По прибытии Бернадотт нашел более 20 тысяч человек, в том числе 12—15 тысяч, способных немедленно выйти на линию, а также 24 дурно снаряженных орудия. Договорившись с адмиралом Миссиесси и командующим инженерной частью Деко, Бернадотт дополнил диспозиции, принятые на случай движения англичан на Антверпен. Форты Лилло и Лифкенсхук были приведены в состояние обороны, территории вокруг них затоплены. Две линии заградительных бонов за фортами защищали флот. Многочисленной флотилии, обходившей берега Шельды перед линиями бонов, назначалось прикрывать их от настильного огня, а десять кораблей флота, свободные в движениях и не опасавшиеся более брандеров, могли содействовать обороне Антверпена силами 800—900 орудий большого калибра. Территории вокруг крепости готовились затопить, а сама крепость покрывалась укреплениями, частоколом и пушками и наполнялась войсками. Бернадотт проводил смотры, готовя войска к близкой встрече с неприятелем и придавая им уверенности в себе, и завершал подготовку конной артиллерии, а позади, на линии от Тет-де-Фландра до Брюгге, формировались многочисленные соединения национальных гвардейцев для армии Бессьера.
Посвятив семнадцать дней взятию Флиссингена, англичане потратили еще десять дней на введение 1200— 1500 судов в рукава Шельды. К 25 августа они располагали между Бацем и Зандвлиетом 200—300 фрегатами, корветами, бригами и канонерскими лодками и были в состоянии переправить свою армию через канал Бер-ген-оп-Зом, который соединяет Западную Шельду с Восточной. Армия могла переправиться в многочисленных лодках или вброд во время отлива, когда вода доходит до плеч. Но на другом его берегу им предстояло бросить вызов земле Империи, опытному генералу и армии, численность которой, как им казалось, доходила до 40 тысяч человек. И это было еще не всё: лихорадка, пощадившая корпус, занятый осадой Флиссингена, потому что активность вообще предохраняет солдат от болезней, поразила не только войска, высадившиеся на Зёйд-Бевеланд, но и дивизию, отдыхавшую на острове Валхерен после окончания осады Флиссингена. Праздность и гнилая болотная вода, употреблявшаяся для питья, действовали тем сильнее, чем большим становилось людское скопище. С 16 августа, когда капитулировал Флиссинген, по 26-е, когда военно-морские силы подошли к Бацу, лихорадка поразила 12—15 тысяч человек. Люди умирали тысячами, и из 44 тысяч, за вычетом раненых и больных, осталось только около 25 тысяч солдат, способных выдвинуться на Антверпен.
В таком положении лорд Чатам, напуганный вдобавок преувеличенными слухами о силах, собранных под командованием Бернадотта, 26 августа созвал в Баце военный совет, чтобы обсудить дальнейший ход экспедиции. На совете присутствовали все генерал-лейтенанты. Было очевидно, что английская армия, перейдя через Берген-оп-Зом и двинувшись на Антверпен в том состоянии, к которому она пришла, рисковала потерпеть сокрушительное поражение.
Если 1 августа англичане имели все шансы на успех, а 16-го еще не всё было потеряно, то 26-го у них не осталось уже ни единого шанса, и продолжение экспедиции сделалось бессмысленным. Следовало удовольствоваться захватом Флиссингена, который всё равно невозможно было сохранить за собой, и за взятие которого было заплачено гигантскими расходами, 15—20 тысячами больных и позорной ничтожностью результата величайшей морской экспедиции того времени. Но обсуждать уже было нечего.
Решение совета было без промедления отправлено в Лондон. Любое судно могло отвезти его и доставить ответ в течение двух суток. Войска начали осуществлять попятное движение и погрузку больных на суда для перевозки их в Англию.
Британский кабинет 2 сентября одобрил решение Военного совета и утвердил прекращение экспедиции, стоившей огромных усилий и обещавшей гигантские результаты. Англичане вновь принялись за сложнейшую операцию протаскивания через Шельду 1200—1500 судов всех размеров и форм, погрузки людей, лошадей и пушек. Множество судов отплыло в Даунс. Оставить на Валхере-не армию было невозможно, заболели уже 15—18 тысяч солдат. Их погрузили, как смогли, на суда, выполнявшие челночные рейсы между Валхереном и Даунсом.
Когда французы заметили попятное движение англичан, радости их не было конца. Победа была достигнута благодаря твердому поведению генерала Руссо, предотвратившему высадку на Кадзанд, сопротивлению генерала Монне, заставившего англичан потерять драгоценное время, и хладнокровию адмирала Миссиесси, искусными маневрами спасшего флот.