Все же конклав прошел не совсем гладко. Когда кардиналы уединились для избрания преемника, начал разворачиваться польский конфликт, непосредственно вызвавший мировую войну. На конклаве французские епископы, несмотря на то что им были известны прогерманские симпатии Пачелли, выступили в его поддержку, ибо ему приписывали выступления Пия XI против крайностей фашизма. Эта партия ждала от него более решительного продолжения несмелых действий его предшественника против фашизма. Однако кардинал Тиссеран, который лучше знал Пачелли, отметил одностороннее германофильство кандидата. Поэтому он предпочел бы видеть на папском троне парижского нунция, кардинала Мальони, ибо тот был приверженцем демократии. Руководитель традиционалистской партии курии кардинал Оттавиани также не был в восторге от кандидатуры Пачелли, располагавшего слишком большой властью; поэтому он предложил кандидатуру Тиссерана. Тайны конклава неизвестны, фактом остается лишь то, что Тиссеран возражал против кандидатуры Пачелли. Согласно отдельным источникам, лишь он один голосовал против Пачелли. Согласно мнению других, он также голосовал за него, но с условием, чтобы государственным секретарем Пия XII стал профранцузски настроенный кардинал Мальони, который и исполнял функции госсекретаря вплоть до своей смерти в 1944 году. После его смерти — в нарушение существовавшего до того времени порядка — Пий XII не назначил нового государственного секретаря, а автократически руководил курией. Заместители государственного секретаря Тардини и Монтини были его непосредственными сотрудниками. Римский аристократ — папа возродил также непотизм, вызывавший в середине XX века большую антипатию. Он слишком большую свободу дал своим родственникам, главным образом в области экономики и финансов; кроме того, на него оказывали неблагоприятное влияние его немецкие фавориты.
Папа Пий XII был несомненно автократическим главой церкви, политическим идеалом которого была консервативная монархия. Его монархистские взгляды видны из того, что одним из первых его решений была реабилитация 10 июля 1939 года «Французского действия», что поощрило и во Франции фашистские силы. В 1940 году, после разгрома Франции, Ватикан признал режим Петэна. За спиной Петэна группировались не только фашисты, но и консервативные реакционные силы, от Морраса и до большинства католических епископов включительно. Католическим консервативным силам нового французского государства Пий XII оказывал широкую поддержку, видя в этом шаги, направленные к созданию новой, христианской Европы. Все это способствовало тому, что французские епископы — за небольшим исключением — сотрудничали с правительством Виши.
О симпатиях папы к монархии свидетельствует то, что уже 7 июня 1941 года было подписано соглашение с фашистским режимом Франко, далеко не однозначно относившимся к церкви. (За этим соглашением последовали новые в 1946 и в 1953 годах.) И позже Пий XII выступал за монархию, считая ее идеальной христианской формой государства.
Поведение Пия XII во время второй мировой войны под воздействием обстоятельств изменилось и было таким же противоречивым, как, например, Черчилля или Рузвельта. Церковь с точки зрения судеб и будущего человечества в критический период — и в моральном и в идейном отношении — считала свою позицию оправданной. Она усматривала в этой мировой катастрофе наказание обеих воюющих сторон за проводимую ими политику.
Во время польского конфликта Пий XII делал дипломатические шаги, направленные на решение кризиса политическими средствами. 3 мая 1939 года папа направил в адрес великих держав (за исключением Советского Союза) ноту о созыве международной конференции, но Гитлер и Муссолини уклонились от переговоров. Ватикан хотел заставить и польское правительство пойти на уступки — на передачу немцам Данцига (Гданьска). В течение августа папа в частых радиообращениях предупреждал мир об опасности войны. «С миром еще ничто не потеряно, но с войной можно потерять все!» — прозвучало предостережение папы, но оно натолкнулось на глухоту.