Таким образом, каждый корпус принимал участие во всех родах войн одновременно: когда военные действия прекращались на Севере, можно было позаботиться о предоставлении отдыха всем, кто служил в Польше, а в Испанию направить тех, кто не участвовал в последних кампаниях, или тех, у кого были силы и желание участвовать в нескольких кампаниях кряду. Но такая организация полков, представлявшая, возможно, некоторые преимущества для Наполеона и для Империи, есть своеобразное свидетельство политики крайностей. В то время как расширение военных кампаний Наполеона ослабляло его армию, рассредоточивая ее, оно ослабляло и полк как основу ее организации, расширяя его сверх меры и уменьшая родственный дух братьев по оружию, слишком удаленных друг от друга. Военный корпус есть единое целое, обладающее естественными пропорциями и собственной архитектурой, которые легко деформировать вследствие чрезмерного его разрастания.
Впрочем, многие распоряжения этого декрета обнаруживали благородные и мужественные чувства задумавшего его великого человека. Полковой орел, предмет почитания, любви и преданности солдат, ибо он олицетворял их честь, должен был находиться там, где будет находиться наибольшее количество батальонов, и вверялся знаменосцу, который получал звание, ранг и плату лейтенанта и должен был иметь не менее десяти лет выслуги (или участвовать в кампаниях Ульма, Аустерлица, Йены и Фридланда). За ним шли, в качестве второго и третьего знаменосцев, два старых солдата в звании сержанта и с жалованьем главного сержанта, которые участвовали в великих сражениях и не имели возможности продвинуться по причине неграмотности. То был достойный способ использования и вознаграждения доблестных солдат. Всё в государстве испытывало влияние гения Наполеона и носило печать его великой души.
Опьяненный собственным могуществом, считая всё дозволенным, с тех пор как Англия позволила себе всё, поскольку полагала войну на континенте завершенной, и приняв продолжение морской войны за отсрочку, полезную для завершения его замыслов, Наполеон решил сокрушить все препятствия, противостоявшие его воле. Отдав приказы, ведущие к включению Иберийского полуострова в его империю, Наполеон отдал подобные же приказы касательно Апеннинского полуострова, с целью покончить с суверенностью и стеснявшего его в центре Италии папы, и бросавших ему вызов из самого сердца Сицилии неаполитанских Бурбонов.
Отказ после коронации вернуть папские провинции Святому престолу и покорение Неаполитанского королевства, что окончательно сделало Римское государство анклавом Французской империи, постепенно привели к накоплению недовольства Пия VII и превратили его обычную мягкость в продолжительное и порой бурное раздражение против Наполеона, которого он между тем любил. Утрата княжеств Беневент и Понтекорво, отданных Талейрану и маршалу Бернадотту, оккупация Анконы и непрестанные прохождения французских войск довершили неудовольствие и отчаяние святейшего отца. Потому он не желал удовлетворять никакие просьбы Франции, отвергал одни по благовидным причинам, другие по неблаговидным, которым даже не старался придать вид таковых.
Сначала Пий VII отказался расторгнуть первый брак принца Жерома, свершившийся без каких-либо формальностей,
и согласился лишь закрыть глаза на провозглашение его недействительным французскими церковными властями. Он отказался признать Жозефа королем Неаполя, принял в Риме непокорных неаполитанских кардиналов и предоставил в предместьях столицы убежище разбойникам, которые убивали французов. Он оставил при себе консула низложенного короля Неаполитанского, заявив, что король, удалившийся на Сицилию, оставался государем по крайней мере этого острова и мог, следственно, иметь представительство в Риме. Папа не согласился изгнать англичан с территории Римского государства, заявив, что он независимый монарх и как таковой может быть в состоянии мира или войны с кем угодно, добавляя, что в качестве главы христианского мира не может вступать в войну ни с какими христианскими государствами, даже не католическими. Он тянул с назначением епископов, требовал приезда итальянских епископов в Рим, оспаривал действие французского Конкордата в итальянских Лигурии и Пьемонте, ставших французскими, и действие итальянского Конкордата в венецианских провинциях, последними присоединенных к королевству Италии. Наконец, папа не принимал никаких учреждений новой германской Церкви, а по любому предмету ссылался на естественные трудности, им порождаемые, или произвольно создавал трудности несуществующие. Так Наполеон пожинал плоды своего пренебрежения в отношении римского двора, который мог наилучшим образом расположить к себе посредством незатруднительных территориальных жертв; ибо, не трогая королевств Ломбардии и Неаполя, он обладал также Пармой, Пьяченцей и Тосканой, которые вполне могли пополнить владения Святого престола.