Установив сообщение с колониями, Наполеон занялся отправкой туда значительных сил, приказав снарядить суда в Ферроле, Кадисе и Картахене. Этой цели должна была послужить часть займа, предоставленного Испании, принеся двойной результат: усладить взор испанцев видом великой активности флота и подготовить экспедиции для спасения колониальных владений. В Ферроле имелось два корабля и два фрегата, способных выйти в море. Наполеон приказал тотчас отремонтировать еще два корабля, оснастить все шесть судов, загрузить оружием и боеприпасами и подготовить для погрузки 3-4 тысяч испанских солдат. Экспедиция направлялась в Рио-де-ла-Плата. Были основания надеяться, что такой помощи окажется довольно, чтобы оградить обширные владения в Южной Америке от любых поползновений, ибо нескольких сотен человек под началом французского офицера Линьера хватило, чтобы прогнать англичан из Буэнос-Айреса, а сотни французов в Каракасе — чтобы расстроить попытки мятежника Миранды.
В Кадисе уже давно имелось шесть оснащенных кораблей. Наполеон приказал снабдить их недостающим продовольствием, пополнить экипажи и добавить еще пять кораблей, которые ресурсы этого порта позволяли отремонтировать, снарядить и оснастить при наличии денег. В Кадисе находились и пять французских кораблей и несколько фрегатов адмирала Розили, снаряженные не хуже лучших английских кораблей. Наполеон пожелал подкрепить дивизию Розили еще двумя кораблями. Из средств Казначейства Франции он послал аванс, необходимый для сооружения двух новых кораблей на верфях Картахены, где строили искуснее, чем в Кадисе, так как дерево приберегали для ремонта уже оснащенного флота. Взамен Испания должна была предоставить Франции великолепные трехдечные корабли «Санта-Анна» и «Сан-Карлос», которые Франция обязалась возвратить после завершения строительства двух кораблей в Картахене.
Строительство двух новых кораблей в Картахене за счет Франции должно было оживить судостроение и вернуть разбежавшихся рабочих. Из этого порта ушла в Тулон эскадра из шести кораблей, но там оставалось еще два способных к плаванию корабля. Наполеон приказал без промедления снарядить их и добавить к ним несколько фрегатов. Флоту Картахены, нашедшему прибежище в Маоне, он предписал отправляться в Тулон или вернуться в Картахену.
Пробуждение активности в портах Испании сочеталось с подготовкой военно-морских сил на всей протяженности побережий Французской империи. Наполеон планировал иметь полностью снаряженные флоты во всех портах Европы: от Зунда до Кадиса, от Кадиса до Тулона, от Тулона до Корфу и Венеции, — разместив рядом с ними лагеря с отборными войсками, дабы разорить и довести до отчаяния Англию постоянной угрозой мощных экспедиций во все страны — на Сицилию, в Египет, Алжир, Индии, Ирландию и даже саму Англию.
Тем временем прибыли в Байонну испанцы, выбранные по приказу Наполеона из разных провинций Испании для образования хунты. Одни ответили на его призыв, потому что были убеждены, что соединение с династией Бонапартов послужит возрождению их родины, избавлению ее от опустошительной войны и спасению ее колоний; других привлекли выгода, любопытство и симпатия к необыкновенному человеку. Между тем повстанческое движение, вспыхнувшее в Мадриде 2 мая, перекинулось сразу в несколько провинций: Андалусию, удаленную от французских войск, Арагон, где вблизи от границы всегда был силен национальный дух, и Астурию, малодоступную и потому остро чувствующую свою независимость. В этих провинциях чувства народа, далекого от политических расчетов и оскорбленного посягательством на национальную династию, одержали верх над чувствами просвещенных классов, поэтому там не смогли и не осмелились назначить депутатов для Байоннской хунты. Мадридское правительство восполнило этот недостаток, самостоятельно назначив их. Некоторые, хоть и желали, однако боялись ехать в Байонну, ибо всюду ходили слухи, что кто туда поедет, оттуда уж не вернется. Род суеверного ужаса завладевал умами. Войска, которые хотели направить к Пиренеям, и особенно гвардейцы, отказывались повиноваться, что было досадно, ибо эти силы оставались повстанцам. Наполеон, уведомленный Мюратом о подобных настроениях, на несколько дней отослал обратно в Испанию Фриаса, Мединасели и еще некоторых видных особ, чтобы показать, что из Байонны можно легко возвратиться.