В 1523 году Карл опубликовал эдикт, коим запретил государственным и общественным учреждениям издавать какие-либо законы, ограничивающие деятельность инквизиции; уже существовавшие таковые законы отныне объявлялись не имеющими силы. Под охраной этого эдикта инквизиция не подчинялась даже простым полицейско-санитарным распоряжениям. В том же 1523 году Карл разрешил избирать инквизиторов на общественные должности. Последние часто распределялись по жребию, и до этого в жеребьевке инквизиторы не участвовали, так как народ — поскольку они находились вне власти обычного суда — опасался с их стороны чрезмерных злоупотреблений. Не осталась без внимания Карла и прислуга инквизиционных трибуналов, на которую он распространил привилегию неподсудности, доступную прежде только инквизиторам и штатным осведомителям.
Филипп II в отличие от других испанских королей не вмешивался в назначения членов инквизиционных трибуналов, предоставляя в этом полную свободу великому инквизитору, тогда как сменивший его на троне Филипп III, наоборот, занимался этим весьма усердно. Например, когда 21 июня 1600 года великий инквизитор Гевара представил ему доклад, в котором просил разрешения переместить инквизиторов из одного трибунала в другой так, чтобы лучшие занимали должности в наиболее выгодных и обширных округах, Филипп III ответил отказом. Мало того, в 1603 году король сам назначал инквизиторов, фискалов и даже мелких инквизиционных чиновников. Судя по всему, Филипп III хотел вернуться к методам правления Фердинанда, поскольку считал недостаточным надзор над деятельностью инквизиции со стороны проводившего свое время большей частью за границей императора Карла и занимавшегося другими делами Филиппа II. Прибыв в Толедо на аутодафе 10 мая 1615 года, Филипп потребовал к себе дело Хуана Коте, обвинявшегося в лютеранстве, и сделал в приговоре несколько изменений, прибавив двести ударов розог и увеличив число лет тюремного заключения. По существу, это было вмешательством в судопроизводство инквизиции, от чего отказывался даже Фердинанд, и толедский трибунал в большом смущении извещал об этом Супрему, прося ее высказаться по этому поводу. Супрема, впрочем, одобрила действия короля, так как в изменении наказания принимал участие и великий инквизитор Бернардо де Сандовал-и-Рохас. На следующий день после аутодафе Коте был, однако, извещен, что розги, по великодушному желанию Супремы, отменены.
Тут надо заметить, что Филипп III проводил свою политику вмешательства в дела инквизиции с большой непоследовательностью, и рядом с толедским инцидентом 1615 года можно указать немало случаев, когда король заявлял, что полнота власти в инквизиционных делах принадлежит исключительно великому инквизитору. С другой стороны, нередко он поступал вопреки интересам инквизиции. Так, несмотря на ее многочисленные просьбы, он отказывался изгнать маранов из Португалии и даже даровал им — разумеется, за значительные суммы, — различные привилегии, в том числе всепрощение за совершенные еретические преступления. Но при этом был неумолим по отношению к морискам, которых изгнал из Испании к великому для нее ущербу. При Филиппе III — после того, как один рыцарь военного ордена оказал вооруженное сопротивление трибуналу, — юрисдикции инквизиции были подчинены военные ордена.
Филипп IV находился едва ли не в полном подчинении у инквизиции и часто слепо повиновался ее советам; тем не менее именно в его правление в 1643 году, после конфликта между Супремой и великим инквизитором из-за одного назначения, были выработаны правила о назначении и смещении служителей инквизиции, которые усилили значение королевской власти: отныне Супрема и великий инквизитор должны были представлять королю трех кандидатов на каждую новую должность, и король мог выбрать любого из них.
После смерти Филиппа IV и непродолжительного регентства на престол вступил несамостоятельный Карл II. Он никак не вмешивался в дела инквизиция, а она, в свою очередь, игнорировала права короны. Когда в 1705 году великим инквизитором стал Видаль Марин дель Кампо, ему было предоставлено исключительное право смещения и назначения инквизиционных чинов, и это право осталось за великими инквизиторами до конца существования инквизиции.