Новое назначение Амит не рассматривал как подарок судьбы. Он был первым «варягом», ставшим директором «Моссада», и оказался в довольно невыгодном положении по сравнению со своим предшественником, который на протяжении 12 лет формировал «Моссад» и «Шин Бет» в соответствии со своими собственными представлениями. Большинство работников не хотели и не могли забыть Харела. Они считали «мемунеха» легендой своего времени и патриархом тайного сообщества.
Когда Амит первый раз появился в штаб-квартире «Моссада», недалеко от прежнего места службы, его встретили очень холодно. В отличие от своих новых подчиненных Амит был в военной форме, причем в генеральской. Первым его встретил Харел, «кислый, как лимон». Уходящий шеф «Моссада» произнес несколько дежурных слов, затем поднялся и ушел, а его три секретарши горько зарыдали.
На следующий день, 27 марта 1963 г., на стол нового начальника «Моссада» легла только что полученная шифровка. В ней выражалась обеспокоенность по поводу ухода Харела и содержался призыв «принять все возможные меры для его возвращения». Шифровка была подписана главными представителями «Моссада» в Европе, но под ней стояли не имена, а псевдонимы, и Амиту пришлось выяснять у своих помощников, что ее подписали ветеран марокканской операции Шмуель Толедано, резидентов Париже Ицхак Шамир, а также Мордехай Алмог и Йозеф (Джо) Раанан.
Толедаио и его коллеги взвешивали возможность коллективного ухода в отставку, но ограничились резкой телеграммой. Этот протест был гораздо мягче «бунта шпионов», который имел место 22 года назад, когда проводилась реорганизация политического департамента министерства иностранных дел. И все же Меир Амит пошел на этот трудный старт в атмосфере всеобщей озлобленности.
Амит не испытывал симпатий к авторам коллективных петиций. Он происходил из другой среды, где строгое соблюдение военной дисциплины было законом. Если командир выбывает из строя или покидает поле боя, его можно и нужно заменить.
Новый шеф «Моссада» сразу обозначил свое кредо: «Мне не нравится ваше поведение, — писал он, — я не привык к коллективным протестам».
Накопившаяся напряженность и даже враждебность между спецслужбами подтолкнула Амита к проведению, расследования операций Харела против немецких ученых в Египте. Кабинет министров создал специальную комиссию, и перед выступлением на комиссии Харел получил доступ к досье «Моссада». Этот конфликт стилей и личностей так никогда и не получил своего разрешения. Даже спустя несколько десятилетий Амит и Шамир, ставший к тому времени премьер-министром, не могли сказать ни одного доброго слова друг о друге. Амит и Джо Раанан не скрывали своей враждебности еще с 1970-х годов, когда оба возглавляли экономические конгломераты. Однако самая сильная неприязнь существовала между Амитом и Харелом, которая с годами, как старое вино, только набирала силу.
В 1963 году Амит, однако, съездил в Париж для примирения со своими европейскими оперативниками. Он также сделал одного из протеже Харела, Якова Кароза, своим заместителем. Кароз, возглавлявший политическое направление и отвечавший за связи с иностранными партнерами, служил в агентстве с самого его основания как один из «альтернативных дипломатов». Он принял предложение Амита, чем немного успокоил рьяных приверженцев Харела.
Перемены в израильском правительстве также способствовали снижению напряженности. В июне 1963 года, спустя всего три месяца после того, как Бен-Гурион отправил Харела в отставку, сам «Старик» оставил пост премьера. Он устал от внутренней борьбы в партии «Мапай» вокруг «дела Лавона». Провалы израильской разведки в Египте подтачивали его политическую базу и в конце концов спустя 9 лет после провала самой шпионской сети опрокинули его.
Бен-Гурион ушел в отставку, чтобы основать новую центристскую партию под названием «Рафи», которую поддержали Моше Даян и Шимон Перес. Партия «Мапай», все еще обладавшая большинством в кнессете, избрала своим лидером Леви Эшкола.
Эшкол проявлял большой интерес к разведке. Он был буквально заворожен работой «Моссада». Время от времени он высказывал благодарность агентам Амита. В свою очередь Амит позаботился о том, чтобы Эшкол, бывший в то время министром финансов и знавший все финансовые пружины, увеличил бюджет «Моссада». Это позволило Амиту принять на работу некоторых своих прежних соратников и ускорить реформу секретной службы.
Амит продолжал занимать две должности и вплоть до декабря 1963 года попеременно работал в штаб-квартирах «Моссада» и «Амана». Этот переходный период он использовал для структурной реорганизации «Моссада». Высокопрофессиональное, но скомпрометированное «делом Лавона» «подразделение 131» было, передано в состав «Моссада» для усиления существовавших там двух небольших оперативных подразделений. Эти подразделения выполняли двоякую миссию: они обеспечивали зарубежные поездки Харела и добывали через своих агентов разведывательную информацию в арабских странах. Ицхак Шамир, возглавлявший европейский отдел «Моссада», был не согласен с этим слиянием и подал в отставку.
Фактически через два года после того, как четверо европейских высокопоставленных представителей «Моссада» направили телеграмму протеста Амиту, все они ушли из разведки. Они знали, что им не простят этого шага и шансов на дальнейшее продвижение по службе у них нет. Толедано после ухода из «Моссада» признался, что у него была мечта возглавить эту службу, однако ему пришлось довольствоваться постом советника Эшкола по арабским проблемам. Для Толедано, свободно владевшего арабским языком, это была вполне подходящая работа, но она уже не имела ничего общего с разведкой.
Что же касается Шамира, то ему очень трудно давался переход от подпольной работы, которой он занимался еще до создания израильского государства, к мирной жизни. Еще в то время, когда он возглавлял «банду “Штерн”», которая вела борьбу с англичанами и арабами, а также в период своих продолжительных командировок по линии «Моссада» в Европе, Шамир привык относиться ко всему с подозрением, вести аскетический образ жизни и работать с большим напряжением.
«Шамир был интровертом, исключительно преданным своему делу и очень трудолюбивым», — вспоминал один из его коллег в «Моссаде». Он самостоятельно выучил французский язык. На него всегда можно было положиться, но он никогда не высказывал каких-то блестящих идей. Целый день Шамир проводил на работе и поздно вечером возвращался к своей семье — жене Шуламит и двоим детям. Дочь Шамира Гилада тоже работала в разведке, а сын Яир был полковником ВВС.
После ухода из «Моссада» Шамир открыл собственное дело, но его фабрика прогорела. Ему не оставалось ничего, как в довольно почтенном возрасте 52 лет пойти в политику. Этот невзрачный человек, всегда привыкший держаться в тени, должен был стать публичным деятелем. Даже освоив искусство политика и став премьер-министром, Шамир всегда с теплотой вспоминал напряженную и полную драматизма работу в разведке. «Мои дни в “Моссаде” были счастливейшим периодом жизни. Никакая политика и даже пост премьера не могут с этим сравниться», — вспоминал Шамир.
На замену ушедшим оперативникам Амит привел своих людей. Многие пришли из «Амана», включая руководителя информационного отдела военной разведки Рехавья Варди. Амит также добился повышения в воинских званиях израильских военных атташе, некоторые из них стали одновременно резидентами «Моссада».
Новый шеф «Моссада» хотел превратить эту организацию в мощную и современную разведывательную службу, которая должна была фокусироваться на том, что Амир считал главным: сбор военной и политической информации по арабским странам. Он считал, что «Моссад» не должен втягиваться в проведение операций, не имевших отношения к этому процессу. Под влиянием полученного им в США образования в области экономики и менеджмента он стремился внедрять в «Моссад» стиль работы, характерный для американских корпораций.
Амит перенес штаб-квартиру «Моссада» в современное здание в центре Тель-Авива, где у него был шикарный кабинет в американском стиле, отделанный деревом и обставленный модной мебелью.
Некоторых ветеранов «Моссада» эта роскошь, которой всегда избегал Харел, приводила в ярость. Им больше нравился старый скромный кабинет директора разведки. Диссиденты в среде «Моссада» стали распространять слухи, подобные тем, которые привели к отставке Ашера Бен-Натана и роспуску политического департамента. Они намекали на то, что Амит транжирил деньги и даже подкармливал некоторых своих коррумпированных подчиненных. Рассказывали, что высокопоставленные чиновники «Моссада» останавливались в лучших отелях и питались в самых дорогих ресторанах мира.