Клименту не хватало лишь одного — уверенности в себе. Застенчивый и чрезмерно робкий, он не мог самостоятельно принимать решения. Вследствие этого он очутился в слишком большой зависимости от своего канцлера кардинала Луиджи Торриджани. Глубокое почтение последнего к Обществу Иисуса во многом повлияло на отношение самого папы к наступившему вскоре кризису
Проблемы, связанные с орденом иезуитов, не позволяли забыть о себе в годы правления Климента. В момент его восшествия на престол главным полем сражения оставалась Португалия, где маркиз Помбал продолжал преследовать их. Поручив расследование кардиналу де Салданья, Бенедикт XIV совершил роковую ошибку Де Салданья состоял в дальнем родстве с Помбалом, был обязан ему успехами своей карьеры и повиновался ему во всем вплоть до мелочей. 5 июня 1758 года, еще до истечения месяца с момента его назначения, он выпустил эдикт. В нем он объявил, что располагает достоверными сведениями о скандальных коммерческих сделках, осуществлявшихся во всех иезуитских колледжах, резиденциях, обиталищах послушников и монахов и иных учреждениях всех родов, находившихся во владении ордена и под протекторатом Португалии, где бы они ни располагались — в Европе, Азии, Африке, Америке. Вся торговая деятельность запрещалась под угрозой отлучения от церкви, все расчетные книги следовало сдать. Через два дня иезуитам официально запретили проповедовать и принимать исповедь.
Когда португальцы узнали о случившемся, их — как знать, так и простонародье — охватил ужас. В Риме, где еще продолжался конклав, реакция была во многом такой же. Нунцию апостольского престола в Лиссабоне поручили передать кардиналу Салданья, что доклад его превосходен во всем, кроме одного: в нем недостает свидетельств, а без них он представляет собой не более чем клевету. Далее отмечалось, что, хотя расследование официально начиналось 31 мая, постановление было отпечатано четырьмя днями ранее — 27 мая. В отношении запрета на деятельность иезуитов нунцию следовало указать, что подобная мера противоречила нормам канонического права: наложить запрет можно на деятельность того или иного члена ордена, но не ордена в целом. Затем выяснилось, что патриарх Лиссабонский подписал эдикт под принуждением. По опубликовании документа он удалился в свою загородную резиденцию; месяц спустя он скончался.
Случившееся, как оказалось, было только началом. В ночь на 3 сентября на короля Жозе было совершено покушение. Ответственность за это, как можно было предполагать почти с полной уверенностью, падала на группу недовольных представителей знати, двенадцать из которых публично казнили, но вскоре распространился слух, будто подстрекателями к убийству явились иезуиты, и Помбал получил прекрасный предлог, которого давно дожидался. Семь обителей иезуитов в Лиссабоне были окружены и подвергнуты обыску, а 5 января 1759 года все их имущество конфисковали — в том числе и запасы продовольствия, так что если бы над монахами не сжалились богобоязненные горожане, тем пришлось бы просить милостыню. 20 апреля король, к тому времени выздоровевший, обратился к папе Клименту с письмом, где повторял уже знакомые нам обвинения против Общества Иисуса и уведомлял Святой престол, что отныне изгоняет иезуитов из Португалии. Напрасно папа протестовал. Вскоре его нунций также подвергся изгнанию, и дипломатические отношения с Португалией прервались — примерно на тридцать лет.
Затем, если можно так выразиться, антииезуитская лихорадка перекинулась во Францию. В течение прошедших пятидесяти лет Франция Вольтера и Руссо, Дидро и его «Энциклопедии» являлась центром антирелигиозного мышления в Европе. «До тех пор, пока в мире живут мошенники и простецы, — писал Вольтер Фридриху Великому, — в нем будет существовать и религия. И не может быть никакого сомнения в том, что наша вера — самая смехотворная, абсурдная и кровавая из всех, что, подобно заразе, распространялись когда бы то ни было по земле». Папство презиралось, иезуиты же являлись самыми ярыми его защитниками. Кроме того, в их руках фактически находилось все образование; Общество Иисуса, по мнению отличавшихся свободомыслием французских философов, было главным оплотом реакции и обскурантизма. Неудивительно, что действия Помбала против него получили полное одобрение у многих французов. Коротко говоря, Франция представляла собой пороховую бочку, и, по иронии истории, фитиль ее зажег не кто иной, как иезуит — отец Антуан Лавалетт.
Отец Лавалетт был прокуратором миссии ордена на Мартинике, которая в 1753 году приобрела статус апостольской префектуры, то есть управления всеми поселениями иезуитов в Вест-Индии. Он, однако, был не только священником, но и деловым человеком и владел обширной плантацией на близлежащем острове Доминика, где трудилось примерно 500 рабов; продукцию он отсылал во Францию. Все было бы хорошо, если бы не Семилетняя война (1756-1763), в которой Британия и Франция сражались друг с другом. Англичане захватили неподалеку от Бордо два судна с ценным грузом, принадлежавшим Лавалетту, и французская торговля понесла ущерб в 1 500 000 ливров. Парижский парламент возложил ответственность за случившееся на Общество Иисуса, а затем объявил, что все его имущество подлежит конфискации, а самим иезуитам запрещено учить и принимать послушников в свой орден, пока его устав не пройдет тщательную проверку. Французское правительство посоветовало передать управление орденом викарию-генералу, независимому от Рима; папа тут же наложил вето, молвив: «Пусть остаются как есть — или пусть их не будет вообще». (По-латыни это звучало куда более веско: «Sint ut sunt aut поп sint».)[284] Французы выбрали второе, и 1 декабря 1764 года вышел королевский указ, согласно которому Общество упразднялось, а иезуиты изгонялись из Франции.