Иван III и его помощники вспомнили попытку папского Рима подчинить своему влиянию слабеющее греческое православие путем создания в 1439 г. унии между католической и православной церквами. Перед лицом наступления турок на Византию константинопольский патриарх пошел на такой союз. Это решение было принято в Италии на знаменитом церковном соборе, который проходил в городах Ферраре и Флоренции.
На этом соборе присутствовал и московский митрополит Исидор, который согласился поддержать унию. Однако когда он вернулся в Москву, был обвинен в измене православной вере, арестован и смещен с митрополичьего престола Василием II.
Для России борьба с католицизмом и униатством означала защиту от идеологической агрессии западных стран. Но одновременно это вело и к изоляции страны от европейской цивилизации.
Под знамением спасения «истинной веры» и вел свои полки на Новгород Иван III. Он мобилизовал против Новгорода все силы тогдашней Руси. На север шли полки из Твери, Пскова, Вятки. Впереди двигался авангард, а следом — вся русская армия с самим великим князем. Другой удар был нанесен по территориям Новгородского княжества вдоль Северной Двины.
14 июля 1471 г. на берегу реки Шелони произошло историческое сражение новгородской рати против авангарда русских сил. Небольшая, но хорошо организованная и укомплектованная русская рать, не ожидая подхода головных сил, разгромила численно превосходившее её новгородское войско. Свободы и вольности сослужили новгородцам плохую службу в военном деле. Их войско оказалось разобщенным, в нем была плохая дисциплина, отдельные отряды шли под командованием своих бояр. Полк архиепископа вообще отказался воевать против великокняжеского войска.
Итогом этого поражения стало стеснение новгородских свобод. Новгород признал себя «отчиной» Ивана III. В городе усилилась власть московского наместника и других официальных лиц, сношения с Литвой объявлялись незаконными, их назвали изменой. Новгородские посадники были казнены, среди них — Борецкий, активный сторонник сближения с Литвой; ряд бояр и других знатных лиц отправили в заточение в Коломну. Новгород уплатил Москве огромную контрибуцию.
После поражения на Шелони антимосковская партия в Новгороде не сложила оружия. Её возглавила вдова казненного посадника Марфа Борецкая. Все настойчивей прилагались усилия уйти под власть Литвы. Противников Москвы вели ненависть к Ивану III, личные эгоистические интересы. Объективно же победа этой партии означала бы сохранение городских свобод, избавление от тяжелой руки Москвы и движение по пути других восточноевропейских государств, находящихся в орбите европейского цивилизационного развития.
Вскоре партия Борецкой взяла верх, сторонники «московской партии» были казнены, а московские купцы изгнаны из Новгорода. В ответ Иван III в 1477 г. вновь направил на мятежный город общерусское войско, которое осадило Новгород и вынудило городскую верхушку к переговорам. Вновь, как и прежде, ни Литва, ни Орда не пришли на помощь Новгороду.
По новому договору Новгород отныне становился одной из частей Русского государства. Земли врагов Москвы и часть церковных земель конфисковывались в пользу великого князя.
В январе 1478 г. Иван III торжественно въехал в «свою отчину» — Новгород. Великокняжеские наместники взяли власть в городе. Наиболее упорные противники Москвы были арестованы и отправлены в заточение, в том числе неукротимая Марфа Борецкая.
Месяц провел Иван III в некогда независимой Новгородской республике, устанавливая московские порядки. Когда он возвращался в Москву, за ним на санях везли вечевой колокол — символ былой свободы и самостоятельности Новгорода.
В 1478 г. Иван III прекратил уплату дани Орде. Несколько раз пыталась Русь освободиться от этого унизительного порядка. И вот теперь Иван III после победы над Новгородом снова предпринял решительный шаг. Этого требовала и международная обстановка.
После падения Константинополя Русь оставалась самым крупным православным государством в тогдашней Европе, и теперь на Москву весь православный люд смотрел как на свою надежду и опору. К тому же к этому времени Иван III после смерти первой жены — тверской княжны взял себе в жены племянницу последнего византийского императора Зою Палеолог. Брак устроили представители римской церкви, надеясь, что вместе с Зоей в Москве утвердится униатская церковь.