Лишь в последние шесть лет жизни Коѓен предпринял «вылазки» в область еврейской философии, и эти его труды оказали огромное влияние на еврейских мыслителей XX века. В 1912 году, в возрасте семидесяти лет, Коѓен наконец вышел в отставку, покинул Марбург и стал преподавать в Высшей реформистской школе в Берлине, где посвятил себя разработке новой трактовки иудаизма. Стимулом для этого труда послужила поездка в 1914 году в Вильну и Варшаву, где Коѓену предстала еврейская жизнь, совершенно отличная от той, что была ему знакома по Германии. В философии этики Коѓена религия получила новую роль: он утверждал, что, хотя законы этики действуют независимо во всем человечестве, именно религия, начиная с поздних еврейских пророков, вводит категории греха, раскаяния и спасения, позволяющие пережить индивидуальные страдание и вину. В своем последнем и самом влиятельном труде «Религия разума согласно еврейским источникам», опубликованном посмертно в 1919 году, Коѓен дает выборочное толкование библейских текстов, мидрашей и молитв, излагая новую концепцию религии. Он решительно отказывается от своих воззрений марбургского периода, согласно которым Бог — всего лишь логический постулат человеческого разума, и приходит к мысли о том, что Бог есть чистое бытие («Я есмь Сущий»), а несовершенный, еще становящийся мир связан с Богом через руах ѓа-кодеш («святой дух»), который является не отдельной сущностью (как полагал Филон в своей концепции Логоса), а просто атрибутом взаимоотношений божественного и человеческого, существующих наряду с взаимоотношениями между людьми. По мнению Коѓена, человек — соучастник Бога в творении, которое станет совершенным в мессианскую эпоху, когда человечество объединится в одну живущую в гармонии общину, созданную по образцу еврейского народа. Чтобы этот образец не был утрачен, евреям очень важно следовать еврейской традиции и законам, хотя бы в какой-то мере, но (как настаивал и Кант) закону следует повиноваться добровольно, из чувства долга. В то же время Коѓен утверждает, что иудаизм — не единственный такой образец: в других религиях также имеется рациональное зерно — в той степени, в какой они взращивают человеческое достоинство, пропагандируя внимание к ближнему (ценности дружбы) и уважение к Богу (необходимость искупления вины) [17].
Свои последние труды Коѓен писал под эгидой Высшей реформистской школы, и слава философа-неокантианца придавала его теологическим идеям значительный вес в реформистском иудаизме XX века, однако его предшественники, немецко-еврейские философы-реформисты XIX века, предпочитали Канту идеалистические учения Шеллинга и особенно Гегеля, который утверждал духовную природу реальности и настаивал, что история есть единый процесс последовательной реализации абсолютной идеи и всегда имеет религиозное измерение. Один из реформистских лидеров Соломон Формштехер в своем труде «Религия духа» (1841), переработав шеллинговское понятие проявляющейся в природе мировой души, отождествил ее с Богом, но утверждал, что у мировой души есть еще одно проявление — дух, чьи главные характеристики — самосознание и свобода. «Религия духа» из заглавия его труда — это религия евреев, которая постепенно развивается в сторону универсализма; с эмансипацией евреев этот процесс приближается к кульминации. Поэтому евреям следует подготовиться к появлению абсолютной истины духовной религии, избавив иудаизм от узконациональных элементов и обрядовых законов [18].