Существовали еще так называемые негласные военные агенты. Их направляли в те пункты, куда нельзя было назначить официальных военных атташе. При этом прибегали к помощи Министерства иностранных дел, которое назначало фиктивно выходящих в отставку офицеров на должности консулов и вице-консулов. Главные и негласные военные агенты стали костяком военной разведки. Вместе с тем дипломатическая разведка не утратила полностью своего значения и продолжала в меру сил собирать информацию, которую Министерство иностранных дел передавало потом в распоряжение военного ведомства.
Кроме того, разведкой занималось морское министерство при помощи морских атташе (появившихся примерно в то же время, что и военные агенты) и даже Министерство финансов через посредство своих представителей за рубежом. Так же как и МИД, они работали в тесном контакте с военным ведомством и делились с ним добываемой информацией.
В течение XIX века общее руководство военной разведкой постепенно переходило из рук армейского командования в генерал-квартирмейстерскую часть военного министерства, которая выполняла функции современного Генерального штаба. Ко второй половине столетия окончательно сложилась система организации русской агентурной разведки. Ее схематическое изображение чем-то напоминало осьминога. Во главе – мозговой центр в лице генерал-квартирмейстера. От него расходились щупальца к штабам военных округов и к военным агентам за рубежом, от которых, в свою очередь, тянулись нити тайной агентуры.
Кроме использования военных агентов, по-прежнему широко применялись официальные и секретные командировки офицеров за границу. В первом случае офицеры официально отправлялись на маневры иностранных армий, в различные международные комиссии, делегации, для изучения иностранных языков и тому подобное. Им рекомендовалось вести работу легальными способами и, во избежание международных скандалов, не пользоваться услугами тайных агентов. Поэтому всегда оставались области, куда могли заглянуть лишь тайным образом – командируемые с секретными поручениями офицеры и тайные агенты.
Накануне русско-турецкой войны 1877-1878 годов в Болгарию были посланы полковники Артамонов и Бобриков, перед которыми стояла задача изучить переправы через Дунай и возможные маршруты движения войск на Тырново – Габрово – Адрианополь.
В начале 80-х годов XIX века, накануне окончательного присоединения Средней Азии к России, офицеры Генерального штаба под видом путешественников досконально исследовали пути из Ашхабада в Афганистан, Хоросан, Мерв, Хиву и Бухару.
Работа офицеров, отправлявшихся в секретные командировки, была сопряжена с огромным риском. В отличие от военных агентов они не пользовались правом дипломатической неприкосновенности, и в случае разоблачения их ожидало суровое наказание.
Таким образом, сотрудников тайной военной разведки в XIX веке можно условно разделить на следующие категории: генерал-квартирмейстеры и офицеры генерал-квартирмейстерской части (Генерального штаба) военного министерства, генерал-квартирмейстеры и находящиеся в их распоряжении офицеры военных округов, гласные и негласные военные агенты за рубежом, конфиденты, агенты-ходоки. К последним следует отнести офицеров Генерального штаба, отправляемых с секретной миссией за границу, и лазутчиков, засылаемых в тыл противнику во время войны. (В XIX веке, ввиду роста культуры и уровня образования, лазутчиками уже могли быть не обязательно офицеры.)
В конце XIX – начале XX века серьезно обострилась политическая обстановка, резкий качественный скачок произошел в вооруженных силах соперничающих с Россией государств. В новых условиях стали необходимы более четкая и надежная организация работы органов военной разведки, лучшее их финансирование и тщательный подбор кадров. Однако ничего подобного в России не произошло! Формально главным координационным центром органов военной разведки до 1903 года являлся Военно-ученый комитет, а затем 7-е отделение управления 2-го генерал-квартирмейстера Главного штаба. Теоретически они осуществляли общее руководство и направляли по единому руслу деятельность всех разведывательных органов. На практике же разведка велась бессистемно, при отсутствии общей программы. В штабах военных округов наблюдался определенный сепаратизм, и они не всегда считали необходимым делиться с Главным штабом добытой информацией. Помимо этого, в мирное время военные округа вообще не имели специальных разведывательных органов. Разведывательные отделения формировались только на время войны из личного состава отчетных отделений. Крайне отрицательно сказывался на состоянии разведслужбы недостаток финансовых ассигнований. (Как известно, с 90-х годов XIX века по инициативе министра финансов С. Ю. Витте, были резко сокращены все военные расходы.) Необычайно остро стояла кадровая проблема. Офицеры, занимавшиеся организацией агентурной разведки, не получали никакой специальной подготовки в данной области. Результаты не замедлили сказаться. В 1904 году началась война с Японией, ставшая настоящей катастрофой для русских спецслужб! В ней, как в зеркале, отразились все недостатки военной разведки Российской империи, тем более что в дальневосточном регионе они имели наиболее тяжелый характер.