С этого времени буддийская церковь перестала играть в Японии роль самостоятельной политической силы. В новых условиях она еще более верно служила властвовавшим над народными массами феодалам клана Токугава, захватившим сёгунатство в 1603 г. и удерживавшим его до переворота Мэйдзи в 1868 г. Со своей стороны сёгуны понимали, какое важное место может занимать буддизм и его духовенство в той системе классового угнетения, которую представляло собой японское феодальное общество. Они обеспечили ему это место законодательными мероприятиями.
Синтоизм был для сёгунов несколько менее приемлем, поскольку был тесно связан с культом императоров. Но о запрещении или вытеснении синтоизма не могло быть и речи, ибо это было бы связано с сильными социальными потрясениями. Целесообразнее была избранная сёгунами тактика соединения синтоизма и буддизма при гегемонии последнего. Строились храмы синто-буддистского назначения, священники тоже облекались двойственными полномочиями. Официальным статусом объединенной церкви оставался все же буддизм.
Положение буддийской церкви в стране было зафиксировано специальными узаконениями токугавских сёгунов 49. В соответствии с ними каждый японец был прикреплен по месту жительства к определенному буддийскому приходу, причем не имела значения принадлежность храма и верующего к той или иной из сект. Государственное положение гражданина оформлялось документом, который выдавался ему приходским храмом. Посещение храма по определенным праздникам было обязательным. Вся повседневная жизнь человека находилась под контролем приходского священника: без его позволения человек не мог вступить в брак, отправляться в путешествие и т. д. Неподчинение священнику или другое нарушение религиозной дисциплины могло повлечь за собой отбор документа, что ставило человека в тяжелое положение.
Таким образом, буддийская церковь превратилась в важную часть государственного аппарата Японии. Это была в полном смысле слова духовная полиция, при помощи которой сёгунат держал под контролем не только жизнь и деятельность подданных, но и их мысли.
К этому времени в Японию стали проникать европейцы, пытавшиеся вести проповедь христианства. Одновременно с официальным узаконением буддизма был издан указ о запрещении христианства в стране, что было мероприятием не столько религиозного, сколько общеполитического государственного значения: правители Японии ставили преграду проникновению в страну европейских влияний.
Формально все же государственной религией в Японии признавалось конфуцианство. Феодальным властям Японии больше импонировало политическое, чем религиозное, содержание этого учения. По существу конфуцианство так и осталось в Японии политическим и этическим учением, религиозные же потребности верующих удовлетворялись буддизмом и подчинившимся ему синтоизмом, что целиком соответствовало интересам японского феодализма, на протяжении столетий воплощенного политически в форме сёгуната.
В XIX в., когда в условиях постепенного развития буржуазных отношений сёгунат стал приходить в упадок, поколебалось и положение буддийской церкви. В ряде провинций господствовавшие в них оппозиционные по отношению к сёгунам князья стали предпринимать антибуддийские действия, ориентируясь на реставрацию синтоизма как самостоятельной религии, которую можно было бы объявить государственной. Так, в 1843 г. князь провинции Мито ликвидировал на своей территории 190 буддийских храмов и приказал перелить на пушки их колокола; тут же были запрещены некоторые буддийские обряды, в том числе похоронные, вместо них предлагалось прибегать к синтоистскому ритуалу. Были приняты меры к консолидации синтоистского духовенства, и преимущественно его антибуддистских элементов. Революция Мэйдзи (1868), уничтожившая сёгунат и установившая в Японии самодержавие микадо, имела одним из своих последствий преследование буддийской религии и духовенства.