Огромное внимание Григорий I уделял Патримонию святого Петра. Патримоний св. Петра – это историческое название собственности (прежде всего земельных владений), принадлежащей Римской Церкви. Его название восходит к получившему распространение в поздней Римской империи термину «patrimonium principis» («имущество принцепса», то есть императора), обозначавшему весь комплекс общественной собственности, находившейся в распоряжении императора. По аналогии Патримонием св. Петра стали называть всю собственность Римской Церкви, принадлежавшую, в соответствии с представлениями того времени, основателю этой Церкви, князю апостолов (princeps apostolorum) святому Петру, преемники которого, Римские Папы, считались только управляющими этой собственностью.
Начало формирования Патримония св. Петра восходит к первой половине IV века, когда Римская Церковь получила реальные дарения от императора Константина I, которые не следует путать с мифическим «Даром Константина», подложным документом, составленном в IX веке. А также дарения от частных лиц, в том числе от самих Римских Пап, так как человек, избранный Папой, все свое имущество передавал Римской Церкви. Григорий I сформировал четкую структуру Патримония св. Петра, превратив его в эффективное и высокорентабельное хозяйство. Патримоний св. Петра был разделен по территориальному принципу на отдельные патримонии. Согласно каталогу начала VII века, в самой Италии насчитывалось 14 патримониев. Вне Италии было еще четыре патримония: два в Далмации и Иллирике, один в Южной Галлии (владения в окрестностях Арелата, современный Арль, и Массилии, современный Марсель); один в Северной Африке, в состав которого входили владения около Гиппона (Ruggini, 1995, p. 238–261, 481–485).
Во главе каждого патримония стоял ректор, который назначался Папой из числа диаконов или субдиаконов. Патримонии делились на «массы» (massae [fundorum]), то есть отдельные земельные поместья, во главе массы стоял «кондуктор» (conductor), подчинявшийся ректору патримония. В состав массы входило несколько «фундов» (fundus – отдельное хозяйство). Координацию централизованного управления в Риме осуществлял «диспенсатор» (dispensator Ecclesiae). Наряду с этими постоянными должностными лицами Григорий I ввел также должности «дефенсора» (defensor) и «респонсала» (responsalis), выполнявших по поручению Папы инспектирование патримониев. Каждый ректор направлял в Рим ежегодный отчет, который внимательно изучался Григорием I. Сохранилась обширная переписка Григория I с ректорами патримониев по поводу полученных отчетов, которым он давал советы и конкретные рекомендации. Он был хорошим хозяином, вникавшим в мельчайшие подробности управления владениями (Лыс, 1972, с. 79 – 121). Благодаря налаженной Григорием I высокоэффективной хозяйственной деятельности, он мог кормить бедных во время голода, создавать приюты и больницы, а также организовывать оборону Рима.
Особое внимание Григорий I уделял вопросу замещения епископских кафедр, ясно осознавая, что на епископов его времени возложена не только пастырская деятельность, но и решение многих экономических, политических, а подчас и военных задач. Так, он писал в Неаполь в связи с избранием нового епископа: «Говорят, что избранный вами диакон Пётр человек простой. Так знайте же, в такое время во главе управления Церковью должен стоять человек, который не только бы занимался спасением душ, но даже, может быть, в большей степени, умел бы заботиться о мирских делах своей паствы и обеспечении ее безопасности» (Gregorius I Papa, Registrum epistolarum, Liber X, epistola 62).
Подобная причина вызвала недовольство Григория I и деятельностью Равеннского архиепископа Мариниана, которого он прежде сам рекомендовал. Мариниан полностью погрузился в чтение книг и молитвы, забыв о том, что он уже не просто монах, а епископ. Особенно недопустимо, по мнению Григория I, было то, что Мариниан совершенно не поддерживал контакты с государственной властью – Равеннским экзархом. Папа писал Мариниану, чтобы он встречался с экзархом, оказывал на него влияние и убеждал в необходимости заключения мира с лангобардами, ибо в руках экзарха находилась вся военная власть в Италии, а, следовательно, от него зависела судьба ее населения. Но Мариниан, по словам понтифика, «словно заснул» (Gregorius I Papa, Registrum epistolarum, Liber VI, epistola 30). С разрушением государственных структур на Западе Церковь все больше брала на себя функции государственного аппарата. Как отметил Григорий I, «почти нет ни одного мирского дела, которым не занимались бы епископы» (Gregorius I Papa, Homiliae in Evangelium, XVII, 14).
Поддерживая развитие монашества, Григорий I в своем послании «Omnipotenti Deo», адресованном византийскому императору Маврикию, выступил с критикой его эдикта, запрещавшего принятие монашества военными и государственными служащими (Gregorius I Papa, Liber III, epistola 65). Отношения с Византией у Григория I осложнились также из-за присвоения Константинопольским патриархом Иоанном IV Постником титула «Вселенский патриарх» (Gregorius I Papa, Registrum epistolarum, Liber V, epistola 20). Протестуя против этого тщеславного титула, сам Григорий I стал именовать себя «servus servorum Dei» (слуга слуг Божиих). Этот титул, введенный Григорием I, остается официальным титулом Римских Пап и в настоящее время.