Инициатором создания ПСМ был, по всей вероятности, П. Рачковский, большой мастер политической провокации. В молодости он был народовольцем и предложил использовать в качестве легального органа партии редактировавшийся им еженедельник "Русский еврей". Перейдя на штатную службу в охранку, Рачковский стал издавать при департаменте полиции и распространять черносотенные листовки; он был одним из инициаторов создания Союза русского народа. Непосредственным составителем ПСМ считается М. Головинский, профессиональный литератор, который по заданию охранки занимался слежкой за русскими эмигрантами в Париже. Журналист И. Манусевич-Мануйлов, многолетний сотрудник охранки, возможно, был посвящен в задание Головинского и оказывал ему помощь в работе. Исполнители подлога использовали для плагиата, наряду с книгой Жоли, другие произведения, в частности, памфлеты апостата И. Циона (1842-1912, ученый-физиолог и консервативный публицист) против финансовой политики С.Ю. Витте. Предполагаемое некоторыми исследователями участие самого Циона в изготовлении ПСМ, маловероятно: он сумел бы исполнить такой заказ с большим знанием еврейских реалий.
Чтобы доставить рукопись ПСМ в Россию, Рачковский воспользовался услугами агента охранки Юлианы (Юстины) Глинки. Был пущен слух, что Глинка сумела раздобыть сверхсекретный документ из тайного еврейского хранилища во Франции; эта версия изложена в повести выкреста С. Литвина-Эфрона (1849-1925) "Среди евреев" (Ист. вестник, 1896). Впоследствии нацистская пропаганда ссылалась на эту повесть как на доказательство "подлиности" ПСМ. О том, что на самом деле "парижской даме" вручил рукопись "документа" Рачковский, Нилус рассказал в 1909 г. посетившему его А. дю Шайла. Близкий знакомый Ю. Глинки, А. Сухотин передал рукопись ПСМ своему другу Ф. Степанову. В 1927 г. Степанов рассказал, что сначала он отпечатал 100 экз. ПСМ на гектографе, а затем, в 1897 г., в одной из типографий Тульской губернии (без обозначения года и места издания). От Сухотина же копии рукописи ПСМ получили Нилус и де Бутми.
Малотиражное издание Степанова прошло незамеченным, но публикации де Бутми и особенно Нилуса получили со временем мировую известность.
Версия Нилуса с его предисловием впервые была опубликована в петербургской газете "Знамя" (1903) известным черносотенцем, подстрекателем Кишиневского погрома П. Крушеваном под названием "Программа завоевания мира евреями". Осенью 1905 г. одновременно вышли в свет два издания ПСМ: в составе книги Нилуса "Великое в малом, или Антихрист как великая политическая возможность", излагающей историю его "духовных поисков" и отдельной книгой в редакции Бутми под названием "Корень наших бед". В предисловии ко 2-му изданию под новым названием "Обличительные речи: Враги рода человеческого" указана дата "перевода" рукописи – 9.12.1901; в примечании от имени переводчика говорится, что протоколы подписаны сионскими представителями, которых не надо смешивать с сионистами; однако издатель это примечание оспаривает. В 1911 г. выходит новое издание книги Нилуса под названием "Близ грядущий Антихрист". В предисловии издатель протоколов сообщает, что получил рукопись в 1901 г. и допускает мысль о недостоверности ПСМ: "Меня могут, пожалуй, упрекнуть – и справедливо – в апокрифичности представляемого документа". В 1917 г. Нилус вновь издает свою книгу под названием "Близ есть, при дверех", где объявляет, что он получил рукопись ПСМ от А. Сухотина и что протоколы – стратегический план завоевания мира, выработанный вождями еврейства и представленный Т. Герцлем на I Сионистском конгрессе.
Несмотря на отчаянные усилия фанатиков, ПСМ не нашли широкой поддержки в русском обществе. Даже такие лидеры черносотенцев, как публицист "Нового времени" М. Меньшиков, которого Ю. Глинка в 1902 г. пыталась уверить, что ПСМ действительно похищены ею из "еврейской столицы" Ниццы, отвернулись от неуклюжей подделки. Распространители ПСМ не сумели заручиться и поддержкой двора. Правда, в разгар революции 1905 г. ПСМ были представлены Николаю II и он, по свидетельству жандармского генерала, исписал поля экземпляра ПСМ пометами: "Какая глубина мысли!.. Какая точность в осуществлении программы!.. Не может быть никакого сомнения в их подлинности…" и т.п. Сотрудники заграничного отделения охранки, "обнаружившие" ПСМ, были щедро вознаграждены. Однако, когда деятели правого лагеря предложили проект широкого использования ПСМ для политической борьбы, председатель совета министров П.А. Столыпин велел провести секретное расследование и доложил царю о результатах, не оставлявших сомнений в подлоге. Николай II написал на проекте: "Протоколы изъять, нельзя чистое дело защищать грязными способами". Отрицательное отношение властей России к ПСМ проявлялось жестко: никаких ссылок на ПСМ не допускалось даже во время подготовки процесса М. Бейлиса.