В конце II в. грянул кризис. Рим пребывал в состоянии войны с нумидийским правителем Югуртой, и после ряда неудач наконец был избран прославленный полководец Метелл, чтобы возглавить армию. Но война продолжала тянуться, и долгожданной римской победы все не было. Гай Марий, житель Арпино, служил в штабе. Он не одобрял стратегию Метелла, завидовал ему, и потому не поддерживал. Благодаря интригам его друзей среди демократов у себя дома он был отозван, избран консулом, получил провинцию Нумидия и войска против Югурты – после Метелла. Сенат проголосовал за выделение ему дополнительных сил для легионов. Но, отчасти из убеждения, что дополнительных сил недостаточно, отчасти по предложению своих демократических сторонников, Марий начал собирать войска по собственной инициативе из неконституционных источников. Тем самым он создал прецедент, который оказал важное влияние на последующую военную и политическую историю Рима.
Марий не довольствовался дополнением своей армии «храбрейшими людьми» в Лации и призывом под его знамена эеокатое — отслуживших в армии ветеранов. Он использовал другой метод набора. Таким образом, пролетариат Рима, который в прошлом был лишен права вступить в легион и который принимали на службу только во время кризиса, теперь мог законно претендовать на военную службу. Политические результаты этого властного новшества Мария можно проследить в партийной политике того времени. Военные аспекты едва ли являются менее важными. Рекруты из числа римского пролетариата теперь нанимались на службу на определенный период – вероятнее всего, на двадцать лет. В 67 г. до н. э. был принят lex Gabinia — закон Габиния, назначивший Глабриона в провинцию Вифиния и предписывающий роспуск двух легионов армии Лукулла, которые первоначально были набраны Флакком в 86 г. до н. э. и впоследствии поддерживали дело Фимбрия. Солдаты получили legitima stipendia (законные платежи) и отказались следовать за своим непопулярным новым командиром в новых кампаниях; как утверждает Цицерон, «Lucullus partim militum qui iam stipendiis confectis errant dimisit, partim М». Glabrioni traditit». Таким образом, на протяжении последнего столетия республики и I в. принципата римский гражданин должен был служить в легионах двадцать лет, но даже самые успешные полководцы нередко увольняли солдат в конце кампании и до того, как legitima stipendia была выплачена. Кроме того, вместо ежегодной присяги – sacramentum — солдаты давали клятву, которая распространялась на всю их военную карьеру. Заслуживают внимания два момента. Во-первых, вместо армии, набираемой технически из средних классов и дополняемой в период кризисов из других источников, согласно срочным декретам сената, был официально признан институт профессиональной армии. Следовательно, на значительно более высокий уровень были подняты обучение и дисциплина. Позже мы увидим, что именно благодаря этим профессиональным солдатам Рим не только приобрел новые территории, но и осуществлял на них управление после завоевания. Во-вторых, политика набора войск по собственной инициативе, введенная Марием, вопреки оппозиции сената, создала опасный прецедент, который использовали многие генералы до конца периода республики. В результате генералы собирали армии для собственных целей, платили солдатам из захваченной добычи и, когда работа завершалась, добивались от государства выделения наделов для ветеранов. Таким образом, вместо того чтобы создать государственную армию, в течение последнего века республики появлялась целая череда армий, верных своим полководцам. Тесная связь солдат с командовавшими ими офицерами, определенная второй частью присяги sacramentum: «Мы уйдем на покой, когда наша служба будет завершена, с разрешения консула», и усиленная долгими кампаниями за пределами Италии, была в немалой степени причиной ряда гражданских войн, имевших место в конце периода республики. Не было найдено и удовлетворительного решения для отрыва армии от домашнего правительства до того, как Август стал и главой государства, и главнокомандующим войсками в поле.
Еще одна важная реформа, которую приписывают Марию, имела тактическую природу. Сражение при Пидне стало триумфом манипула над фалангой, и эта новая диспозиция оставалась актуальной до тех пор, пока Рим не столкнулся с соперником, который использовал метод атаки, отличный от медленного методичного движения фаланги вперед. Не успел Рим успешно завершить кампанию против Югурты, как ему пришлось столкнуться с вторжением с севера кимвров (кимбров) и тевтонов. Эти германские племена придерживались другой тактики: они ставили все на стремительный натиск в начале битвы, и, чтобы справиться с такой атакой, боевой порядок из трех рядов манипул оказался неудобен. Подразделения сами по себе были небольшие, и первая линия, как правило, оказывалась разделенной промежутками такими же широкими, как занимали сами манипулы. Следовательно, сильная уверенная атака могла без труда преодолеть сопротивление передовых линий. Вражеские войска могли беспрепятственно наступать через промежутки между манипулами и нанести удар по второй линии обороны. В войне против инсубров римляне пытались справиться с этой сложностью, используя пилы для удара, а не для броска, чтобы иметь возможность сопротивляться в сомкнутом строю натиску противника с длинными незаостренными мечами. Но небольшой размер манипулы оставался слабостью для таких сражений, и Марий решил укрепить первую линию обороны, увеличив размер отдельных подразделений и, если необходимо, снизив промежутки между ними. Так когорта заняла место манипулы в качестве тактической единицы римской армии, и легион был организован в десять когорт, каждая из которых подразделялась на шесть центурий. Эта реформа должна была дать большую сплоченность и устойчивость отдельным тактическим единицам, составлявшим линии наступления и обороны. Кроме того, деления на три линии теперь строго не придерживались. Это правда, что triplex acies — трехлинейный строй – с четырьмя когортами на первой линии и тремя когортами на каждой из последующих был стандартным построением Цезаря. Но иногда использовалось две линии, и даже одна. В ходе кампании в Аквитании в 56 г. до и. э. Красе использовал duplex acies — двухлинейный строй, а в одну линию Цезарь строил войско в Африке. Вполне вероятно, что Марий укрепил передовую линию обороны за счет резерва, впервые отражая атаку кимвров.