Уже с того времени идет активное обсуждение причин молчания папы. В дискуссиях часто сталкивались эмоции, а не на фактах основанные аргументы. (О том, молчал ли папа или нет, смогут дать ответ недавно предпринятые поиски в Ватикане архивных документов.) Посвященные уже теперь утверждают, что Пий XII не молчал. Кажется вероятным, что Пий XII считал открытый и торжественный протест делом бессмысленным. Этим, по его мнению, он бы ничего не изменил, в то же время можно было ожидать, что в случае его выступления, которое Гитлер объяснил бы как нарушение конкордата, это привело бы к дальнейшим преследованиям католиков. Пий XII не хотел вмешательством в немецкие дела нарушать строгий нейтралитет даже в этом вопросе, затрагивающем общие принципы гуманизма.
С лета 1943 года Ватикан оказался вблизи зоны военных действий. 19 июля 1943 года был совершен первый американский воздушный налет на Рим. В результате бомбардировки оказалась разрушенной также церковь Сан Лоренцо фуори ле Муре. Пий XII немедленно поспешил на место разрушений. В полном торжественном облачении первосвященника он опустился на колени перед еще дымящимися обломками и совершил молитву, утешил пострадавших, раздал даяния среди жертв бомбардировки. 25 июля 1943 года пала фашистская диктатура Муссолини. Сразу же под воздействием изменившихся обстоятельств Пий XII способствовал тому, чтобы руководитель разгромленной фашистами Народной партии де Гаспери, который в период между 1929 и 1943 годом находился во внутренней эмиграции и был служащим Ватиканской библиотеки, приступил к созданию антифашистского, демократического католического движения «Христианская демократия». Однако нацисты не смотрели безучастно на развитие событий, а вошли в Рим. 13 сентября немецкий гарнизон окружил Ватикан, и папа практически стал пленником немцев. После таких событий папа Пий XII выступил на рождество с речью, которую он произнес в еще оккупированном фашистами Риме.
В конце 1943 года в Тегеране совещались Сталин, Черчилль и Рузвельт. Рождественская речь Пия XII, естественно, находилась под воздействием исторической по своему значению конференции. Тегеранская встреча закончилась компромиссом, в соответствии с которым с целью успешного завершения войны, по крайней мере, на том этапе была отвергнута возможность сепаратного мира с немцами, но многие вопросы, главным образом касающиеся послевоенного устройства, остались нерешенными. Папа хотя лишь косвенно, но решительно выразил свою симпатию к союзникам, ожидая от их быстрой победы достижения мира. Этому также способствовало участие католических организаций в антифашистском Движении Сопротивления. В итальянском Движении Сопротивления, добившемся серьезных военных успехов, сражались католические массы, и одним из руководителей этого движения был христианский демократ. Успехи Движения Сопротивления в значительной степени оказали влияние и на поведение Ватикана.
1944 год был годом решающих побед союзников над фашистскими государствами. 5 июня 1944 года союзники вошли в Рим. Пий XII в молитве, произнесенной на площади Святого Петра, возблагодарил Бога за освобождение. На другой день после освобождения Рима, 6 июня 1944 года, союзники высадились в Нормандии: начался последний этап войны. После освобождения Рима война, частично и в Италии, продолжалась еще почти год. В Северной Италии развернулось широкое антифашистское, национально-освободительное движение, перешедшее в народно-демократическую революцию. Изменилось и положение Святого престола: Пий XII получил полную свободу маневра, его речи теперь уже не были обусловлены позицией по отношению к фашистским оккупантам.
В течение 1944 года Пий XII во многих случаях высказывал стремление церкви реализовать католическое учение во всех сферах общественной жизни. Папа подчеркивал, что церковь как прежде, так и теперь располагает аутентичным социальным учением. В центре учения Пия XII об обществе стояла возможность решения социальных проблем с помощью реформ, что можно обнаружить и в его выступлении по радио в пятую годовщину начала войны, 1 сентября 1944 года. Согласно папе, христиане могут идти по пути излечения общественных систем, низвергнутых в катаклизм войны, с помощью органичных реформ. Ссылаясь на «Rerum Novarum» как на единственно верный постулат, он утверждал, что любой общественный и экономический строй должен непоколебимо основываться на христианских принципах морали и на католическом учении о собственности.
Наряду с описанием концепции справедливого общества, обновленного с помощью органичных реформ, Пий XII самым подробным образом рассмотрел вопрос сотрудничества, сложившегося в антифашистском движении между христианами и нехристианами, католиками и другими христианскими конфессиями. В 1944 году папа принял во внимание это сотрудничество, однако в своей речи предупредил о его нежелательных последствиях и ограничил пределы такого сотрудничества. Границы такого сотрудничества устанавливаются в зависимости от специфических католических интересов. Важность заявлений заключается в том, что это все прозвучало уже тогда, когда еще продолжалась борьба с фашизмом. И именно в ходе этой борьбы католические массы и значительная часть их политических руководителей поняли, что лишь последовательное антифашистское, демократическое обновление может стать и для них выходом и что сплочение с левыми силами, некатоликами, или даже с атеистами не противоречит их религиозным чувствам, их христианской сути. Пий XII выступил против сплочения, достигнутого в тяжелых боях в рядах Сопротивления.