Впрочем, король собственной властью не предпринимал никаких принципиальных шагов. Но при этом он вмешивался во все мелочи сложной жизни инквизиции и не оставлял без внимания ни одного инцидента, который даже косвенно мог быть в той или иной степени вреден интересам королевской власти. С особенным усердием он наблюдал за финансами инквизиции; без его согласия она не могла производить никаких расходов и даже выдавать жалованье своим служителям. С другой стороны, он совершенно не касался духовных дел инквизиции и никогда не высказывался по поводу наложенных трибуналами на еретиков епитимий или провозглашения того или иного обвиняемого еретиком.
Порой Фердинанд вмешивался, если видел злоупотребления, совершаемые отдельными трибуналами, и смягчал чрезмерно жестокие наказания. Напомним о его письмах к папе Юлию II, в которых он указывает, что с 1492 года много евреев и мавров приняли христианство, и было бы несправедливо обращаться с ними крайне строго, так как они еще не достаточно крепки в новой вере. Характерно, что Фердинанд неоднократно намекает Юлию II, что не следует инквизиторам чересчур усердствовать в своей деятельности — умеренность часто полезнее строгости. В 1508 году он запретил насильно обращать мавров в христианство и приказал освободить из тюрьмы тех, кто арестован за нежелание стать христианами. В 1510 году Фердинанд даже приказал инквизиторам разрешить маврам, принявшим христианство, снова переходить в мусульманскую веру.
Со смертью Фердинанда, при номинальном правлении больной Хуаны Безумной и несовершеннолетии Карла V, когда во главе государства находился великий инквизитор Хименес, контроль светской власти над деятельностью инквизиции заметно уменьшился. Не только служители трибуналов, но и приемщики конфискованных ценностей, считавшиеся светскими чиновниками и обязанные отчитываться перед королем, стали назначаться исключительно великим инквизитором либо Супремой. Например, 11 марта 1517 года Хименес пишет толедскому приемщику конфиската, чтобы он ввиду большого количества работы нашел помощника и отправил к Супреме для утверждения его в этом звании. Когда император Карл V, будучи в Нидерландах, собирался в путь, чтобы занять испанский престол, он намеревался реорганизовать инквизицию, о которой его советники, нередко новообращенные, отзывались крайне отрицательно. Но Хименес узнал об этом и убедил совет Кастилии написать Карлу, что мир и спокойствие страны, а также прочность королевской власти могут быть гарантированы лишь в том случае, если испанский король будет во всем поддерживать инквизицию. На Карла, по-видимому, это произвело сильное впечатление, и он даже заявил, что готов исключить из своей свиты всех, в чьих жилах течет еврейская кровь. Желая доказать, что его слова серьезны, он отправил Супреме список своих приближенных с просьбой сделать надлежащее расследование об их происхождении. Вскоре, однако, до Хименеса опять дошли тревожные вести — на этот раз о том, что Карл собирается отменить правило, согласно которому имена свидетелей должны держаться в строгой тайне. Это подрывало сам фундамент инквизиции, и Хименес отправил Карлу письмо, в котором, в частности, писал, что Фердинанд и Изабелла в свое время отвергли 1200000 дукатов, предложенные им в обмен на публикацию свидетельских имен, и Карл оставил свою идею.
Прибыв в Испанию и наслушавшись жалоб на пристрастность и жестокость инквизиционных трибуналов, Карл созвал комиссию из теологов, дабы она установила, насколько эти жалобы справедливы. Комиссия собрала огромный материал, в общем крайне неблагоприятный для инквизиции, и дело шло к тому, что она подвергнется значительным изменениям. В последний момент, однако, Карл стал колебаться и отложил реформирование инквизиции на неопределенное время, хотя и клялся перед кортесами это сделать. Но клятва эта была совершенно неискренней, так как вслед за ней он поручил своему посланнику в Риме графу Сифуэнтесу получить от папы разрешение на ее несоблюдение. Единственное, на чем он настоял в смысле ограничения прав инквизиции, — чтобы при всех назначениях испрашивали предварительно согласие короля, но это не всегда соблюдалось.