Ему не разрешили жить в Москве, и только в 1965 году он переехал в столицу по разрешению Л.И.Брежнева. В ноябре 1988 года он скончался и был тихо, без огласки похоронен.
Наиболее громким и серьезным вскоре после смерти Сталина было дело, связанное с Лаврентием Берией. Инициатором его был Н.С.Хрущев. Еще до смерти Сталина Хрущев, судя по его мемуарам, начал готовить почву среди членов Президиума по ликвидации и устранению Берии. Он боялся его и считал опасным для партии и Советского государства человеком, занимавшим весьма ключевое положение в системе органов госбезопасности.
Хрущев не сомневался, что Берия ждал смерти Сталина, был заинтересован в ней и что после Сталина начнет убирать их всех по одиночке в целях захвата власти в партии и стране. По мнению Хрущева, прошлое Берии, связанное с Закавказьем в годы гражданской войны, деятельностью на руководящих постах в Тбилиси и в Москве, говорило о том, что в осуществлении задуманных им планов он не остановится ни перед чем. Он был всесильным и могучим, его боялись все без исключения высокие советские деятели. Вдобавок он был весьма неприятным человеком и большим хамом, хотя и неплохим организатором, о чем до сих пор помнят бывшие работники Совмина.
По полученным Хрущевым от И.А.Серова, заместителя министра госбезопасности, и С.Круглова, министра внутренних дел, данным, которые весьма сомнительны, Берия направил органам госбезопасности на местах директиву о переходе на режим боевой готовности. Они доложили Хрущеву оперативный план вооруженного путча, назвали имена заговорщиков. По их мнению, Берия готовил почву для смены высшего руководства, рассчитывая на помощь в этом Маленкова.
В это время заметно проявлялась дружба Берии и Маленкова. В свою орбиту они все больше втягивали Хрущева, приглашая на прогулки и интимные беседы. Начало расти влияние и Хрущева в партии, что, по-видимому, и послужило толчком к его активным действиям против Берии.
Тайно Хрущев провел беседы со всеми членами Президиума и заручился их поддержкой. Некоторые из них сначала не соглашались с инициативой Хрущева, как, например, Маленков, Ворошилов, Микоян. С Маленковым беседы проводились дважды. Все подготовительные мероприятия велись в отсутствие Берии, когда он находился в Берлине и наводил там порядок в связи с волнениями, послужившими причиной ввода туда советских войск. Берия тогда успешно справился со своей миссией и вернулся из Берлина, как говорят, на коне.
По намеченному плану арест Берии был приурочен к расширенному заседанию Президиума Совета Министров СССР, назначенному на 26 июля 1953 года. В это время предусматривалось поднять по тревоге военные академии и подтянуть к Москве особо надежные воинские соединения. Намечалось также блокировать дивизию МВД под Москвой и отдельный полк внутренних войск в Хамовниках.
Была подготовлена группа военных во главе с Маршалом Советского Союза Г.К.Жуковым, в которую входили ряд маршалов, генерал армии К.И.Москаленко, первый заместитель командующего войсками ПВО генерал П.Ф.Батицкий, начальник штаба МВО генерал А.И.Баксов, начальник политуправления войск МВО полковник И.Г.Зуб и другие.
Все они прибыли в Кремль в ходе заседания Президиума и разместились в соседней комнате с приемной зала заседаний Президиума Совмина. По условному сигналу Хрущева военные должны были войти в зал заседаний и арестовать Берию. Все они были вооружены, генерал Батицкий даже трофейным немецким “парабеллумом”, а Москаленко — “Вальтером”. Не забыл взять на всякий случай на это заседание свой пистолет и сам Хрущев. Все члены Президиума и военные были в ожидании сверхъестественного события, находились в величайшей степени напряжения.
Единственным человеком, который был беспечен и крайне спокоен, — это был Берия. Он пришел на заседание последним, тихо занял свое место и спросил о том, какие вопросы предстоит решать на нем. Он был просто одет, без галстука, имел при себе портфель. Никакого оружия у него не было, и по всему было видно, что он и не предполагал о нависшей над ним угрозе ареста.
На вопрос Берии о повестке дня Хрущев ответил: “Вопрос стоит о Лаврентии Берии”. По этому поводу Маленков сделал краткое сообщение, после чего Хрущев дал условный сигнал военным. Они вошли, встали сзади Берии, затем обыскали его, вывели из зала заседаний и доставили в комендатуру г. Москвы. Во время объявления Берии обвинения в качестве английского агента и врага советского народа он, опустив голову, внимательно слушал и что-то писал на листке бумаги. После по-разному говорили об этом факте. Одни уверяли, что он более десятка раз написал только одно слово “тревога”. По другим источникам, Берия в это время рисовал чертиков и ничего больше.
Особенно активно вел себя при аресте К.С.Москаленко, которого только что назначили командующим Московским военным округом. Он отдавал все распоряжения, хотя старшим являлся маршал Жуков. После Москаленко вел себя грубо, высокомерно по отношению к министру внутренних дел Круглову и замминистра госбезопасности Серову, прибывшим на следующий день для проведения следствия. Он не допустил их к Берии и выпроводил с территории военной комендатуры.
Берия был переведен в штаб Московского военного округа, где следствие по его делу проводил Генеральный прокурор Р.А.Руденко. В ходе следствия Берия ни в чем себя виновным не признавал, соглашался с выдвинутыми против него обвинениями только под тяжестью улик. Следствие длилось полгода. Вместе с Берией по делу проходили его ближайшие сподручные: В.Деканозов, В.Меркулов, Б.Кабулов, С.Гоглидзе, Л.Владзимирский, П.Мешик.
В это время Берия дважды обращался к Маленкову с записками, но они попадали к Хрущеву. Берия не желал слушать обвинительного заключения под тем предлогом, что его арестовали случайные люди, и он настаивал, чтобы его выслушали члены Президиума ЦК КПСС. Это послужило причиной применения против него Генеральным прокурором Руденко строгих санкций, после чего Берия вынужден был выслушать обвинение.
Суд над Берией состоялся с 18 по 23 декабря 1953 года и проходил при закрытых дверях в штабе Московского военного округа. Председателем Специального судебного присутствия Президиума Верховного Совета СССР был Маршал Советского Союза И.С.Конев, государственным обвинителем — Генеральный прокурор СССР Р.А.Руденко. Бросается в глаза, что арест, следствие и судебный процесс над Берией осуществляли в основном люди украинской национальности или долгие годы работавшие с Хрущевым.
Берия и его сподручные были приговорены к расстрелу. Приговор над Берией был приведен в исполнение в бункере штаба МВО, где и проходил суд. С него сняли гимнастерку, скрутили ему руки и привязали к крюку. Главный обвинитель Руденко зачитал приговор. Не дав сказать Берии ни единого слова, генерал Батицкий расстрелял его из немецкого “парабеллума” в присутствии маршала И.С.Конева и арестовавших его военных. В то же время на Лубянке были расстреляны шесть других сподвижников Берии.
Спустя некоторое время с материалами следствия, обвинения и приговора знакомили коммунистов в первичных парторганизациях. Все единогласно поддержали и одобрили решение советского руководства об аресте Берии и суде над ним как над врагом народа. Однако при этом многие заметили, что в материалах резко выделялись моменты, связанные с насилованием и половыми сношениями Берии с женщинами и слишком слабо выглядела его работа на английскую разведку. Даже по “ленинградскому делу” Берия стоял в тени, по-видимому умно переложив в свое время всю ответственность на тогдашнего министра госбезопасности Абакумова. Чувствовалось, что у следствия не было против него достаточных улик в государственных преступлениях, а больше подчеркивалась аморальная сторона его поведения. Приводились списки женщин, которых Берия насиловал, описывались методы и средства, которые он применял для этих целей. Многие коммунисты, хотя и питали ненависть к Берии, все же в то время делали вывод, что арест, следствие и суд над ним были поспешными, не принесли нужных результатов, так как были доверены неопытным в этих делах людям.