, как и его предшественник Сикст IV. Но и королевская чета не думала сдаваться: 29 июля 1485 года все высшие представители испанского духовенства получили письмо, в котором говорилось, что к вреду религии и в ущерб королевской казне и авторитету высшей светской власти из Рима рассылаются буллы, рескрипты и исповедные грамоты. Но так как трудно допустить, что папа сознательно подписывает подобного рода бумаги, то их следует считать недействительными — по крайней мере до тех пор, пока не будет установлено, что в них заключена воля папы; а до того времени все индульгенции должны представляться для утверждения королю.
Это вынудило Иннокентия пойти на уступки и передать все полномочия по апелляциям великому инквизитору в надежде, что король и королева не станут отменять папские индульгенции. Однако Фердинанд продолжил давить на курию и вырвал у папы буллу от 10 ноября 1487 года, объявившую недействительными все ранее выданные индульгенции; теперь инквизиторы могли открыть дела против их обладателей. Правда, спустя две недели Иннокентий, словно испугавшись собственной своей уступчивости, издал новую буллу, в силу которой индульгенции вместе с делопроизводством преследуемых их обладателей следовало отправить в Рим, но Фердинанд запретил инквизиторам принимать эту буллу во внимание. Инквизиторы, таким образом, оказались в непростой ситуации: они не могли игнорировать папскую буллу, но и не могли пойти против желания короля. Иннокентий же, почувствовав, что нашел слабое место в позиции испанской светской власти, не только потребовал, чтобы старые индульгенции продолжали сохранять свое значение, но и стал выдавать новые. А в 1488 году он, нарушив свое прежнее установление, назначил епископа Майорки апелляционным судьей в Арагонию.