Не меньшие трения между церковью и государством вызывали значительные земельные угодья, которые сосредоточились в ее руках.
Первые монастыри и монахи в Киевской Руси были бедными. Архиерейские кафедры начали приобретать земельные владения с ХII в. Шли века, и вокруг монастырей возникали монастырские вотчины. К началу XVI в. только у московского митрополита имелось более 100 тыс. гектаров земли – почти треть всего частного землевладения. Крупнейшими собственниками земли стали Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский и Соловецкий монастыри. Помимо этого, церковь имела значительные налоговые льготы. В результате крестьяне бежали с земель служилых людей на монастырские земли. Между тем, во-первых, самому государству нужны были земли для наделения ими служилого люда, во-вторых, свободное поступление в «духовный чин» противоречило интересам государства, которое теряло в лице священника и монаха налогоплательщика, в-третьих, оно не могло допустить существования сильного политического оппонента.
Первым приступил к конфискациям церковных земель Иван III. Он сделал это только в отношении земель архиепископа покоренного в 1478 г. Новгорода. В 1503 г. на поместном соборе Иван III попытался добиться ликвидации монастырского землевладения, но безуспешно.
Василий III иногда запускал руки в церковную казну. Кроме того, он самостоятельно, без соборного избрания утвердил главой церкви митрополита Варлаама. Но вскоре тот чем-то не угодил великому князю и оказался в монастырском заточении.
Вмешательство в дела управления церковью из эпизодического стало превращаться в постоянное: в 1539 г. бояре заставили митрополита Даниила отречься и сослали его в монастырь, та же судьба в 1542 г. постигла митрополита Иоасафа.
Церковная юрисдикция постепенно ограничивалась: дела по политическим преступлениям и разбою, совершенными духовными лицами передавались в светский суд.
Иван IV на церковном Соборе 1551 г. вновь попытался добиться конфискации церковных земель. Церкви удалось тогда отстоять свою собственность. Потери оказались незначительными: отныне монастыри имели право приобретать новые земли только с согласия власти.
В течение этого периода все социальные слои утратили те минимальные права и свободы, которые они имели. Такое принципиальное изменение социальной системы произошло в условиях образования единого государства без необходимых на то социально-экономических предпосылок и ухудшения внешнеполитического положения. Единственным средством обеспечения безопасности и единства страны стало усиление административно-финансового нажима государства на все слои населения.
Изменение социального статуса бояр. Первой причиной наступления государства на права удельных князей и бояр стала логика политической борьбы: любой социально-политический институт (в данном случае государство в лице великого князя), не имеющий политических ограничений, всегда стремится к абсолютной власти.
К началу княжения Ивана III Тверь, Рязань, Новгород и Псков лишь формально сохраняли статус самостоятельных государств. Их владельцы еще могли пытаться заключить союзы с противниками Москвы, однако шансов изменить расстановку сил в стране у них уже не было. К концу XV в. формальную независимость сохраняли только Рязанское княжество и Псков. «Отъезд» удельных князей и бояр в иные княжества в Москве рассматривался уже как государственная измена. Поэтому московские князья стали брать с них «присяжные» записи с обязательством о неотъезде. В 1474 г. появилась первая запись о «неотъезде». (Официально право «отъезда» было перечёркнуто в 1534 г.: отныне в случае отъезда боярин лишался своей вотчины).
В середине ХV в. в Москве проживало приблизительно 40 боярских московских родов, наиболее известными и влиятельными из которых являлись Кошкины, Морозовы, Бутурлины, Челяднины, Воронцовы, Ховрины, Головины, Сабуровы, Вильяминовы. В 1463 г. Ивану III били челом о принятии на службу все (Великий с удельными) князья ярославские, в 1472 г. – остававшиеся вольными князья ростовские (половину княжества Москва приобрела раньше). К концу же ХV в. из разных княжеств в Москву прибыло более 150 княжеских и боярских родов.
Приехавшие стали яростно отстаивать право на получение чина в зависимости от знатности своего рода и собственных служебных заслуг. Потомок Великого князя считал себя выше удельного, удельный – выше своего боярина, но московский боярин мог быть выше удельного князя, тем более – выше боярина других княжеств. Так возникло «местничество».