Это не помешало Екатерине II снова самовольно организовать католическую иерархию на территории Польши, отошедшей в результате разделов к России, и создать там три епископства. Желая разорвать или, по крайней мере, ослабить их отношения с Римом, она подчинила их департаменту по делам католической церкви, который император Александр I в 1801 году реорганизовал в римско-католическую духовную коллегию. Она состояла из архиепископа Могилевского в качестве председателя, одного епископа и одного назначаемого инфулата5, а также из шести асессоров, избиравшихся капитулами каждые три года.
Коллегия являлась судебным и одновременно высшим органом церковной администрации. Стоя над епископами, она выступала послушным проводником воли императора и его правительства. Поэтому Александр I прилагал все усилия, чтобы добиться передачи закрепленных за папой прав председательствовавшему в коллегии архиепископу, с чем Рим, однако, не согласился и вовсе не признал эту коллегию. Тем не менее в 1804 году подобная коллегия была создана и для униатской церкви, над которой вообще висел дамоклов меч.
Не лучшие времена переживала католическая церковь и в Австрии. Еще Мария Терезия ввела placetum regium, а глубоко проникнутый просвещенным абсолютизмом Иосиф II, сломав церковную автономию и произвольно проведя реформу церкви, изъял церковные поместья в религиозный фонд, начав распоряжаться его доходами. Он учреждал духовные семинарии, сносил монастыри и даже вмешивался в церковные литургии. В результате духовенство становилось отдельной чиновничьей ветвью, послушной правительству.
Аналогичную позицию по отношению к церкви заняли правители Пруссии, хотя они и не вмешивались в ее внутренние дела. Тем не менее некоторые их взгляды на церковь обошлись слишком дорого. Не случайно через несколько недель после последнего раздела Польши, а именно 15 декабря 1795 года, папа Пий VI в отдельном послании архиепископу Гнезненскому призвал польских епископов привить своим верующим важнейший принцип католической религии, заключающийся в послушании властям.
Не сказав ни слова об исторических заслугах польского народа по отношению к церкви, папа коснулся лишь вреда, который поляки нанесли вере похищением короля (Станислава Августа)6, и беззаконий, совершенных епископами во время последнего восстания, а затем призвал епископов внушать народу необходимость соблюдения «долга верности, послушания и любви к панам и королям». И делать это «тем больше, охотнее и прилежнее тогда, когда их к этому обязывает сама полная человечности и справедливости благодарность, каковую им надлежит выказывать своему королю» (Фридриху Вильгельму II). Огласив это послание папы, архиепископ Игнацы Красицкий от себя добавил следующее предостережение из послания святого Павла к римлянам: «Властитель – слуга Божий, который трудится на твое благо. Если же ты творишь зло, то бойся, ибо он не без причины носит меч. В его власти наказать тебя, и он воспользуется этой властью, потому что служит Богу, наказывая творящих зло».
Утратив опору не только в прежних политических учреждениях, но и в автономии своей церкви, польская шляхта оказалась под давлением тяжелого бремени. Над ней нависла угроза конфискации ее имущества. Ведь разделы Польши и изъятие поместий польских королей пробудили алчность российской военной и чиновничьей олигархии, которая после подавления каждого сопротивления поляков только возрастала. В результате не только польские староства, но и поместья тех, кто принял участие в восстании или сбежал за границу, а также тех, кто отказался приносить присягу на верность, Екатерина II конфисковывала и отдавала своим генералам, чтобы укрепить российский элемент в польских землях и облегчить соединение братскими узами обеих народов. При этом угроза конфискации нависла прежде всего над теми магнатами, которые в отношении трактатов о разделах заняли позицию лиц, обладающих двумя гражданствами. Поэтому 26 января 1797 года между странами, участвовавшими в разделах, был подписан дополнительный договор (о котором еще будет сказано несколько позже), по которому таким вельможам предписывалось выбрать себе подданство в одной из частей Польши, отошедшей к тому или иному государству, а имущество в других частях продать (без сомнения, за бесценок).