Обеспечив себе столь внушительные силы, он стал ждать ответа из Тотиса, одинаково готовый как к войне, так и к миру. В предвидении военных действий он отправился осмотреть позиции в Венгрии и Штирии, на случай, если придется руководить в дальнейшем операциями в этих краях.
После очередного возвращения Бубна в Тотис нужно было принимать решение, выбрав либо войну, либо жертвы, которых требовал Наполеон. Его гнев, излитый довольно несправедливо на Альтенбургскую миссию, которая в конечном счете хотела мира, не позволял оставить продолжение переговоров в руках Меттерниха и Нугента. Было решено послать к Наполеону вместе с Бубна князя Иоганна Лихтенштейна, доблестного солдата, недалекого ума, но большой души, сумевшего понравиться Наполеону своим открытым воинственным нравом. Итак, их двоих послали в Шёнбрунн через Аль-тенбург, с правомочием принять основные предложения Наполеона.
Поскольку эта военная миссия делала совершенно никчемной миссию в Альтенбурге, Меттерних не захотел оставаться там, где полномочные представители служили лишь для прикрытия настоящих переговоров, происходящих в Вене, и возвратился в Тотис весьма недовольный той ролью, которую император и Штадион вынудили его сыграть в данных обстоятельствах.
Прибывшие 27 сентября в Шёнбрунн Лихтенштейн и Бубна были превосходно встречены Наполеоном и осыпаны всякого рода любезностями. Оба полномочных представителя дали понять французскому императору, что им позволено принять его основные условия, за исключением некоторых деталей, которые следовало обсудить. Наполеон, увидев, что возобладал над ними, тотчас приказал военному министру приостановить, дабы избежать ненужных расходов, все движения войск к Австрии, возобновленные после того, как Валхеренская экспедиция перестала внушать опасения.
Тридцатого сентября, после посещения спектакля, он заперся с переговорщиками в своем кабинете и выработал основы договора. В Италии французы получали округ Филлах без Клагенфурта, что по-прежнему открывало Норийские Альпы, а также Лайбах и правый берег Савы до Боснии. В Баварии, где Наполеон поначалу требовал территорию до Эмса, он отказался от некоторой части территории и от нескольких тысяч подданных, чтобы облегчить переговоры. В Богемии он удовольствовался несколькими анклавами, включавшими менее 50 тысяч жителей. В целом, вместо 1,6 миллиона подданных в Италии и Австрии, о которых шла речь в последний раз, Наполеон потребовал не более полутора миллионов.
Решение вопроса с Галицией оказалось более трудным, ибо он ранее не обсуждался: Наполеон откладывал объяснение по поводу этого края из-за России. Галиция состояла из Старой Галиции, полученной Австрией во время первого раздела польских провинций и окаймлявшей весь север Венгрии, и Новой Галиции, полученной при последнем разделе и спускавшейся обоими берегами Вислы до врат Варшавы. Новая Галиция заключала с одной стороны местность между Бугом и Вислой, а с другой — местность между Вислой и Пилицей. Наполеон требовал всю Новую Галицию, для прибавления к Великому герцогству Варшавскому, и два округа рядом с Краковом, для восстановления территории этой древней метрополии; с другой стороны, в восточной части, он хотел Жолкву, Лемберг и Золочев, чтобы сделать России подарок, который утешил бы ее при виде роста герцогства Варшавского. Это была жертва в 2,4 миллиона подданных из 4,8 миллиона, населявших обе Галиции. Наполеон и здесь отказался от 400—500 тысяч подданных для облегчения переговоров. Наконец, он отказался и от Лемберга и удовольствовался Жолквой и Золочевом, что свело его притязания в Галиции к 1,9 миллиона жителей.
Оставалось уладить два важных пункта, касавшихся сокращения австрийской армии и военной контрибуции, при помощи которой Наполеон надеялся возместить свои военные расходы. Он хотел заставить Австрию намного уменьшить армию и оплатить часть военных расходов. Эти предметы обсуждались только устно, и никаких записей не велось, настолько они затрагивали честь и финансовые интересы Австрии. Наполеон настаивал на том, чтобы в будущем Австрия ограничила численность армии 150 тысячами солдат и выплатила 100 миллионов, в качестве остатка из 200 миллионов контрибуций, из которых он уже получил только 50. Переговорщики согласились с сокращением австрийской армии до 150 тысяч человек, поскольку финансы Австрии и не позволяли ей содержать больше, но им нужен был временной лимит, без которого подобное ограничение могло стать нестерпимой зависимостью. Чтобы придать этому условию менее унизительный характер, договорились, что Австрия ограничится таким численным составом армии лишь на время морской войны, дабы лишить Англию союзницы на континенте. Наконец, Наполеон согласился немедленно вывести войска с завоеванных территорий и оставить часть контрибуций неоплаченными, но потребовал выплаты 100 миллионов в короткий срок. По этому пункту переговорщики не имели свободы действий, и после долгого обсуждения все расстались, не сумев договориться.