Всё, что Наполеон приобрел на Инне и в Верхней Австрии, он передал Баварии и не мог найти этому более подходящего и уместного употребления. Он оставил Баварии Зальцбург, германский Тироль и часть Тироля итальянского, сохранив другую его часть за Итальянским королевством, что было необходимо для правильного начертания его границ. Кроме того, он пожаловал Баварии княжество Регенсбургское, которое забрал у князя-примаса (получившего, как мы увидим, другое пожалование), и княжество Байройтское, некогда завоеванное у Пруссии. Новые земли с лихвой вознаграждали Баварию за ее усилия и расходы во время последней войны. Наполеон мог даже, не слишком уменьшая ценность вознаграждения, просить ее уступить 150 тысяч подданных Вюртембергу, чтобы Вюртемберг, в свою очередь, уступил 25 тысяч из их числа Бадену и 15 тысяч Дармштадту. В результате обменов земли его союзников достаточно увеличились и обрели более удобные границы.
Наполеон потребовал, чтобы взамен у него не просили денег на содержание французских армий во время их пребывания в Баварии, Вюртемберге и Бадене. Руководить выводом войск поручалось Даву, который постепенно перевел войска из Вены в Зальцбург, из Зальцбурга в Ульм, из Ульма в Вестфалию. Наполеон также пожелал, чтобы Бавария ратифицировала дарения французским офицерам всех званий в переданных ей провинциях, если только она не предпочтет их выкупить по определенной стоимости, и перевела в казну 30 миллионов в долгосрочных бонах, в возмещение расходов последней кампании, которые легли на него. И даже при таких условиях доля Баварии осталась внушительной и многократно превзошла ее жертвы. Возвращая Баварии Тироль, Наполеон рекомендовал дать ему конституцию, а при уступке Бадену некоторых частей Пфальца потребовал льгот для католиков, ибо когда разум завоевателя переставали мутить страсти, его место тотчас занимал благоразумный и гуманный правитель.
Удовлетворив союзников в Южной Германии и выведя войска с их территорий, Наполеон занялся центром и севером Германии. Следовало определить участь князя-при-маса, бывшего курфюрста и архиепископа Майнцкого, архиканцлера и президента Рейнского союза, отчисления которому происходили отчасти из княжества Регенсбургского, отданного теперь Баварии, отчасти — из пошлин за навигацию по Рейну, представлявших в настоящем весьма переменчивый доход, а в будущем — предмет множества превратностей. Наполеон, не желавший обижать преданного его воле князя, отдал ему княжества Фульдское и Ганау, при условии, что тот уступит некоторые земли герцогствам Ганау и Гессен-Дармштадскому, Регенсбург — Баварии, а рейнскую пошлину — казне. Рейнская пошлина должна была пойти на формирование отчислений княжествам Эсслингскому, Ваграмскому и Экмюльскому, присвоенным Массена, Бертье и Даву в награду за их услуги в последней войне.
Еще одним преимуществом такого распределения было обеспечение будущности принца Евгения, оставшегося без наследства вследствие брака Наполеона с Марией Луизой. Надежды на преемство в пользу вице-короля уже не оставалось, с тех пор как всё предвещало, что у Наполеона будут дети. Кроме того, отделение Итальянского королевства от Французской империи не входило в планы Наполеона; самое большее, он допускал, что прямой наследник Империи будет временно вице-королем Италии под сюзеренитетом императора. Принц Евгений, назначенный пожизненным вице-королем Италии, ничего не мог передать своему потомству. Мягкий и послушный принц, пусть и совершивший ошибку в Сачили, приобрел, между тем, подлинные воинские звания во время последней кампании; он был дорог Наполеону, который тем менее желал его обижать, что уже причинил ему немалое огорчение разводом с матерью. Ставшая женой вице-короля принцесса Августа Баварская, достойная своего ранга и одаренная замечательной силой характера, решительно напомнила Наполеону об обязательствах, взятых им в ее отношении, когда он просил ее сойти с одного из древнейших тронов Европы и стать супругой Евгения, не обладавшего ни высоким происхождением, ни вотчиной. Она дала почувствовать Наполеону, что он не может оставить ее без надела для ее детей. Тронутый выговором принцессы и тайной печалью принца Евгения, Наполеон назначил его наследником надела, пожалованного князю-примасу, — Великого герцогства Франкфуртского. К этому прекрасному наделу он присоединил и должность президента Рейнского союза. Слабое здоровье князя-примаса [Дальберга] не могло обречь семью принца Евгения на долгие ожидания.