Папа, хоть и пребывавший в Савоне под неусыпным надзором, скрытым под знаками великого почтения, сообщался с мятежной частью католиков и, не хуже них понимая тактику момента, непрестанно отказывался от исполнения своих папских обязанностей. Он не хотел ни утверждать новых епископов, назначенных Наполеоном, в результате чего пустовало уже двадцать семь кафедр, ни продлевать епископам полномочия на некоторые послабления, в том числе на заключение браков до достижения брачного возраста. Таким образом, насколько это было в его силах, он прерывал осуществление культа во Франции, что могло обернуться или против самого культа, или против правительства, в зависимости от того, встанет население на сторону папы или на сторону императора. Папа жил в епископском дворце Савоны, каждый день служил мессу и раздавал благословения верующим, нередко являвшимся издалека. Пий VII вежливо принимал представителей власти и на их просьбы приступить к исполнению обязанностей понтифика отвечал, что не свободен, лишен советников и в изоляции не способен совершать никаких действительных актов.
Между тем необходимо было с этим покончить и прийти к какому-нибудь соглашению. Наполеон хорошо это понимал, ибо временных средств, применяемых для управления Церковью без участия ее главы, было недостаточно. После ссоры с Римом в Империи пустовало двадцать семь кафедр, а ведь всякому известно, что без епископа или его представителя все дела в епархии замирают и прекращаются даже некоторые акты гражданской жизни, ибо у католиков и мирская жизнь освящается религией. Наполеон поспешил назначить новых епископов и приказал двадцати семи прелатам, хоть и не введенным в должность, приступить к управлению епархиями. Чтобы доставить им к тому возможность, он прибег к средству, указанному древними обычаями Церкви, и приказал присвоить им достоинство капитулярных викариев.
В самом деле, когда какая-нибудь кафедра освобождается вследствие кончины пастыря, епархиальный капитул избирает временного управителя кафедрой, в звании ка-питулярного викария, который и исполняет функции епископа до введения в должность нового епископа, ограничиваясь при этом исполнением самых незаменимых функций и не пользуясь полагающимися епископу привилегиями. Наполеон пожелал, чтобы назначенные им лица получили достоинство капитулярных викариев, но почти повсеместно столкнулся с горячим сопротивлением. Почти везде капитулы уже избрали временных управителей. Они указывали, что выборы уже проведены, а наиболее смелые дерзали утверждать, что подобный прием есть лишь уловка, призванная обойти процедуру канонического утверждения папой, и отрицали, что церковные правила позволяют присваивать назначенным епископам достоинство капитулярных викариев.
Наполеона, однако, их возражения не смущали, ибо он был уверен, что вскоре заключит с папой соглашение. Дабы победить его уже принятыми решениями, на отмену которых никто не посмеет надеяться, он поспешил узаконить присоединение Римского государства. Он уже провозгласил присоединение герцогств Пармы и Пьяченцы в качестве департамента Таро и Тосканы в качестве департаментов Арно, Омброне и Медитеране. Римские земли были присоединены в виде департаментов Тразиме-но и Тибр. В одном из самых известных и привлекших наибольшее внимание сенатус-консультов того времени Наполеон объявлял Рим вторым городом Империи и постановлял, что наследник трона получит титул короля Римского, будет коронован в соборах Нотр-Дам и Святого Петра и будет держать в Риме двор. Кроме того, он возвещал, что папы будут находиться при императорах и пребывать поочередно в Риме и в Париже, получат богатый цивильный лист; в их распоряжении будут находиться церковные суды и священные коллегии — словом, все учреждения Римской канцелярии, которые переместятся в Париж и перейдут на содержание Империи. Приняв эти решения, Наполеон приказал тотчас приступать к работам в Парижском архиепископстве, Пантеоне и Сен-Дени, чтобы принять там папское правительство и самого понтифика. Кроме того, он запланировал работы в Авиньоне, чтобы папа, живя в Париже, мог при желании показаться и в этой древней папской резиденции.