Эсхатология Оригена, как и многие другие аспекты его мысли, привлекала к себе как благосклонное, так и неблагосклонное внимание со стороны многих христианских писателей второй половины IV в. Евагрий Понтийский в силу характерной для него тенденции к систематизации и обострению мысли Оригена, вновь подтвердил циклическую концепцию человеческой истории великого Александрийца, разделив с ним убежденность в том, что в конце концов все духовные сущности будут очищены от материи и соединятся с Богом такими, какими они были до порождения мироздания. Григорий Нисский открыто опровергает теорию предсуществования душ и настаивает на полном и единовременном сотворении человеческого рода ex nihilo. Он твердо верует в конечное восстановление всех духовных сущностей — и даже дьявола, основывая свою уверенность на аргументе, который находится в очевидной связи с полемикой против манихейства, а именно, что зло, получив свое начало от свободной воли человека, не есть сущность, а значит не может длиться вечно. Однако восстановление, даруемое таким спасением, не является возвращением к некоему бестелесному состоянию, но это восстановление того ангельского состояния целостности, которое Адам и который ввел решительное различение между двумя этапами философского становления Иоанна Филопона, назвав их условно Филопон I и Филопон II. По мнению К. Веррикена, если для Филопона I характерно представление об идеях как прообразах в уме Творца (и здесь якобы прослеживается следование Аристотелю и Аммонию), то Филопон II рассматривает идеи как сущности (и здесь он якобы переходит на позиции Платона и расходится с Аммонием). Однако эта интерпретация представляется неверной ввиду того, что в школе Аммония, как это показал JI. Бенакис в своей статье, посвященной учению об универсалиях в Византии (L.G. Benakis, “Τό πρόβλημα των γενικών έννοιών και ό έννοιολογικός ρεαλισμός των Βυζαντινών”, Texts and Studies on Byzantine Philosophy, Athens: «Παρουσία», 2002, 107–137), постулировалось онтологическое превосходство умопостигаемого над чувственным: общие сущности, понимаемые платониками как идеи Бога, считались творческими причинами конкретных вещей, а значит, в иерархии бытия имели преимущество, т. е. обладали большим существованием, нежели частные сущности. Более того, идеи рассматривались не просто в качестве мыслей Бога (демиурга), но всегда в качестве умных сущностей, обращаясь к которым как к архетипическим образцам, Бог творит здешний мир. К этой же традиции принадлежал и Филопон, хотя его представление об идеях не могло не испытать христианского влияния, в рамках которого был отвергнут самостоятельный и парадигматический характер идей. Тем не менее две части, которые противопоставляются в интерпретации Веррикена (и Морескини), следует считать взаимодополняющими (в том, что Филопон разделял вышеописанную точку зрения Александрийской школы, и в ранний, и в поздний период своего творчества, даже если учитывать хронологию Веррикена, можно убедиться из следующих текстов: In Cat. 50, 1 — 14; 58, 13—23; ар. Simpl. In De Caelo 135, 21–136, l;InAn. Post. 242,26–243, 25; In DeAnima 37, 18–31; 56, 19–34; 63, 4—14; 74, 13—16 etc.). Ева познали в Раю. Наказание за грех, согласно Григорию Нисскому, имеет педагогическое значение и может быть «вечным» только в относительном смысле, то есть до тех пор, пока Бог не очистит душу от грязи страстей и не даст вновь проявиться её исходной невинности и её исходной красоте. В Византийскую эпоху эти концепции подверглись мощной критике, что видно из великого множества схолий, сохранившихся в рукописях, содержащих «О душе и воскресении», — то есть то произведение, в котором Григорий Нисский излагает свои концепции касательно апокатастасиса.
В 543 г. император Юстиниан издал эдикт против Оригена и его доктрин, в котором, среди прочего, был предан анафеме тот тезис, согласно которому «наказание демонов и осужденных ограничено во времени и будет иметь предел в будущем, или будет иметь место восстановление демонов и осужденных». Данная анафема входит в число 15 анафематизмов против учений Оригена, провозглашенных на соборе 553 г., хотя на этом соборе осуждалось, прежде всего, учение о предсуществовании душ.