Через тридцать восемь дней он вышел из Лубянки другим человеком. Больше патриарх не только не проповедовал какого-либо неповиновения власти, но, напротив, делал с тех пор исключительно верноподданнические заявления. В первом по освобождении из уз послании Тихон говорил: «…Я решительно осуждаю всякое посягательство на Советскую власть, откуда бы оно ни исходило. Пусть все заграничные и внутренние монархисты и белогвардейцы поймут, что я Советской власти не враг». Между прочим, патриарх тогда распорядился по РПЦ непременно поминать родной совнарком при богослужении.
Вконец замученный и затравленный и, безусловно, очень переживающий свое вынужденное покорствование богоборцам-большевикам, святейший патриарх Тихон умер по новому стилю 7 апреля 1925 года.
Вся православная Москва устремилась в Донской проститься с патриархом. У самого монастыря выстроилась очередь по четыре человека в ряд длиною в полторы версты. Историк церкви М. Е. Губонин в сборнике «Акты святейшего патриарха Тихона» приводит воспоминания некоего ленинградского протоиерея Н. о прощании с Тихоном в Большом Донском соборе: «…Дубовый гроб стоял на возвышении, посередине собора. Патриаршая мантия покрывала его. Лик Патриарха закрыт воздухом, в руках крест и Евангелие. Руки также закрыты. Тропические растения высились вокруг гроба, и оставались свободными только проходы с обеих сторон, по которым беспрерывным потоком шли двумя бесконечными лентами желающие приложиться. Около гроба, у возглавия стояли два иподьякона с рипидами; дальше два иподьякона с каждой стороны гроба, пропускавшие народ; рядом с ними, у ног Святейшего, по бокам аналоя, на котором сиротливо высился патриарший куколь, еще два иподьякона, из коих один держал патриарший крест, другой — патриарший посох. У возглавицы, около цветов, было несколько венков с надписями, один из коих от епископа Кентерберийского. Народ прикладывается к кресту и Евангелию и целует одежду Святейшего. Сделав земной поклон, и я наклонился над гробом Святейшего, просил открыть руку Патриарха. Стоявший рядом иподьякон исполнил мою просьбу, и я припал к благословляющей и меня когда-то, но теперь лежащей неподвижно руке Святейшего. Рука была мягкая, теплая. …Могила приготовилась в теплом храме, около стены, на южной стороне. В соборе не было никого, кроме рабочих, так как вход был закрыт, дабы не мешать рабочим. Меня, как священнослужителя, пропустили беспрепятственно. …Глубина могилы не более двух аршин; пол ее был выложен камнем, и рабочие укладывали стены».
Похоронен Тихон был 12 апреля. Протоиерей Н. вспоминает: «…Гроб был поставлен на носилки. У дверей собора совершалась лития. …При пении „Вечной памяти“ святители подняли гроб, и процессия двинулась. Вся громада верующего народа запела „Вечную память“, и эти мощные звуки неслись далеко за стены монастыря, но никто не сходил с места, пока процессия не обошла вокруг собора и гроб Святейшего не был внесен в теплый собор. …В стену над могилой вделан большой дубовый крест, с надписью по-славянски: „Тихон, Святейший Патриарх Московский и всея России“».
Существует версия, будто бы вскоре после погребения в Малой Донской церкви патриарха Тихона тайком откопали и перезахоронили на Введенском кладбище. А перед самым визитом патриархов в 1946 году вернули на прежнее место. Но вряд ли все эти слухи соответствуют действительности.
В 1989 году патриарх Московский и всея России Тихон был канонизирован Русской церковью. Естественно, встал вопрос об обретении мощей святого. Но где именно в Малом соборе патриарх Тихон лежит, никто не знал. Как рассказал наместник Донского монастыря архимандрит Агафодор, искали гроб под собором довольно долго. Начали копать в одном месте — нет. В другом — пусто. И когда копать под собором было уже практически негде, кто-то придумал заглянуть под воздуховод, проходящий под полом. Там, естественно, и не предполагали искать, потому что думали: кому же может прийти в голову упрятать патриарха в столь неподходящем для погребения месте? Но едва рабочие стали пробиваться под этот воздуховод, так сразу и наткнулись на патриарший гроб. Сохранился он превосходно. Вот так мощи святого и были обретены.
Теперь они почивают в раке попеременно то в Малом, то в Большом соборе. Дважды в год их переносят из одного собора в другой. Это целый обряд. Так и кочуют мощи, не зная покоя. Последний путь патриарха не кончается.