Дело в том, что японцев, которых еще Александр III называл «обезьянами, играющими в европейцев», не считали серьезным противником. Поэтому военное ведомство не желало тратить большие средства на разведку в Японии и вообще не придавало ей здесь особого значения.
Наши военные агенты не знали японского языка, не имели своих надежных переводчиков, а их начальство не выделяло никаких средств для создания в Японии сети тайной агентуры. В результате в 1904 году Россия оказалась полностью дезориентированной в отношении сил и планов противника, что роковым образом отразилось на подготовке к войне.
Более того, в мирное время Генеральный штаб не разработал никакой системы организации тайной агентуры в специфических условиях Дальневосточного региона. (Лишь к концу войны русское командование, по примеру японцев, предприняло попытку создания спецшкол для подготовки разведчиков из числа местных жителей, однако особого успеха не добилось.) А в начале боевых действий недостаток финансирования вынудил русское командование отказаться от массовой вербовки агентов из представителей китайской буржуазии и крупных чиновников, которые зачастую сами навязывались со своими услугами.
Подавляющее большинство лазутчиков набирались из простых китайских крестьян, которые по причине низкого культурного уровня мало подходили для выполнения разведывательных заданий. В конечном счете наспех подобранная и неподготовленная агентура не принесла существенной отдачи. Один из современников писал по данному поводу: «… все походило на то, как будто мы, зная, что серьезные люди без тайной разведки войны не ведут, завели ее у себя больше для очистки совести, чем для надобности дела, вследствие этого она играла у нас роль той же «приличной обстановки», какую играет роскошный рояль, поставленный в квартире человека, не имеющего понятия о клавишах».
Война с Японией стала жестоким уроком для руководства военного ведомства России и поворотным пунктом в истории русской разведки и контрразведки. Развернувшаяся вскоре после войны военная реформа не обошла их стороной. В 1905 году вербовкой агентуры и контролем за ее работой начало заниматься особое (или разведывательное) делопроизводство Главного управления Генерального штаба. Обработкой же и систематизацией получаемой информации ведало специальное статистическое делопроизводство.
В 1906 году при штабах военных округов создаются разведывательные отделения, независимые от отчетных. «Деятельность разведывательных отделений должна заключаться в сборе и обработке сведений о вероятном противнике, а также в выборе и подготовке лиц, не принадлежащих к составу армии, которые могли бы во время военных действий быть разведчиками как на неприятельской территории, так и в наших пределах», – инструктировал командующих военными округами начальник Главного управления Генерального штаба генерал-лейтенант Ф. Ф. Палицын.
Наметились определенные улучшения в подготовке агентуры, причем в первую очередь на Дальнем Востоке. В начале 1906 года в Приамурском военном округе была организована школа разведчиков, готовящая кадры тайных агентов из числа китайцев. В Николаевской академии Генерального штаба введен курс лекций по истории и теории военного шпионажа, который читал генерал-майор В. Н. Клембовский.
В Главном управлении Генерального штаба разработали единую программу развития разведывательной службы в стране. В ней четко определялись задачи разведывательных отделений военных округов, в функции которых входило детальное изучение конкретных иностранных государств. Главное управление объединяло их деятельность и дополняло ее сведениями своей агентуры, разбросанной по различным странам.