Когда настало время высказаться, голосование дало только три голоса в пользу компетенции собора, и то были голоса прелатов, посылавшихся в Савону. Только трое из двенадцати человек дерзнули утверждать, что собор компетентен. Отрицание компетенции собора в вопросах местной дисциплины означало полную его капитуляцию и оставляло папу наедине с Наполеоном, без какой-либо промежуточной силы, способной их сблизить.
Цель созыва собора была упущена; он подвергался риску навлечь на себя жестокий гнев Наполеона. Помчались в Сен-Клу, чтобы сообщить ему о происходящем. Император был вне себя. Его дядя, явившийся с сожалениями о том, чего не дерзнул предотвратить, поверг Наполеона в крайнее раздражение. К счастью, в ту же минуту появился и Дювуазен, поспешивший успокоить легко предсказуемый гнев императора и предупредить его последствия. Вид этого прелата вывел Наполеона из раздраженного состояния, в которое почти всегда повергало его присутствие кардинала Феша. Сожалея о том, что бобор сам себя обезоружил, усомнившись в своей компетенции, Дювуазен утверждал, однако, что не всё потеряно и что если положить в основу обсуждения не компетенцию собора, а саму савонскую записку, еще можно другим путем прийти к той же цели. По его мнению, следовало сделать заявление, оговорив в нем, к примеру, что кафедры могут пустовать не более года, что светской власти положено шесть месяцев для назначения епископов, а папе — шесть месяцев для их утверждения; что по истечении этих шести месяцев право утверждать епископов переходит архиепископу. Заявление, кроме того, можно было завершить благодарностями папе за то, что он настоящим соглашением положил конец бедам Церкви. Дювуазен был уверен, что комиссия не может не одобрить решение, на которое согласился сам папа.
Наполеон согласился сделать новую попытку и отложить на время применение своей верховной власти, которой, на его взгляд, было вполне достаточно, чтобы решить все вопросы, что бы ни случилось и что бы об этом ни сказали. Феш и Дювуазен удалились с поручением заставить комиссию принять этот новый план.
Комиссия, строптивая накануне, следуя обыкновению этого несчастного собора, на следующий день казалась взволнованной. Кардинал Феш многословно рассказал о гневе своего племянника. Дювуазен не скрыл, что если комиссия не сумеет принять решения, Церковь подвергнется великой опасности. Он сказал, что папу следует пожалеть, но вызволить его из ужасного положения можно посредством его же савонской записки, которую остается декретом собора превратить в государственный закон, поблагодарив Пия VII за то, что своим согласием он спас Церковь. Здравые слова Дювуазена убедили комиссию, его мнение было принято, и савонское заявление было превращено в декрет собора единогласно, за вычетом двух голосов.
На следующий день комиссия собралась вновь, и вновь настроение оказалось полностью переменившимся. Теперь в ней возобладал не страх перед Наполеоном, а страх перед католической партией. Кардиналы Каселли и Спина, люди здравомыслящие, но слабые, отреклись первыми. Они заявили, что не знали о подлинном характере государственных законов, голосуя накануне, а теперь узнали, что законы эти не подлежат отмене после утверждения Сенатом, и потому вынуждены просить предварительного согласия папы, что означало новое признание недостаточной компетенции собора. Все впали в чрезвычайное замешательство и в конце концов, чтобы выйти из положения, приняли декрет, основанный на савонской записке, но при условии, что он получит одобрение и подпись святого отца. Это двусмысленное заявление не разрешало ни одну из политических трудностей момента, ибо ставило всё в зависимость от нового демарша в отношении папы. Доклад о принятом решении собирались зачитать собору 10 июля.
В этот день собор собрался с видимой тревогой. Едва чтение доклада завершилось, как крайнее волнение охватило все ряды высокого собрания. Искусная редакция могла бы примирить все мнения, предоставив каждому разумное удовлетворение, и сделать приемлемое для враждебной части собора решение приемлемым и для императора. Но доклад, составленный исключительно для одной стороны, которую он удовлетворил и привел в восторг, вызвал гнев противоположной стороны, глубоко им задетой. Не было среди собравшихся человека, способного вновь овладеть раздраженным и разобщенным собранием и объединить его вокруг разумного решения; в соборе воцарился хаос требований, упреков и взаимных обвинений. Сторонники власти говорили, что непризнание компетенции собора вынуждает вновь обращаться к папе, а так дело никогда не будет решено. Другие отвечали, что даже если собор компетентен, его решения не могут обойтись без одобрения папы, ибо имеют силу лишь постольку, поскольку их одобрит Святой престол. Право верховного решения папы, которое утверждали одни, заставляло других вспомнить, каким образом Пий VII недавно им воспользовался; вспоминали буллу об отлучении и ставили ее ему в упрек.