Узнав, как всё прошло, Наполеон захотел ознакомиться с речью господина Булоня и с принесенной клятвой и горячо посетовал на то, что не знал о них, начав упрекать всех в небрежности, в которой сам был виновен более всех. А особенно он отругал кардинала Феша, которого совсем не уважал и не принимал всерьез ни его познаний, ни добродетелей, ни важности. Он прислушался только к Дювуазену, который объяснил происхождение и смысл клятвы, принятой в 1564 году, вскоре после Тридентского собора, дабы ответить протестантам торжественной формулой присоединения к Римской церкви. В конце концов императора успокоили, доказав ему, что накануне вынесения решения, которое ограничивает власть Святого престола, французская Церковь должна была засвидетельствовать ему свою верность, дабы не оказаться оклеветанной и не лишиться морального авторитета.
Хотя Наполеон и успокоился, но с этой минуты начал терять уверенность в результатах собора. Он хотел, чтобы руководство собранием было вверено в надежные руки, и выпустил декрет, которым поручил руководство собором бюро, состоявшему из председателя, трех назначенных собором прелатов и министров вероисповеданий Франции и Италии, господ Биго де Преамене и Джованни Бовары. Этим же декретом Наполеон подтвердил назначение кардинала Феша председателем собора.
Кроме того, господину Дону было поручено подготовить собору послание, которое и было составлено в выражениях столь литературных, столь и политически недальновидных, и хотя Наполеон его переправил, но не достаточно для того, чтобы оно стало приемлемым. В этом послании длинно и односторонне излагалась вся история конфликта с Римом, а предлагаемый к решению вопрос ставился излишне императивно. В четверг, 20 июня, регламентирующий декрет вместе с посланием были доставлены на собор.
Общее собрание собора состоялось 20-го. Министры, приехавшие в придворных каретах и в сопровождении Императорской гвардии, вошли в Нотр-Дам с большой торжественностью, неся декрет об образовании бюро и послание. Они заняли место рядом с председателем и зачитали декрет, каждый на своем языке. Эта власть, напоминавшая власть римских императоров на первых соборах, когда христианство еще не учредило своего правительства и говорило с земными владыками на равных, вызвала весьма живое волнение. Новому цезарю позволили утвердить председателя, которого выбрали сами, и усадить императорских посланцев по правую и левую руку от председательского кресла, после чего стали голосовать, чтобы определить трех прелатов, которым назначалось занять место в бюро. Но поскольку собрание было лишено подлинного руководства, разброс голосов оказался крайне велик. Победивший кандидат едва набрал тридцать голосов (при более чем ста присутствующих). Им стал архиепископ Равеннский, которого избрали из вежливости, чтобы ввести в бюро кого-нибудь из итальянских прелатов. Двадцать семь голосов получил Франсуа д’Авьо, архиепископ Бордо, почтенный, но весьма необразованный церковник, ничуть не заботившийся скрывать негодование по поводу пленения святого отца. Архиепископ Турский (Барраль) и епископ Нантский (Дювуазен), известные своими достоинствами, ролью примирителей и недавней миссией в Савону, получили по девятнадцать голосов. Поскольку для бюро недоставало только одного члена, выбор между Барралем и Дювуазеном предоставили жребию, и в результате в бюро отправился заседать Дювуазен.
После выборов зачитали послание. Его жесткий и высокомерный слог произвел самое тяжелое впечатление.
Все претензии к Церкви перечислялись в этом послании с излишней горечью, что совсем не вязалось с миролюбивой миссией в Савону, отправленной, казалось, из желания уладить дело полюбовно. Разошлись в печали и тревоге.
Выбор кандидатов в бюро стал первым неприятным симптомом. Единственным членом собора, получившим настоящее большинство, не считая архиепископа Равенны, выбранного из любезности, стал архиепископ Бордо, общеизвестный противник религиозной политики правительства.
После предварительных заседаний всеми овладела тревога. Большинство прелатов, не будучи явными сторонниками правительства, желали соглашения между императором и Церковью из любви к благу и из страха перед конфликтом и были расстроены формой послания. Особенно ошеломленными казались итальянцы. Они приехали из своей страны с мыслью, что Наполеоном всюду восхищаются и всюду его боятся, а непокорные жители Парижа, хотя, конечно, и боялись, но судили и критиковали своего властителя, а порой и жестоко порицали его, и были далеки от повиновения. Бедные итальянцы просили объяснить им такое противоречие и к всеобщей тревоге добавляли сильнейшее удивление.